Nel periodo della Terza Grande Guerra tra ninja, Kakashi affronta la sua prima missione da Jonin insieme a Rin, Obito Uchiha e Minato Namikaze. Obito e Kakashi non vanno molto d'accordo perché il primo è sconclusionato e ritardatario mentre il secondo è preparato ed efficiente e molto rigoroso nel seguire le regole dei shinobi. Sulla strada verso l'obiettivo, il gruppo viene attaccato da un ninja e Kakashi sfodera la prima versione del Mille Falchi. La notte seguente, Minato racconta ad Obito che il padre di Kakashi aveva fallito una missione preferendo salvare i suoi compagni e, per via delle accuse di disonore da parte degli abitanti del villaggio, si era tolto la vita. Per questo motivo, Kakashi è ossessionato dal rispetto delle regole. Il giorno seguente, i tre si separano dal maestro e vengono attaccati da due ninja che rapiscono Rin. Obito, nonostante Kakashi gli ordini di proseguire la missione, decide di andare a salvarla.

Obito raggiunge il nascondiglio del nemico, ma viene scoperto. Kakashi, che finalmente ha capito l'importanza del lavoro di squadra, corre in suo aiuto, ma viene ferito gravemente all'occhio sinistro. Il sacrificio del compagno fa risvegliare lo Sharingan di Obito che gli permette, finalmente, di combattere. I due riescono a liberare Rin, ma il nemico fa crollare la caverna sopra di loro ed Obito, per salvare Kakashi, rimane schiacciato da un'enorme roccia che gli comprime l'intera parte destra del corpo. Consapevole del fatto di essere gravemente ferito e di non poter sopravvivere, Obito decide di donare il suo Sharingan a Kakashi come regalo per la promozione a Jonin. Rin esegue il trapianto e Kakashi riesce a sconfiggere il nemico utilizzando, con successo, il Mille Falchi e lo Sharingan. In quel momento, sopraggiungono numerosi nemici, ma in aiuto dei ninja della Foglia arriva Minato. I tre ninja portano a termine la loro missione.