時は二代目火影の統治時代。下忍になったばかりの少年自来也は、大蛇丸、綱手と共に猿飛ヒルゼンの小隊に配属されていた。猿飛に口寄せの術を見せられた事をきっかけに、時空間忍術修業にのめりこむ自来也は、ひょんな事から妙木山に迷い込んでしまう。しかしそれこそが自来也に定められた運命の幕開けであった。幼少ガマブン太と共に大蝦蟇仙人に謁見した自来也は、自分があらかじめ来訪を予言された存在である事を知り、大蝦蟇仙人の予言を待ちながらフカサクを師に、仙人修業にはげむ事になるが――。

第三次忍界大戦勃発の為、弟子探しの旅を中断し、木ノ葉の忍として綱手、大蛇丸と共に雨隠れでの戦闘に参戦する自来也。渡り合った雨忍山椒魚の半蔵により、『木ノ葉の三忍』の名を与えられた自来也達が帰途に着こうとしたとき、その目前に腹をすかせた三忍の子供たち長門、弥彦、小南が現れる。成り行き上、子供たちが自立できるようになるまで雨隠れに残って面倒を見る事になる自来也が見たものとは――。過酷なる戦いの時代が、忍の定めが、自来也とその弟子達を次々と翻弄してゆく。

蝦蟇のガマ五郎の腹中に隠れ、雨隠れへの潜入を果たす自来也。早速情報収集を開始する自来也だが、里内に内戦の影は見えない。里人達は前の里長・山椒魚の半蔵の影が一切払拭された街でペインを長とあがめていた。違和感を覚え、現在の半蔵の所在と更なるペインの情報を求める自来也は、下忍二人を拘束し、尋問する。結果、半蔵が一族郎党共々抹殺された事を知るが――。しかし自来也の動向は、既に雨隠れ新里長である暁の首領・ペインに察知されていた。

予測される戦闘に備え、体内からナルトの八卦封印の鍵を司る巻物蝦蟇を蔵出しする自来也。捕らえた下忍の一人をガマ五郎に託し、自分は下忍の姿を借りて偵察任務を再開する。しかしその動きはペインに察知されていた。突如、自来也に襲い掛かる紙ふぶき。咄嗟に攻撃を回避する自来也だが、眼前に現われたのはかつての弟子の一人、小南だった。そしてもう一人――変わり果てた姿のかつての教え子が自来也の前に立ちはだかる。

暁の一員となり、歪んだ思想に捕らわれた弟子を倒す為、戦闘に突入する自来也。自来也は巨大蝦蟇、ガマケンを口寄せし、口寄せを使うペインに対抗しようとする。伝説の輪廻眼を持つ敵を前に、奥の手である「仙人モード」を使う事を決める自来也。しかし不穏な術を察知したペインは次々と口寄せを繰り出し、自来也の術を妨げる。果たして自来也は絶え間ない攻撃の中、無事「仙人モード」を完成させる事ができるのか…！？

仙人モードを完成させ、三人のペインとの戦いに突入する自来也。二大仙人フカサクとシマと共にパワーアップした攻撃を繰り出すも、忍術はことごとく消し去られ、体術もペイン達の謎の連携によって阻止されてしまう。何らかの方法でペイン達が視界を共有しているのではないかと推測するフカサクは策を練るため、自来也に一時退却を呼びかける。自来也達が分析の末辿りついた、ペイン打破の為の秘策とは？　――そして激突の果てに自来也を待っていたものとは？

片腕を失い、劣勢に立たされる自来也の前に現れる六人のペイン。うち一人、天道と呼ばれるペインはかつての自来也の教え子『弥彦』だった。深まる輪廻眼の謎に困惑する自来也だが、思案の間もなく激戦へと突入していく。結界に引きずり込み、何とか内一人を倒す事に成功する自来也の脳裏に閃く、一つの可能性とは――。大ガマ仙人から告げられた『選択の時』が訪れたと感じる自来也は、己の全てを賭け、ペインの正体を解き明かすべく立ち上がる。