回到木叶的鸣人，回想起执行任务时与鼬遭遇所发生的事，他百思不解鼬在当时到底是想告诉自己什么？正当鸣人陷入沉思时，卡卡西突然出现，并将他带到第五代火影的面前，一则冲击的消息正等着鸣人承受……

鸣人沉浸在失去自来也的深切悲伤中，久久无法从失落感中走出来，只能不断地回想与自来也共有的回忆。另一方面，纲手也承受了好友死去的冲击，但为了不让自来也的牺牲白费，纲手发誓要解开自来也留下的线索。

借由鸣人提供的线索，终于解开了自来也留下的讯息，但光凭那一点情报，根本无法解开培因之谜，雨忍的讯问与培因尸体的解剖，也同样无法得到令人满意的解答。面对下定决心要替自来也报仇的鸣人，深作提出了一项令人意外的建议。

鸣人前往妙木山进行仙术修炼，但是吸取自然能量必须花相当多的时间练习，于是深作提出了一个能够缩短修炼时间的妙计，但这个修炼法中竟隐藏着令人意想不到的危险。鸣人可以顺利地进行修炼吗？成为仙人的条件又是什么呢？

鸣人的仙术修炼迟迟没有进展，于是深作提议直接进行下一阶段的修炼，究竟鸣人最后能成功练就仙人模式吗？另一方面，在鸣人进行修炼的同时，雷影得知了弟弟八尾遭人掳走一事，为此感到愤怒的雷影，誓言决不会放过晓……。

鹿丸一行人持续进行培因情报的解析工作。但在此同时，培因六道却破坏了木叶的结界，并且展开攻击。面对这突如其来的异变，众人都因措手不及而陷入一片慌乱。另一方面，在妙木山修炼的鸣人，则是面对了一个残酷的事实……。

木叶忍者村遭到培因的猛烈攻击，于是纲手打算将此事通报给深作，但是受到段藏煽动而前来的顾问焰与小春，则是坚决反对召回鸣人。被激怒的纲手决定不顾一切召回鸣人，因为她相信鸣人会成为守护木叶的力量。

卡卡西与培因天道在村子里的一角展开对战。面对天道及修罗道的攻击，让卡卡西陷入了苦战。在他即将被逼入绝境之时，秋道丁座率领的小队及时赶到，并让卡卡西在战斗中看透了天道的能力，究竟天道的忍术弱点是什么呢？

静音带着培因遗体解剖的情报现身，与亥一的情报进行整合，就在接近培因之谜的真相时，畜生道与人间道开始对情报部发动攻击。为了揭发培因的真面目，亥一与静音急着前往暗号部，而伊比喜所率领的暗部菁英，则自告奋勇地挡在畜生道的面前……。

木叶丸在引导人们避难时，意外遭遇到培因六道的其中一人——地狱道。为了让木叶丸顺利逃走，身为老师的惠比斯，不惜赌上自己的性命，想要化解木叶丸的危机。目睹这幕景象的木叶丸，想起了以前曾经答应过鸣人的约定……。

纲手在火影大楼的匤顶与培因天道对峙。她虽然拒绝了交出九尾的要求，但培因也利用人间道的能力，看破了鸣人目前身处妙木山的事实。眼看牺牲不断升高，纲手不由得恨得咬牙切齿。为了让木叶了解真正的痛楚，培因选择给木叶造成毁灭性的创伤……。

鸣人在察觉到情况有异后，便与深作一同赶回木叶。但出现在他眼前的，竟是已被破坏殆尽的木叶忍者村。纲手也为了保护村民的性命，用尽了所有的查克拉。于是鸣人强忍住愤怒与悲痛……，奋不顾身地与培因展开一场激烈的对战！

鸣人用风遁·螺旋手里剑成功打倒了培因人间道，但其他的培因也陆陆续续的在他面前站了起来。深作跟志摩为了切断轮回眼的联击而展开行动……就在此时，鸣人从仙人模式中解除的危机，正一分一秒地逼近……

激战过后，鸣人遭到了天道的压制，虽然他想用仙人模式对抗，但查克拉却被饿鬼道吸收，使得仙术模式遭到强制解除。另一方面，为了不让静音白白牺牲，鹿丸等人誓言找出培因的本体，正当他们在分析情资时，山中亥一发现了一项重大的事实……

在深作与志摩陆续倒下后，鸣人的行动终于被天道给控制住了。就在一筹莫展之际，雏田为了守护鸣人决定挺身而战。另一方面，阿凯小组正快马加鞭赶回木叶，而宁次也在那个时候，感受到前方有某种不寻常的异状……

鸣人受到雏田在自己眼前倒下的冲击，使得九尾的查克拉开始暴走，但有能力阻止九尾失控状态的大和，却正在远方出任务。九尾鸣人和天道展开了一场激烈的厮杀，在这场超越人们认知的战斗中，鸣人尾巴的数量终于来到了八根……

鸣人在精神世界里与第四代火影——波风凑相遇。在受到父亲的鼓舞之后，鸣人心中的迷惘也随之烟消云散，并下定决心要找到自来也所托付的答案，随后便回到了培因正在等他现身的现实世界……

为了切断憎恨的连锁，鸣人打算前往培因本体的藏身之处，没想到却在途中与四角等人相逢。面对鸣人想独自去与培因本体对谈的要求，虽然众人并不赞同，却也决定尊重鸣人的想法，而鸣人也终于见到了师出同门的师兄——长门……

面对长门与小南，鸣人决定先听他们的说法，再去找出如何面对憎恨的答案，于是长门便说出自己的过往……他的父母在战乱时被木叶忍者杀害，让他因此成了孤儿，所幸弥彦与小南适时伸出援手，于是他们三人便相依唯命在乱世中求生存……

为了实现和平的梦想，长门、弥彦、小南在自来也的照顾下成长茁庄，后来更以弥彦为中心，成立了不仰赖暴力与武力来追求和平的组织。然而视他们为眼中钉的雨忍者村首领——半藏，却早已设下了圈套在等待着他们……

长门认定在这个被诅咒的世界里，并没有真正的和平存在。而鸣人在听完了长门的故事之后，他所得到的答案又是什么？另一方面，在听到鸣人的结论后，长门虽想否定他的答案，但他的脑海中，却浮现了一段过去他与自来也的对话……

由于对鸣人的选择产生认同感，长门决定赌上一切，施展最后的忍术“外道·轮回转生之术”。长门拿自己的性命，唤回了在这场战斗中陨落的忍者们的灵魂。鸣人胸怀着师父与师兄所托付的重要理念，为追求和平而努力。