L'histoire se passe 10 ans auparavant, lors de la 3e grande guerre du monde ninja. Kakashi est un jeune homme tout juste promu jōnin qui fait équipe avec ses compagnons Lin et Obito sous les ordres de Minato Namikaze, futur 4e Hokage. Du fait du manque d'effectif, Kakashi est amené à mener ses compagnons sur une mission difficile. Juste avant de se séparer de leur sensei requis pour une autre mission, ils rencontrent un éclaireur ennemi, sur lequel Kakashi teste sa toute nouvelle technique, les Mille oiseaux, mais il manque de se faire tuer. Minato le sauve et tue le ninja ennemi, lui demandant de ne pas utiliser cette technique qui l'aveugle et l'empêche de voir les mouvements ennemis. La nuit qui suit, Minato explique à Obito comment le père de Kakashi, un ninja de génie, s'est suicidé des suites d'une disgrâce parce qu'il n'avait pas suivi la règle faisant passer la réussite de la mission avant la vie de ses coéquipiers. C'est pourquoi Kakashi est si attaché aux règles et si dur avec Obito. Le lendemain, Lin est enlevée par les ninjas ennemis et Kakashi décide de poursuivre la mission sans elle. Furieux, Obito part chercher Lin seul.

Obito retrouve Lin mais se fait attaquer brusquement par un ennemi capable de se rendre invisible. Kakashi qui a changé d'avis arrive et le protège, mais perd son œil gauche en prenant le coup d'épée à la place Obito. Tout à coup, le jeune Uchiwa éveille son Sharingan et tue l'ennemi qu'il est maintenant capable de détecter. Ils se précipitent dans la grotte où Lin est maintenue sous l'influence d'un genjutsu et affrontent le dernier ninja ennemi quand soudainement, celui-ci fait s'effondrer la grotte. Lin et Kakashi évitent les roches qui tombent, mais Obito se fait écraser. À l'article de la mort, il demande à Lin de greffer son Sharingan à Kakashi pour devenir son œil et remplacer celui qu'il a perdu. Avec le Sharingan qui lui permet d'anticiper les mouvements ennemis, les Mille oiseaux de Kakashi est enfin une technique complète. Il s'en sert pour supprimer l'ennemi toujours dans les parages et s'apprête à s'enfuir avec Lin quand de nombreux renforts ennemis arrivent. En se servant du kunaï spécial que son sensei lui a offert, Kakashi invoque ce dernier sans le savoir juste avant de s'évanouir. Quand il se réveille, tous les ennemis sont morts et la mission est terminée ; son sensei le veille et Lin regarde les étoiles.