Naruto essaye à nouveau de raisonner Sasuke en lui disant qu'il comprend mieux la souffrance qu'il endure et les raisons pour lesquelles il cherche à venger Itachi, mais en vain : le jeune Uchiwa les informe qu'il a éliminé Danzô et qu'il est fermement décidé à tuer tout le monde pour restaurer son clan. Alors que Kakashi tente d’éloigner les deux jeunes ninjas pour tuer Sasuke, Naruto oppose son « Orbe tourbillonnant » aux « Mille oiseaux »...

Sasuke déclare à Naruto qu’il n’a que deux choix : le tuer et devenir un héros ou se faire tuer et devenir un perdant, mais aucune de ces deux options ne convient à Naruto. Zetsu blanc et Madara interviennent et interrompent le combat. Naruto réalise enfin qu'il est le seul à devoir éliminer Sasuke, quitte à mourir avec lui, s'il veut sauver Konoha. Sasuke accepte de prendre Naruto pour cible principale. Sakura, surprise par la détermination de Naruto, se reproche d'être la même personne que trois ans auparavant, et ne peut faire qu'une seule chose : croire en ses compagnons. Sasuke part alors avec Madara et souhaite se faire greffer les yeux d'Itachi afin d'augmenter sa puissance pour « écraser » Naruto. Après le départ de Sasuke, Naruto s'évanouit soudainement à cause du kunaï empoisonné par Sakura récupéré par Sasuke puis Kakashi décide d'emmener Karin au village.

Naruto, accompagné de Sakura, Kakashi et Karin, attend le réveil de Kiba, Lee et Saï puis rentre avec eux à Konoha. A Kumo, Killer Bee rejoint les siens armé de Samehada ; le Zetsu noir enterre le corps de Kisame qui s’avère être un faux : Kisame est caché dans son épée. Saï informe les membres de la Racine que leur maître Danzô est mort et que Kakashi sera le prochain Hokage.

Les daimyo des cinq grands pays sont d'accord pour la création d'une grande alliance shinobi tandis que chaque kage rapporte les nouvelles du conseil dans leurs villages respectifs. Gaara rassemble les aînés de Suna et leur rapporte les ambitions destructrices de Madara. De retour à Konoha, Naruto explique aux autres jeunes ninjas de Konoha qu'il doit leur dire quelque chose d'important.

Naruto explique aux autres jeunes ninjas de Konoha sa décision de combattre Sasuke. Neji, Kiba et Shikamaru lui reprochent de couvrir ce dernier et de ne pas avoir profité de l'occasion de son état de faiblesse pour le tuer, mais Naruto déclare que son niveau actuel ne lui permettait pas de battre Sasuke : qu'il doit encore s'entraîner pour y arriver. Alors que Kakashi allait être nommé Hokage, Tsunade se réveille de son coma.

Sasuke s’est fait greffer les yeux d’Itachi et commence à en ressentir la puissance. Au Mont Myôboku, les crapauds ermites discutent pour savoir si la clé de son sceau doit être donnée à Naruto. Le vieil ermite Oogama souhaite lui parler et voir son futur. Karin est interrogée par Ibiki tandis que Tsunade mange sans s’arrêter pour récupérer son chakra ; Kakashi lui explique la situation ; à Konoha, les élites préparent la guerre. Naruto est invoqué au Mont Myôboku où le vieil ermite lui annonce qu’il va rencontrer un poulpe et affronter Sasuke ; il lui montre la clé de son sceau et demande à Gerotora de se transférer dans Naruto.

Kabuto semblant avoir maîtrisé sa greffe d’Orochimaru réapparaît, tuant des ninjas sur son passage. Gerotora explique à Naruto comment il devra vaincre Kyûbi le jour où il se servira de la clé en absorbant son chakra tout en évitant que sa « volonté » ne prenne le dessus ce qui signifierait la renaissance complète du démon ; Naruto souhaite tenter de séparer le chakra et la volonté de Kyûbi afin de pouvoir utiliser son pouvoir et vaincre Sasuke ; il avale Gerotora et retourne à Konoha, le vieil ermite lui annonçant qu’il trouvera le poulpe sur une île. Pendant ce temps, Kabuto aborde Madara et lui propose de s’allier à lui ; il lui montre sa maîtrise de la « Réincarnation des âmes » en faisant apparaître les cinq membres morts d’Akatsuki ainsi qu’un sixième cercueil mystérieux qui persuade Madara d’accepter son aide en échange de Sasuke. Anko et d’autres ninjas de Konoha suivant la piste de Kabuto les voient ensemble ; Anko reste les espionner tandis que les autres partent prévenir Konoha.

Le Raikage convoque une réunion des chefs de l’alliance ; les autres annoncent à Tsunade qu’ils ont décidé de cacher Naruto et Killer Bee durant la guerre afin que Madara ne s’empare pas d’eux : ils seront cachés sur une île appartenant à Kumo.

Les ninjas de Konoha s'apprêtent à accoster sur l’île, à l’apparence inhospitalière et habitée d’animaux géants, lorsqu’ils sont attaqués par un gigantesque calmar. Secourus par Killer Bee, ils sont accueillis par le gardien de l’île, Motoï, qui leur apprend que c’est l’île où Bee s’est entraîné pour contrôler son démon. Naruto rend visite à ce dernier pour lui demander de l’aider afin de maîtriser Kyûbi, mais leur première rencontre ne se passe pas très bien, car Naruto se moque de son apparence, et Killer Bee lui claque la porte au nez ; il va donc chercher conseil auprès de Motoï, qui le conduit aux « Chutes de la Vérité ». Face à la cascade, Naruto rencontre son côté négatif qui cherche à lui faire éprouver des sentiments haineux, lui rappelant sa triste enfance et le revirement opportuniste des villageois quand il a sauvé Konoha. Il commence à l’affronter, mais se rend vite compte qu’ils sont de force égale ; Motoï lui annonce cependant qu’il doit le vaincre s’il veut avoir une chance de contrôler son démon.

Motoï explique à Naruto pourquoi il ne peut pas demander à Killer Bee de superviser son entraînement. Plus jeune, son père a été tué pour défendre le village du démon Hachibi, et la haine que Motoï éprouvait contre le démon s’est répercutée sur son jinchūriki. Ainsi, Motoï a tenté de tuer Killer Bee dans sa jeunesse, malgré son lien d’amitié avec lui. Après avoir entendu cette histoire, Naruto s’isole près de la mer. Motoï et Yamato partent à sa recherche, mais se font attaquer par le calmar, qui capture Motoï. Lorsqu’il les entend, Naruto se précipite pour les aider, mais c’est Killer Bee qui le bat une nouvelle fois et qui sauve Motoï. Celui-ci est surpris que Bee l’ait sauvé, mais Bee préfère se rappeler les bons moments et dit ne même plus se souvenir de la tentative d’assassinat.

Killer Bee accepte d’aider Naruto à maîtriser Kyûbi, mais avant cela, le jeune ninja doit vaincre son double maléfique. Utiliser la force étant inutile, il parvient à le faire disparaître en le remerciant de l’avoir rendu plus fort et en abandonnant sa rancœur contre les villageois. Bee l’accompagne alors, avec Yamato, derrière la cascade où se trouve un gigantesque temple dédié à la maîtrise des bijū. Après avoir récupéré la clé de son sceau, Naruto se renferme en lui-même tout en restant en contact avec Bee et Hachibi, pour libérer et combattre le démon renard.

Alors qu’il est en grand danger de se laisser submerger par la haine de Kyûbi, Naruto voit apparaître sa mère, Kushina ; elle interrompt le processus, et immobilise le démon renard avec son chakra particulier, lui révélant qu’en scellant Kyûbi en lui, son père, Minato, a introduit un peu de ce dernier dans le sceau pour aider leur fils à prendre le contrôle de Kyûbi au moment venu. Naruto en profite pour lui demander de quelle manière elle est tombée amoureuse de son père. Kushina lui raconte son arrivée à Konoha, sa première rencontre avec Minato, et combien les autres enfants de l’académie lui faisaient des misères à cause de ses cheveux, et de son origine étrangère. Elle lui explique que Minato a été le premier à la complimenter sur ses cheveux, lorsqu’il l'a sauvée d'un enlèvement orchestré par Kumo, faisant de lui l’homme de ses rêves.

Grâce à l’aide et l’amour de sa mère, Naruto reprend courage, réussit à vaincre la haine de Kyûbi, et sépare le chakra de la volonté du démon afin de se l’approprier. Il est alors marqué du motif du collier du Sage des six chemins, formé de six magatama apparaît à son cou, et le sceau du sage qu’il utilise pour sceller le chakra de Kyûbi apparaît sur son torse. Kushina félicite son fils et commence à lui raconter ce qui s’est passé le jour de sa naissance et de l’attaque de Kyûbi sur le village, seize ans auparavant… À la suite de l’épouse du 1er Hokage, Mito Uzumaki, Kushina avait été amenée d’Uzushio à Konoha pour devenir le prochain réceptacle de Kyûbi. Malgré le choc, elle est parvenue à avoir une vie heureuse en tant que jinchūriki, grâce aux paroles de réconfort de Mito, et est devenue l’épouse du 4e Hokage, Minato Namikaze. Quand les hautes instances du village apprennent qu’elle est enceinte, ils préparent son accouchement en comité restreint à l’écart du village, car la grossesse avait affaibli le sceau de Kyûbi qui risquait de rompre. Au moment où le bébé naît et où Minato doit se concentrer pour conserver le sceau fermé, un étrange homme masqué tue les ANBU à l’extérieur, et s’approche…

La narration du récit des événements s’étant produits le jour de la naissance de Naruto se poursuit. L’homme masqué enlève le nourrisson qui vient de naître et force Minato à s’éloigner avec lui, puis emmène Kushina au loin pour extraire et assujettir Kyûbi. Minato met Naruto à l’abris et revient pour sauver la jeune femme au moment où le démon va la tuer, l’emmenant près du bébé. Pendant ce temps, à Konoha, le 3e Hokage et quelques ninjas ressentent une perturbation ; soudainement, le démon renard surgit dans l’enceinte du village, invoqué par l’homme au masque, semant la panique. Alors qu’il commence à dévaster le village, les ANBU évacuent la population et les jeunes ninjas, pendant que les parents de ces derniers affrontent Kyûbi. Minato arrive et déplace une attaque de chakra du démon avec une technique d’espace-temps, mais il est attaqué par l’homme au masque, manquant de se faire aspirer par lui ; il doit s’éloigner du village pour l’affronter. Au cours du combat, il analyse que son adversaire se rend immatériel pour parer ses coups, mais doit se matérialiser pour porter une attaque ; il le piège donc en lui envoyant un kunaï à travers la tête, puis en faisant un saut d’espace-temps sur le kunaï au moment où l’homme s’apprête à le saisir, le terrassant d’un « Orbe tourbillonnant » et lui apposant un sceau. Il surgit ensuite devant lui et lui appose un autre sceau lui enlevant le contrôle de Kyûbi.

La narration du récit des événements s’étant produits le jour de la naissance de Naruto se poursuit. À Konoha, les dégâts sont considérables : Kyûbi détruit et tue, notamment les parents d’Iruka. Le 3e Hokage invoque Enma et repousse avec lui le démon hors du village. Pendant ce temps, l’homme au masque s’éclipse, non sans dire à Minato qu’il reviendra prendre Kyûbi et diriger le monde un jour. Le jeune homme retourne à Konoha et invoque Gamabunta pour coincer le démon renard au sol, le temps de se déplacer avec lui au loin. Il ramène Kushina et Naruto avec lui et la jeune femme immobilise Kyûbi avec son chakra ; alors qu’elle souhaite ramener le démon en elle et mourir en le restreignant, Minato décide de sceller en lui la moitié de Kyûbi avec le sceau de l’« Emprisonnement des morts », puis de sceller l’autre moitié dans le bébé avec ce qui leur reste de chakra pour le rencontrer et l’aider plus tard, car il pense que Naruto est l’enfant de la prophétie faite à Jiraya. Réticente, Kushina se laisse convaincre quand le démon tente de tuer le nourrisson et qu’ils doivent s’interposer, se faisant tous deux transpercer par sa griffe. Elle parle un court moment à Naruto, lui donnant des conseils pour sa vie à venir, puis Minato applique le sceau.

Retour au présent, Kushina s’excuse auprès de Naruto à cause de la vie difficile qu’il a eue et leur absence à ses côtés ; Naruto lui répond qu’il en a effectivement bavé, mais qu’il ne leur en a jamais voulu, et est heureux, car il sait maintenant qu’ils ont donné leurs vies pour lui, et qu’il est plus rempli de leur amour que par la haine de Kyûbi ; Kushina disparaît alors en lui disant merci de les avoir acceptés et d’être né pour eux.

Naruto dit adieu à sa mère et sort de sa méditation. Il fait comprendre à Killer Bee ce qui s’est passé, et explique à Yamato qu’il a réussi à séparer le chakra de Kyûbi, tout en lui faisant une démonstration. Sous l’influence du chakra du démon, il ressent dans l’épée Samehada que porte Bee la présence de Kisame. Ce dernier fait son apparition, explique qu’ils ont tué un clone fait par Zetsu et s’enfuit, malgré un coup très rapide que Naruto parvient à lui porter, se coinçant la cheville dans le mur. À la cascade de la vérité, Gaï est mis au défi de rencontrer son double ; au moment où ce dernier s’apprête à sortir de la cascade après s’être moqué de sa volonté de rester jeune, Kisame surgit et prend un coup d’épaule de Gaï. Killer Bee arrive et se laisse inconsciemment aspirer son chakra par Samehada, tandis que Kisame en profite pour reprendre des forces. Invoquant un requin d’eau, il s’enfuit à nouveau, suivi de près par Gaï qui a ouvert la 6e porte céleste et est projeté par Killer Bee. Arrivé aux abords de l’île, le membre d’Akatsuki donne un parchemin rempli de renseignements à un requin, au moment où Gaï arrive. Le combat s’engage, Kisame invoquant une myriade de requins, que Gaï détruit avec sa technique du « Paon matinal ». Plongeant dans l’eau pour détruire le reste des requins, Gaï ouvre la 7e porte, et lance sa technique du « Tigre du midi », tandis que Kisame lance sa plus puissante technique, le « Grand requin élémentaire aqueux », censé absorber le chakra de la technique adverse pour se renforcer. Mais le requin géant n’absorbe pas la technique de Gaï que Kisame prend de plein fouet ; tous les requins, dont celui portant le parchemin sont détruits par l’onde de choc.

Naruto, Killer Bee, Yamato, Aoba et Motoï subissent l’onde de choc de la technique de Gaï. Ce dernier a terrassé Kisame et lui explique que sa technique est du taijutsu pur, avant de l’assommer. De retour sur l’île, Yamato coince Kisame dans un carcan et Aoba explore ses souvenirs pour tenter d’obtenir des informations sur Akatsuki. Il voit comment le ninja de Kiri a dû tuer des camarades par ordre de son supérieur Fuguki Suikazan, afin de ne pas laisser des renseignements tomber aux mains de l’ennemi, puis comment Kisame a assassiné Fuguki sur ordre du 4e Mizukage Yagura, récupérant ainsi son épée Samehada. Alors que Aoba s’apprête à voir le visage de Madara Uchiwa quand ce dernier se révèle à Kisame, manipulant Yagura, pour lui proposer de travailler pour lui, Kisame se mord la langue pour reprendre conscience, se libère du carcan, s’entoure d’une bulle d’eau et y invoque des requins qui le dévorent. Avant de mourir, Kisame repense aux paroles d’Itachi, son camarade au sein d’Akatsuki, à propos de ceux qui ont dû tuer leurs camarades, ne sachant plus quelle est leur identité. En voulant voir le contenu du parchemin que Kisame s’apprêtait à transmettre, Gaï déclenche un piège qui bloque tous les ninjas présents dans des bulles d’eau avec des requins, pendant qu’un autre requin s’enfuit avec les informations.

Madara se rend au village d’Ame pour demander à Konan où elle a caché le corps de Nagato ; il lui explique qu’il est celui qui lui a donné le Rinnegan et qu’il voudrait le récupérer. Konan lui explique pourquoi ils ont trahi Akatsuki pour faire confiance à Naruto et engage le combat. Au moment où Madara tente de l’aspirer, elle essaie de se faire exploser avec lui, mais ce dernier parvient à déjouer l’attaque au prix d’importantes blessures pour eux deux. Durant le combat, Konan revoit en flash-back sa jeunesse et ses combats à côté de ses amis Nagato et Yahiko, qu’elle considérait comme un « pont vers la paix » dont elle voulait être le pilier. Ses amis ayant légué leurs rêves à Naruto, elle compte tout donner pour détruire Madara, qu’elle voit comme l’« obscurité empêchant les fleurs de s’épanouir » ; elle déclenche une technique ultime, et la mer autour d’eux se change en un océan de feuilles de papiers…

Konan explique à Madara qu’elle a étudié sa capacité et pense pouvoir le tuer avec 600 milliards de notes explosant durant dix minutes. Cependant, alors qu’elle est à court de chakra, elle est poignardée par derrière par Madara qui lui explique qu’il a survécu en utilisant « Izanagi ». Konan tente une dernière fois de le tuer mais est terrassée par le genjutsu de Madara qui découvre où est caché le corps de Nagato et le récupère. Konan mourante envoie une feuille rougie de son sang rejoindre l’esprit de ses amis dans la cabane où ils vivaient avec Jiraya. Elle se souvient de leur entraînement, du départ de leur sensei et de leur vie de résistants durant laquelle elle s’était rapprochée de Yahiko. De retour à son quartier général, Madara reçoit les informations envoyées par Kisame et décide de passer à l’offensive pour capturer Kyûbi…

Alors que Gaï subit le contre-coup de sa technique, Motoï décide de faire déplacer l’île, expliquant aux ninjas de Konoha que c’est une tortue géante. Aoba explique à Naruto la mission de rang S qui lui est assignée : rassembler une unité d’animaux de combat. Malgré le côté peu crédible de la mission, Naruto la prend rapidement à cœur et se met au travail.

Pendant ce temps, Kabuto propose à Madara d’aller chercher Naruto en suivant les instructions de Kisame ; il s’intéresse également à Yamato qui possède le génome du 1er Hokage, et pense pouvoir l’utiliser pour renforcer les forces de Madara. Ce dernier, étonné que Kabuto en sache autant lui montre alors certains de ses secrets : la statue du Démon des enfers, une copie du 1er Hokage faite à partir de cellules récupérées lors de son combat contre lui, et 100 000 Zetsu blancs créés avec le chakra des démons à queues.

Les cinq Kage et Mifune décident d’envoyer du renfort pour protéger Bee et Naruto ; le 3e Tsuchikage souhaite y aller avec ses acolytes en volant. Arrivés sur les lieux, ils rencontrent Kabuto et son invocation, Deidara sur un oiseau d’argile ; le combat aérien s’engage…

Pendant que Kabuto accompagné de son invocation Deidara et le 3e Tsuchikage accompagné de ses acolytes se font face, Manda recréé par Kabuto attaque la tortue-île que Deidara retourne avec une explosion. Pendant que le Tsuchikage tente d’éloigner Deidara pour pouvoir l’attaquer avec son Jinton sans détruire la tortue, Kabuto descend sur le ventre de la carapace pour chercher Naruto et Killer Bee. Yamato, Aoba et Motoï viennent à sa rencontre, tandis que Kurotsuchi l’attaque avec une technique Yōton et parvient à l’immobiliser dans une sorte de ciment à prise rapide. Alors que Aoba s’apprête à lui soutirer des informations, Kabuto « mue » et s’enfuit sous forme de serpent en avalant Yamato, puis part se cacher dans la narine de Manda qui disparaît ; l’invocation de Deidara est également annulée avant que le Tsuchikage ne puisse lui porter une attaque. Kabuto amène Yamato à Madara en lui affirmant qu’il peut l’utiliser pour rendre les Zetsu plus forts ou lui soutirer des informations sur Naruto et l’alliance ninja.

Le Tsuchikage transporte l’île tortue par voie des airs jusqu’à Kumo, pendant qu’une unité de renseignement de Konoha découvre le repaire d’Akatsuki et les forces dont elle dispose. À l’intérieur de la tortue, Killer Bee entreprend d’apprendre à Naruto à maîtriser le chakra de Kyûbi. Kabuto et Madara s’apprêtent à extorquer des informations à Yamato avant de l’utiliser pour renforcer leur armée de Zetsu. À Kumo, au quartier général, les kage continuent d’organiser la guerre ; les nouveaux bandeaux des forces alliées shinobi avec le symbole « ninja » sont distribués et les combattants affectés à une unité d’une des cinq compagnies  : celle du combat à mi-distance dirigée par Darui, celle du combat rapproché dirigée par Kitsuchi, celle du combat à distance intermédiaire dirigée par Kakashi, celle des combattants spéciaux dirigée par Mifune, et celle du combat à distance dirigée par Gaara, également commandant en chef des armées. Au quartier général d’Akatsuki, Kabuto utilise la « Réincarnation des âmes » pour invoquer un grand nombre de ninjas d’élite morts par le passé, dont les anciens membres d’Akatsuki, les anciens jinchūriki, les Kage de la génération précédente et des ninjas possédant une nature avancée.