Команда Какаші повертається до Поселення Прихованого Листа після завершення своєї місії. Поки Наруто згадує розмову з Ітачі, його викликає Цунаде, де він дізнається шокуючі новини про Джирайю.

Шикамару намагається розшифрувати передсмертне послання, яке залишив Джирайя, але не може збагнути, про що в ньому йдеться. Шикамару звертається по допомогу до Наруто, гадаючи, що той може знати шифр. Чи зможе засмучений Наруто розшифрувати передсмертне послання Джирайї?

Код, який залишив Джирайя, нарешті розшифровано, але що саме він означає? Тим часом Наруто продовжує тренування.

Прочитавши першу книгу Джирайї, Наруто стає більш рішучим, ніж будь-коли, щоб завершити своє навчання. Тим часом розлючений Райкаґе планує скликати всіх каґе на нараду.

Наруто досягає успіху в оволодінні своїм режимом мудреця, просуваючись далі, ніж навіть Джірайя. Однак для Конохи справи виглядають не так добре, оскільки Пейн готується зробити свій хід.

Лідер Акацукі, Пейн, починає своє вторгнення в поселення Прихованого Листа. Ніндзя Листя збираються, щоб захистити місцезнаходження Наруто, але коли Пейн націлився на Іруку, Какаші доводиться зіткнутися з ним.

Цунаде віддає наказ покликати Наруто до поселення, але старійшини не довіряють її рішенню. Поки Цунаде намагається переконати їх і сама готується приєднатися до битви, Какаші бореться з Пейном, намагаючись з'ясувати свої здібності.

Какаші продовжує боротися з Пейном. З прибуттям Чоудзі та Чоузи справи починають йти на краще, але Пейн ще не вичерпав свої вміння.

Коли Какаші падає перед Пейном, ситуація для Конохи лише погіршується. Шізуне та Іноічі близькі до розгадки таємниці Пейна, але коли перед ними постають Тваринний і Людський шляхи Пейна, чи зможуть вони втекти з правдою про Пейна?

Ебісу захищає Конохамару від Пейна і відмовляється розголошувати будь-яку інформацію про Наруто. Ебісу готовий віддати своє життя, щоб захистити і Наруто, і Конохамару. Конохамару не збирається дозволити своєму вчителеві змарнувати життя, але що він може зробити проти Пейна?

Пейн стикається з Цунаде і розпитує її про місцезнаходження Наруто. Цунаде сперечається з Пейном про його мотиви, але незабаром Пейн отримує потрібну йому інформацію з іншого джерела. Перед тим, як зібратись у дорогу, Пейн завдає нищівного удару по поселенню! Тим часом Наруто готується повернутися до поселення Листя, але може запізнитися.

Наруто повертається і виявляє, що поселення спустошене внаслідок нападу Шинра Тенсей Пейна. Наруто просить усіх триматися подалі, оскільки він готується вступити на всі шість шляхів Пейна одночасно.

Наруто успішно починає знищувати тіла Пейна одне за одним, але коли його режим мудреця досягає своєї межі, Пейн намагається взяти битву під свій контроль. Чи наближається момент перемоги Пейна, чи у Наруто є план?

Царство Бога Пейна нарешті вступає в бій. Коли жаби-союзники Наруто падають один за одним, ситуація починає виглядати похмурою. Чи зможе Наруто перемогти Пейна?

Поки Пейн розповідає Наруто про те, чому він робить те, що робить, на сцені з'являється Хіната, яка зізнається Наруто у своїх почуттях. Щоб врятувати його, вона нападає на Пейна... Ситуація стає дуже заплутаною і Наруто ось-ось переступить межу!

Лють Наруто підштовхує його до того, що він випускає шість хвостів Кюбі проти Пейна. Щоб протистояти цій загрозі, Пейн змушений покластися на свою найпотужнішу техніку, щоб зупинити Наруто. Чи вдасться Пейну перемогти Наруто, або ж найнесподіваніший союзник заспокоїть Наруто?

Четвертий Хокаґе з'являється у свідомості Наруто і заважає йому нерозумно звільнити Кюбі. Чи дасть це протистояння батька і сина Наруто впевненість, необхідну для того, щоб зупинити Пейна раз і назавжди?

Наруто зустрічається з Наґато і каже, що дасть йому відповідь на запитання, яке раніше поставив йому Пейн, після того, як дізнається про те, що змусило Наґато стати на лихий шлях. Якою буде відповідь Наруто і якого висновку дійде Наґато?

Четвертий Хокаґе, Мінато Наміказе, перед смертю залишив свій спадок. Наруто, Сакура і Саске намагаються знайти спадок Мінато до того, як до нього дістануться інші команди шинобі.

Наруто, Сакура, Шикамару, Іно та Чодзі продовжують пошуки Спадщини Четвертого Хокаґе, одночасно відганяючи несподіваних гостей.

Наґато розповідає Наруто про те, як він познайомився з Яхіко та Конаном, а згодом став учнем Джирайї.

Наґато розповідає правду про те, що сталося з Яхіко і що змусило його знехтувати ідеалами Джирайї. Закінчивши свою розповідь, він вимагає почути відповіді Наруто. Чи буде відповіді Наруто достатньо, щоб переконати Наґато відмовитися від своїх злих планів, чи Наруто буде змушений вбити Наґато?

Закінчивши розповідь Наґато, Наруто дає йому свою відповідь, заявляючи, що він не відмовиться від спадщини свого вчителя і продовжуватиме прагнути до миру, незважаючи на те, через який біль йому довелося пройти. Нагато розмірковує над словами Наруто, згадуючи свої останні дні, коли він був одним з учнів Джирайї. Як Наґато зрештою відреагує на відповідь Наруто?

Вирішивши повірити в Наруто, Нагато використовує мистецтво Ґедо: Рінне Відродження дзюцу, витрачаючи останню чакру, і таким чином віддаючи своє життя, щоб оживити всіх людей в селі, які загинули під час нападу, кажучи, що це найменше, що він може зробити. Після смерті Наґато Конан залишає Акацукі, забираючи з собою Наґато та Божество Пейна (який насправді є тілом Яхіко), прощаючись з Наруто, кажучи, що оскільки Наґато повірила в нього, щоб досягти справжнього миру, то і вона повірить у нього. Коли Наруто повертається до Листка, він з подивом виявляє, що все село чекає на його повернення, вітаючи його як справжнього героя. Після всіх цих років Наруто нарешті отримав визнання, якого завжди прагнув.