时间回溯到第二代火影统治的时代。才刚成为下忍的少年自来也、大蛇丸、纲手一起组成三人小组，并由猿飞蒜山负责带队。自来也因为向往猿飞老师所施展的通灵之术，便有样学样也跟着比划起来，没想到却因此踏入蛤蟆的世界……

在爆发了第三次忍界大战后，自来也以木叶忍者之姿和纲手、大蛇丸联手参与战斗任务，并在这次的战斗后得到了“木叶三忍”的名号。而归途中，自来也因故收了三位战争孤儿为徒弟，而这三位徒弟在日后却引起了相当大的波澜……

自来也利用蛤蟆成功潜入雨忍者村后，随即开始搜集村里内战的情报，对于村人避谈昔日首领山椒鱼半藏的话题和景仰新首领培因的态度来看，自来也认为事有蹊跷，便决定抓两名雨忍者村的下忍来打探有关培因的情报……

为了与培因战斗，自来也从体内请出掌管鸣人八卦封印钥匙的蛤蟆健，并伪装成下忍的外貌再次展开侦察行动。而早就发现自来也行踪的培因先派出小南击袭。双方交战过后，自来也才发现原来小南和培因都是昔日的徒弟……

为了打倒昔日亲手调教出来的徒弟，自来也抱着某种觉悟展开了攻击，他先运用通灵之术召唤出蛤蟆健来对抗同样也使用通灵之术的培因，而培因因为拥有传说中的轮回眼，自来也决定发动仙人模式……

自来也完成仙人模式后，便与三名培因陷入混战之中，虽然力量提升了，但忍术在轮回眼的监视下仍然无法发挥任何效用，就连体术也一直遭到阻碍迟迟无法打破眼前的僵局……

自来也虽然想出了一个对付培因的方法，却也因此牺牲了左手，而培因的数量也增加为六名，其中一人过去曾是自来也的徒弟之一弥彦，然而弥彦同样也拥有轮回眼这件事让自来也感到困惑……