나루토와 사스케가 종말의 계속에서 격돌한 라스트 배틀 후, 제4차 닌자 대전은 종결되어 사스케는 과거에 저지른 죄를 뉘우치기 위해 나뭇잎 마을에 돌아가지 않고 홀로 여행을 하고 있었다. 그 즈음, 나뭇잎 마을에서는 닌자들이 행방불명되는 사건이 발생하여 6대 호카게가 된 카카시와 나루토가 어딘가 이상한 기운을 느낀다. 그러던 중, 이번에는 수수께끼의 닌자들이 마을을 습격하는데...

갑자기 나뭇잎 마을을 습격한 수수께끼의 기폭 인간들. 그리고 마을에서 멀리 떨어진 곳에 있던 사스케가 방문한 마을에서도 기폭 인간이 나타나 죄 없는 마을 사람들이 연이어 폭발해 버린다. 이 사건의 진상을 밝히기 위해서 나뭇잎 마을로는 돌아가지 않고 독자적으로 조사를 시작한 사스케. 먼저 마을 사람이 말한 뇌광단의 푸신이라는 남자가 수상하다고 느낀 사스케는 마을에서 우연히 닌자를 그만두고 떠돌이 예능인으로 살고 있는 치노와 노와키와 만난다. 그들과 함께 정보를 얻기 위해서 어떤 장소로 향하고, 그곳에서 사스케가 만난 사람은...

오로치마루를 앞세워 투기장에 도착한 사스케는 사건의 단서를 알고 있다는 오야시로 엔을 불러내기 위해서 오야시로가 내세운 투기장의 선수와 대결한다. 그러던 중 그곳에 기폭 인간이 출현하여 사스케를 습격하고, 시합이 중단되어 오야시로와 만날 기회를 놓쳤다고 생각한다. 하지만 사륜안을 가진 사스케에게 흥미를 가진 오야시로는 직접 사스케와 만나 이번 사건이 생각지도 못했던 우치하 일족과 관계가 있다고 알려주는데...

드디어 푸신의 정체를 알게 된 사스케는 사건의 전말을 듣기 위해서 푸신과 싸우며 궁지에 몰아넣는다. 푸신의 기억을 사륜안으로 들여다보려는 순간, 또다시 거대한 적안의 환술 함정에 빠진 사스케는 정신을 잃게 된다. 눈을 떠보니 그곳에는 간신히 도망친 푸신의 발자국만 눈 위에 남아 있다. 그것을 따라가보니 새빨간 연못이 끓어오르고 있는 도저히 인간이 살 수 없는 지옥 계곡에 도착하는데...

나뭇잎 마을이 기폭 인간에게 습격을 당하면서 시작된 이 사건을 독자적으로 조사하던 사스케는 수많은 위험을 뛰어넘어, 드디어 진실에 도달하게 된다. 기폭 인간, 혈류안, 지옥 계곡, 치노이케 일족, 그리고 우치하 일족. 이 모든 것이 하나가 되어 밝혀지는 사건의 전말은?! 드디어 모든 비밀이 밝혀진다!!