イタチの痕跡を追いかけるサスケは暁のアジトの一つに到達していた。仲間達を残し、アジト潜入を試みるサスケの前に、遂に兄・イタチが姿を現す。しかしそれは幻術による偽者だった。偽イタチはサスケに、うちはのアジトに来る様にと告げるのだった。一方、木ノ葉達はサスケを追っていた。影分身によりサスケの位置を掴むナルトだが、追尾しようとするその眼前に暁のトビが現れる。戦いを挑む木ノ葉達だが――

うちはのアジトにてサスケを待つイタチ。その胸中には木ノ葉を出奔するに至った過去の出来事がよみがえっていた。サスケの到着とともに、二人は因縁の兄弟対決へと突入する。激しい体術の応酬の中、サスケはかねてよりの疑問をイタチにぶつける。サスケに胸を貫かれたイタチは質問に応じ、三人目の写輪眼を持つ男について言及するが――

写輪眼による凄まじい幻術合戦の後、イタチは最強の瞳術である万華鏡写輪眼の秘密と、それにまつわるうちは一族の歴史を語り始める。それは力を求め、互いに血を流し合うさだめを負った呪われた歴史であった。うちはマダラ同様に『永遠の瞳力』を求める為、サスケの写輪眼を奪うと宣言するイタチ。そして遂に兄弟の死力を尽くした、本格戦闘が開始される。

イタチによって左目を奪われたサスケだが、それはすべて万華鏡写輪眼による幻術であった。力ずくで『月読』を破ったサスケは、ダメージを受けたイタチに怒涛の反撃を開始する。サスケの成長とセンスに驚愕するゼツ。しかしイタチは更なる強力な忍術『天照』でサスケを迎えうつ。チャクラの限界を超えた凄絶な勝負に憔悴してゆく兄弟。その時、サスケの中ではある計画が進行していた。

壮絶な戦いの果てに遂にチャクラ切れを迎えたイタチとサスケ。しかしサスケのすべての行動は最後の大術への布石にすぎなかった。サスケは自然界の力を利用し、イタチに新術『麒麟』を放つ。雷による絶対不可避の攻撃を受け、倒れるイタチだが――その体は謎の術『須佐能乎』によって守られていた。最後の切り札を破られ、唖然とするサスケ。しかしその時、突然サスケの奥底に、とある異変が訪れる。

ナルト達はトビによる足止めに手を焼かされていた。幻術などでは説明の付かない不可思議な術に対抗するため、寄壊蟲による広範囲型攻撃を展開するが、すべての攻撃は届かず、かわされてしまう。しかしそこに突如ゼツが現れ、サスケとイタチの戦いが終結した事を告げるのだった。驚く木ノ葉達をあざ笑うかのように姿を消してしまうトビとゼツ。ナルト達はヒナタの白眼探知で戦闘場所を特定し、サスケの元に急ぐのだが…。

暁のアジトにてマダラと向かい合うサスケ。マダラは自分こそがあの夜の協力者である事を明かし、サスケが知らなかった「イタチの真実」について語ろうとする。しかし切り出された話は、信じがたいものだった。極度の疲労状態の中与えられた新たな情報に混乱し、過呼吸に陥るサスケ。しかし話を聞くことこそサスケの義務だと言い切るマダラは、イタチの真実を伝える為、歴史を遡って、うちは一族と木ノ葉の千手一族の因縁について語り始めるのだった。

うちは一族は木ノ葉に対するクーデターを企てていた。次々とマダラが語る信じがたい話に、サスケはただただ絶句する。その優秀さゆえに、木ノ葉とうちは一族の間に板ばさみになったイタチは、地獄のような日々を送っていた。幼くして忍界大戦を経験し、そのトラウマから何よりも里の安定と平和を愛する男となったイタチを待っていた、残酷すぎる運命とは――。うちは殲滅の夜にまつわる全ての謎が明らかになったとき、サスケは初めて兄イタチが抱いていた本当の想いに辿りつくのだった。

『天照』の炎が残る戦闘跡地で懸命にサスケの捜索を続けるナルト達。しかし探索チームの能力を持ってしても痕跡を見つける事はできなかった。出来る限りの手を打ったと判断するカカシは、里への引き上げを決める。一方、イタチの真実を知ったサスケはその写輪眼を移植する事を拒否し、木ノ葉を潰す事を次なる目標と定め、利害が一致する暁と手を組むのだった。

暁と手分けして尾獣を狩る為、雷の国・雲雷峡にて八尾のキラービーと対峙する鷹の面々。雷遁に加え、七本の刀を操るキラービーとの戦闘に鷹たちは苦戦を強いられていく。更に尾獣のチャクラをまとう特殊攻撃に隙をつかれ、瀕死の重傷を負ってしまうサスケ。絶体絶命の窮地の中、明らかになる「八尾」の全貌、そしてサスケに宿った新たなる力とは――。