Après plus de deux ans passés en entrainement, Naruto est de retour au village de Konoha, accompagné de son ami Jiraya.

Naruto est à peine rentré chez lui que l’organisation Akatsuki se met déjà en mouvement en vue de la réalisation de son grand projet.

Naruto et Sakura, qui ont fait d'énormes progrès, se font défier par Kakashi au jeu des clochettes.

Un grand combat s'engage entre Gaara et Deidara, un membre de l'Akatsuki qui maitrise l'argile. Pendant ce temps, Naruto et Sakura parviennent à duper Kakashi et à lui prendre les clochettes.

Le combat entre Gaara et Deidara s'intensifie. Ce dernier se fait broyer un bras par les techniques de sable de Gaara, mais continue le combat. Les mesures d'urgence sont prises au sein de Suna pour la protection du Kazekage et du village.

Gaara est vaincu. Les deux membres de l'Akatsuki ont accompli leur mission et partent avec Gaara.

Kankurô part à la poursuite des deux membres de l'Akatsuki ; pendant ce temps, Suna lance un appel à l'aide à leurs alliés de Konoha.

À l'issue d'un combat rapide entre marionnettistes, Kankurô est vaincu et empoisonné par Sasori. L'équipe Kakashi se hâte vers Suna.

L'équipe de Kakashi part en urgence à Suna.

Kankurô est en danger de mort et l'équipe de Kakashi n'est toujours pas arrivée. Pendant ce temps, l'équipe de Gaï prend elle aussi le chemin de Suna.

L'équipe Kakashi arrive enfin et Sakura réussit à trouver un moyen de soigner Kankurô. L'équipe Kakashi part alors à la recherche du lieu où se cache l'Akatsuki.

Les équipes Kakashi et Gaï sont en route pour retrouver Gaara.

Un combat s'engage entre les ninjas de Konoha et l'Akatsuki. L'équipe de Gaï doit affronter Kisame tandis que l'équipe de Kakashi doit affronter Itachi.

Naruto doit faire face au Genjutsu d'Itachi. Pendant ce temps, Gai est en mauvaise posture face à Kisame...

Naruto a recours à son nouveau Rasengan, Odama Rasengan (Rasengan géant) et vient à bout d'Itachi. Gai de son côté, grâce à l'ouverture de six portes de Chakra, parvient à vaincre Kisame. Mais s’agissaient-ils des vrais Itachi et Kisame ?

Les ninjas qu'ont affronté les deux équipes sont respectivement Yuura et un autre ninja de Suna, métamorphosés par une technique spéciale par le Chef de l'Akatsuki. Chiyo explique à Naruto, Sakura et Kakashi ce qui arrive à l'hôte quand son démon est extrait. L'équipe de Kakashi et celle de Gai reprennent leur chemin vers le repère de l'Akatsuki, mais Naruto est épuisé car il ne maîtrise pas encore son nouveau Rasengan et Gai par l'ouverture des six portes de Chakra. Les deux équipes font une courte pause.

Les deux équipes de Konoha arrivent devant le repaire de l'Akatsuki en train de terminer d'extraire le Shukaku.

Les équipes Kakashi et Gaï veulent pénétrer dans le repaire de l'Akatsuki mais une barrière de 5 sceaux les en empêche. Pour désactiver le mécanisme, il faut enlever les 5 sceaux de papier en même temps.

Les membres de l'équipe Gaï tombent dans un piège après avoir enlevé les sceaux. Ils doivent se battre contre leurs propres répliques. De son côté, l'équipe de Kakashi se scinde en deux : Naruto et Kakashi partent à la poursuite de Deidara alors que Sakura et Chiyo affrontent Sasori.

Le combat entre Sasori et le duo Chiyo/Sakura commence. Chiyo prend le contrôle des mouvements de Sakura en utilisant ses talents de marionnettiste pour combattre Sasori. Ce dernier, également marionnettiste, utilise sa marionnette favorite, Hiruko pour riposter.

Le vrai visage de Sasori, étonnamment juvénile, est découvert. Sasori invoque la marionnette du 3e Kazekage. Deidara tente d'amener Naruto au loin et de le séparer de Kakashi. L'équipe Gaï poursuit son combat difficile.

Sakura piégée dans un nuage de poison parvient à s'échapper. Chiyo appelle deux marionnettes : la « mère » et le « père » de Sasori pour faire face au 3e Kazekage.

Les jutsu à base de limaille de fer du 3e Kazekage bloque les marionnettes de Chiyo. Flashback sur le passé de Sasori et la création de ses 2 premières marionnettes à l'effigie de ses parents morts au combat. Sakura, dirigée par Chiyo évite les colonnes de sable ferreux de Sasori.

Sakura doit faire face aux gigantesques formes ferreuses utilisées par le 3e Kazekage. Changeant de technique, Sasori réussit à la toucher et à l'empoisonner. Au moment où la marionnette vient l'achever, Sakura la détruit d'un coup de poing.

Sakura révèle qu'elle a pris une dose d'antidote. Durant ce temps, Deidara tente toujours de séparer sans succès ses deux poursuivants. Sasori révèle qu'il s'est lui-même transformé en marionnette.

Alors que Sakura semblait être enfin parvenue à détruire Sasori, celui-ci revient à la vie. Chiyo utilise alors son ultime jutsu utilisant 10 pantins mythiques. Sasori réplique en invoquant 100 pantins.

Sakura est à nouveau blessée par une lame empoisonnée. Chiyo la contraint à prendre un antidote. Sasori se laisse alors transpercer le cœur par les deux marionnettes « papa » et « maman ». Il parle alors d'un rendez-vous qu'il avait avec un espion infiltré auprès d'Orochimaru.

Le combat de l'équipe de Gaï touche à sa fin.

Kakashi utilise le pouvoir de son « Kaléidoscope hypnotique du Sharingan » sur Deidara et lui arrache l'autre bras. Peu après, Naruto utilise l’« Orbe tourbillonnant » contre Deidara et parvient à libérer Gaara.

Naruto réussit à convaincre Chiyo de sauver Gaara.

Chiyo, aidée par Naruto, donne sa vie pour effectuer sa surprenante technique d'échange d'énergie vitale pour sauver Gaara.

Tout rentre dans l'ordre : Gaara reprend sa place de Kazekage à Suna, le corps de Chiyo est enterré et Naruto et ses compagnons retournent à Konoha. Mais apparemment, Deidara n'est pas mort.