Trong khi nhớ lại cuộc gặp kỳ lạ với Itachi, Naruto được triệu tập đến dinh thự của Hokage. Tại đó cậu nhận được một tin chấn động.

Tan nát cõi lòng, Naruto lang thang trên các con phố trong làng, trong khi Tsunade cố gắng giải mã thông điệp của Jiraiya.

Khi cả đội đang nghiền ngẫm thông điệp của Jiraiya và chờ đợi kết quả khám nghiệm tử thi, Fukasaku đưa ra một lời đề nghị bất ngờ cho Naruto.

Naruto bắt đầu luyện tập Hiền Nhân Thuật dưới sự hướng dẫn của Fukasaku, nhưng nhanh chóng mất kiên nhẫn trước thử thách đầu tiên.

Naruto chật vật trong quá trình luyện tập trước khi đạt được bước đột phá lớn. Trong khi đó, anh trai của Killer Bee gửi một thông điệp khẩn cấp cho Tsunade.

Trong khi các ninja Làng Lá đang phân tích thông tin mà Jiraiya mang về, Lục Đạo Pain phá vỡ hàng rào phòng thủ của Làng Lá và tấn công.

Làng Lá hứng chịu đòn tấn công nặng nề của Pain và Konan. Nghe tin Akatsuki tấn công, Tsunade tìm cách liên lạc với Fukasaku.

Ở một khu vực trong làng, Kakashi giao chiến với Tendo Pain, nhưng anh không thể đối phó kịp trước các cuộc tấn công bí ẩn của Tendo. Shurado tham gia cuộc chiến.

Làng Lá hứng chịu đòn tấn công nặng nề của Akatsuki. Bên dưới ngôi làng, Danzo hành động để đạt được tham vọng của mình.

Konohamaru, Moegi và Udon kinh ngạc khi nhìn thấy ngôi làng quê hương. Nhưng để hoàn thành nghĩa vụ của genin, họ phải đưa dân làng đến nơi an toàn.

Tsunade đối mặt với Tendo Pain trên sân thượng của dinh thự Hokage. Tsunade từ chối khi Pain yêu cầu giao nộp Cửu Vĩ Hồ.

Linh cảm nguy hiểm đang cận kề, Naruto và Fukasaku vội từ Núi Myoboku trở về Làng Lá, song ngôi làng đã bị san bằng đến mức không thể nhận ra.

Naruto tấn công Pain bằng Rasen Shuriken Phong cách gió đã hoàn thiện Hiền Nhân Thuật của mình. Tuy đánh bại Ningendo, nhưng Pain còn lại nhanh chóng đối đầu với cậu.

Gamabunta và những con cóc khác bị đánh bại còn Pain bắt được Naruto. Cậu cố gắng chống trả bằng Hiền Nhân Thuật, nhưng Gakido hút hết chakra của cậu.

Hinata bước đến đối mặt với một kẻ thù hùng mạnh và tiết lộ bí mật cô giấu kín từ lâu. Trong khi đó, Neji nhận thấy một sự hiện diện kì lạ trên đường đến Làng Lá.

Naruto đánh mất bản thân sau khi chứng kiến Hinata bị hạ gục ngay trước mắt. Cơn thịnh nộ của cậu khiến chakra của Cửu Vĩ Hồ mất kiểm soát.

Bên trong thế giới nội tâm, Naruto gặp Minato Namikaze – Hokage Đệ Tứ – và biết được tin tức chấn động rằng Minato chính là cha của mình.

Để phá vỡ vòng luân hồi thù hận, Naruto đi đến nơi Pain thực sự đang ẩn náu. Trên đường đi, cậu bắt gặp Shikaku và Inoichi.

Khi Naruto luyện tập cho trận đấu sắp tới, cậu nghe thấy Jiraiya nói về "di sản của Hokage Đệ Tứ", thứ mà cậu tin là một kỹ thuật ninja bí mật.

Naruto và những người khác đương đầu với các thử thách sắp tới với hy vọng phá vỡ kỷ lục trước đó. Nhưng hành động bốc đồng của Naruto khiến cả nhóm gặp rắc rối.

Naruto đối mặt với Nagato và Konan. Nagato kể cho Naruto nghe về thời thơ ấu của anh và Làng Lá đã cướp đi cha mẹ anh như thế nào.

Để thực hiện ước mơ của họ, Nagato, Yahiko và Konan băng qua vùng chiến sự để tìm kiếm Jiraiya, mong học được nhẫn thuật từ ông.

Sau khi biết về quá khứ đau lòng của Nagato, Naruto đưa ra câu trả lời của riêng mình cho sứ mệnh tìm kiếm hòa bình, gợi cho Nagato nhớ lại lời hứa thuở xưa.

Nagato quyết định tin lời Naruto và thực hiện cấm thuật cuối cùng của mình, giúp khôi phục lại những sinh mạng đã mất trong cuộc tấn công vào Làng Lá.