Akatsuki termine le scellage de Rokubi. Déjà rentré chez lui, Naruto se remémore sa discussion avec Itachi, que fera-t-il si Sasuke cherchait à se révolter contre Konoha? Naruto, cherchera-t-il à le sauver ou le tuer? Quel choix fera-t-il entre Sasuke et Konoha? Pour Naruto, tout est clair, il protègera Konoha et arrêtera Sasuke sans avoir besoin de le tuer, il doit suivre son nindô, sur ces paroles, Itachi lui donne une partie de ses pouvoirs. Kakashi lui demande d'aller dans le bureau de Tsunade où Fukusaku, un des crapauds ermites, lui apprend la mort de Jiraya. Il montre le code laissé par Jiraya, pensant que Naruto est l'enfant de la prophétie. Pendant ce temps, l'équipe Taka ramène Hachibi à Madara. Ce dernier se remémore sa discussion avec Sasuke lorsqu’il lui a demandé ce qu’il comptait faire après avoir appris la vérité sur son frère. Bien que devant Taka il affirme ne vouloir que se venger des hauts dirigeants de Konoha, Sasuke est déterminé à détruire complètement le village tout entier et d'éliminer aussi tous les habitants de Konoha qu'il considère comme coupable de la paix apportée par le sacrifice d'Itachi.

Naruto pleure la mort de son maître et se remémore leurs souvenirs. Le temps n'est plus aux pleurs mais à l'action : remis d'aplomb par Iruka et Shikamaru, Naruto va tout faire pour déchiffrer au plus vite le message codé laissé par son mentor…

Naruto et ses amis déchiffrent le code avec l'aide d'un livre de Jiraya. L'équipage appelle alors immédiatement Fukasaku, mais le message n'est pas assez précis pour résoudre le mystère… Fukasaku propose alors à Naruto de l'emmener avec lui au Mont Myôboku pour lui enseigner le « mode ermite », tout comme il l’avait fait avec Jiraya.

Naruto commence l'entraînement et découvre l'histoire de Jiraya en lisant le premier livre de son maître. Pendant ce temps, Pain et Konan se préparent à partir en direction de Konoha pour capturer Naruto et le reste de l'Akatsuki scelle Hachibi qui se révèle n'être qu'un tentacule transformé.

L'entraînement de Naruto continue : celui-ci fait des progrès et parvient à maîtriser le « mode ermite ». Alors que Taka se repose, Sasuke déclare qu'il n'a plus besoin du pouvoir des bijus et que son nouveau pouvoir lui permettra de détruire Konoha pour de bon, il se rend compte que sa vue est troublée. Pendant ce temps, des ninjas de Kumo l'espionnent mais l'un d'eux est tué. Apprenant qu'un Uchiwa a enlevé son frère, le Raikage, furieux, entre alors en action. Il décide alors d'envoyer une équipe afin de remettre une lettre à l' Hokage lui demandant l’autorisation de prendre Sasuke en chasse.

Pain et Konan arrivent à Konoha. Ils se séparent en deux groupes, un pour la diversion (Shuradô, Chikushodô et Gakidô) et l'autre pour les recherches (Tendô, Ningendô, Jigokudô et Konan). Ils s'infiltrent, commencent à faire des dégâts dans Konoha, et recherchent Naruto. Tsunade déclenche alors l'état d'urgence et cherche à faire revenir Naruto.

Homaru et Koharu s'opposent au retour de Naruto et essuient la colère de Tsunade. Peu après, cette dernière invoque Katsuyu afin de soigner les blessés, tandis que Danzô tue le crapaud messager censé prévenir Naruto. Pendant ce temps, Kakashi s'interpose pour protéger Iruka d'une attaque de Tendô…

Shuradô intervient mais se fait écraser par Chôji et son père. Tendô repousse toutes les attaques de ses ennemis. Kakashi utilise son « Kaléidoscope hypnotique du Sharingan » pour faire disparaître un missile de Shuradô qui visait Chôji. Ce dernier court révéler à Tsunade les capacités de Tendô, tandis que Kakashi sombre dans les ténèbres ayant utilisé tout son chakra.

Inoichi découvre que les avatars de Pain sont des cadavres. Chikushodô détruit le centre de détention et affronte Ibiki tandis que Shizune, Ino et son père partent au centre de décryptage pour connaître le secret de Pain. Pendant ce temps, Fukasaku essaie de fusionner avec Naruto mais Kyûbi l'en empêche.

Konohamaru voit deux ninjas se faire enlever leurs âmes par Jigokudô. Ebisu intervient tentant de sauver Konohamaru. Au moment où il allait être achevé, son élève intervient. Il neutralise Jigokudô avec l’« Orbe tourbillonnant », enseigné par Naruto.

Tendô discute avec Tsunade. Pendant ce temps, Ningendô arrache l'âme de Shizune et découvre que Naruto se trouve au Mont Myôboku. Tendô fait alors exploser Konoha avec la puissance maximale de sa technique de répulsion. Naruto revient au village en mode ermite accompagné des crapauds Fukasaku, Shima, Gamabunta, Gamahiro, Gamaken et Gamakichi.

Naruto détruit Shuradô avec l'« Orbe tourbillonnant » et demande à Gamakichi de mettre Tsunade à l'abri. Pendant que les crapauds se battent avec les invocations de Chikushodô, Naruto neutralise Gakidô d'un coup de poing. Refusant de discuter avec Tendô, il lance l'« Orbe shuriken » en direction des quatre corps de Pain restants…

Ningendô est désintégré par l'« Orbe shuriken » et Chikushodô est battu avec un double « Orbe tourbillonnant », mettant fin aux invocations de Pain. Naruto a épuisé tout son chakra d'ermite, mais réussit à le réactiver en invoquant un clone ayant accumulé de l'énergie naturelle au Mont Myôboku. Gakidô, ressuscité, absorbe un nouvel « Orbe shuriken ». Jigokudô, dont Naruto comprend l'utilité pour ressusciter les autres avatars, est à son tour battu avec un double « Orbe tourbillonnant ». Gamabunta, Gamahiro et Gamaken sont repoussés par Tendô qui a retrouvé son pouvoir de répulsion. Fukasaku et Shima s'apprêtent à lancer leur genjutsu « Illusion mystique-Concert polyphonique des crapauds » pour piéger Tendô et Gakidô, les deux avatars restant…

Ayant trop absorbé de chakra d’ermite, Gakidô se transforme en crapaud de pierre. Tendô attire alors Fukasaku, le tue en le transperçant puis coince Naruto à terre en lui transperçant les mains. Tendô poignarde Fukasaku afin de ne pas se faire piéger par le genjutsu, immobilise Naruto et lui explique sa vision de la paix à Naruto : il pense que c'est ce n’est qu’en faisant souffrir le monde que la paix peut exister, mais Naruto refuse sa conception.

Alors que Tendô allait emmener Naruto avec lui, Hinata décide d'intervenir pour sauver Naruto. Elle déclare son admiration et ses sentiments pour Naruto puis se lance dans le combat, mais Tendô la repousse avec la Répulsion Céleste et la poignarde sous les yeux de Naruto qui est alors submergé par le chakra de Kyûbi.

Fou de rage, Naruto libère le chakra de Kyûbi sous la forme d'un démon à six queues et perd tout contrôle, affolant Yamato. Ne parvenant pas à prendre l’ascendant sur le bijū, Tendô utilise sa technique de « Naissance de l'astre divin » enfermant Naruto-Kyûbi dans une petite lune en altitude attirant une grande quantité de matière. Après avoir sorti deux queues de plus, Kyûbi demande à Naruto dans son subconscient d'enlever le sceau qui le retient ; alors que le jeune ninja s’apprête à s’exécuter, le 4e Hokage apparaît et l'en empêche…

Naruto apprend que le quatrième Hokage est son père et est très ému de le rencontrer, bien que plein de rancœur envers lui pour le fait de lui avoir imposé Kyûbi. Minato explique à son fils qu'il a scellé le démon en lui car il savait qu’il serait capable de maîtriser ce pouvoir. Il lui raconte également que Tobi était à l'origine de l'attaque du village par Kyûbi seize ans auparavant et qu’il devait protéger durablement Konoha du démon avant de mourir. Après avoir réparé le sceau, Minato confie à Naruto qu'il a confiance en lui. Grâce à cette déclaration, Naruto reprend courage et refoule Kyûbi, repassant en « mode ermite ». Naruto reprend alors le combat contre Tendô, parvenant à localiser Nagato grâce aux récepteurs de chakra utilisés par son adversaire ; puis il parvient à se défaire du dernier corps de Pain avec « l’Orbe Tourbillonnant ».

Pendant ce temps, Hinata a survécu, soignée par Sakura. En utilisant les récepteurs à chakra de Tendô et le « mode ermite », Naruto se dirige vers celui qui le manipulait, Nagato. Grâce au chakra de Kyûbi combiné au « mode ermite », Naruto résiste à Nagato, mais ne trouve pas la force de le tuer. Naruto demande alors à Nagato de raconter son histoire afin de pouvoir donner sa réponse. Nagato raconte alors son passé…

Par le passé, Nagato a perdu ses parents, tués par erreur par des ninjas de Konoha, alors qu'il n'était encore qu'un enfant, lors de la 3e guerre ninja. Orphelin, il rencontre un chien qu’il adopte, Chibi. Alors qu’il s’apprête à mourir de faim, il fait la rencontre de Konan et de Yahiko. Tous les trois survivent en volant de la nourriture. Un jour, ils se retrouvent au milieu du combat entre Hanzô et les trois sannin ; Chibi meurt dans une explosion, et Yahiko décide de devenir fort pour changer l’avenir de leur pays ; ils décident d'apprendre le ninjutsu, et abordent les Sannin…

Jiraya décide de rester pour former ces trois orphelins… Après le départ de Jiraya, Yahiko et ses deux amis acquièrent une certaine réputation dans le monde ninja en montant une association pour promouvoir la paix entre les principaux pays constamment en guerre. Hanzô, craignant pour sa suprématie sur Ame et voulant se débarrasser de ce nouveau leader gênant, s’associe à Danzô qui lui voulait de l’aide pour devenir Hokage pour leur tendre une embuscade. Prenant Konan en otage, ils forcent Nagato à tuer Yahiko, qui se précipite de lui-même sur le kunaï tenu par Nagato afin de sauver Konan. Devenant fou de rage, Nagato invoque le démon hérétique et tue un grand nombre de ninjas. Après avoir perdu la plupart des amis de son groupe, Nagato considère la vision de Jiraya comme une utopie et décide d’imposer sa propre vision de la paix en prenant le contrôle du monde via Akatsuki.

Après ces révélations, Naruto décide finalement de ne pas tuer Nagato et s'entête à continuer de croire aux convictions de Jiraya. Il sort le premier livre de Jiraya, inspiré par Nagato et dont le héros s’appelle Naruto. Pour cette raison, il décide de croire en lui. Il exécute alors une technique…

Nagato se sacrifie en ressuscitant les personnes tuées lors de l’attaque de Konoha. Konan place aussi ses espoirs en Naruto en lui offrant un bouquet de fleurs faites en papier et lui assure que le Pays de la Pluie sera à ses côtés pour réaliser ses rêves. De retour au village, Naruto est accueilli en héros par tous les habitants.