La quatrième Grande Guerre Ninja est terminée. Mais depuis ce jour, Sasuke continue son voyage solitaire, avec pour objectif d'expier ses péchés. Pendant ce temps-là, au Village de Konoha, il y a un nombre croissant de ninjas portés disparus. Alors que Kakashi, désormais Hokage, et les autres discutent de ces incidents, le village est attaqué par un mystérieux groupe de ninjas.

Au lieu de retourner au village de Konoha, Sasuke part avec Chino et Nowaki pour enquêter sur la cause de l'explosion des humains. Pour trouves des informations sur le sujet, il décide de se rapprocher d'une ancienne connaissance, un certain Orochimaru...

Orochimaru amène Sasuke sur le ring de combat du Colisée, pour attirer l'attention d'En Oyashiro. Ce dernier pourrait avoir en effet des informations sur l'incident des explosions d'humains. Le match est annulé cependant lorsque d'autres humains explosifs apparaissent et que l'opportunité de rencontrer Oyashiro semble perdue. Cependant, impressionné par le Sharingan de Sasuke, Oyashiro l’approche en personne.

Sasuke découvre enfin la véritable identité de Fuushin et commence à le combattre. Au moment où Sasuke essaie de lire les souvenirs de Fuushin avec son Sharingan, un Genjutsu aux yeux rouges fait perdre connaissance à Sasuke. Il se réveille et se retrouve seul. Toutefois, il voit des traces dans la neige indiquant que Fuushin s'est à peine échappé vivant.

Sasuke reprend à zéro son enquête sur les incidents survenus ces derniers jours : les humains explosifs, le Ketsuryugan, le clan Chinoike, le clan Uchiha, ... Comment sont-ils liés ? Où mène son voyage? Le mystère est sur le point d'être résolu...