Während des Dritten Shinobi Weltkrieges konnte Kakashi den Rang eines Jōnin erreichen. Als Anführer seines Teams machte sich Kakashi mit Rin, Obito und ihrem Lehrer Minato Namikaze in das Land des Grases auf. Dort mussten sie eine Brücke zerstören, um das Vorrücken von feindlichen Truppen nach Konoha, zu verhindern.

Während des dritten Shinobi Weltkrieges wurde die junge Shinobi Rin entführt. Ihre Teamkollegen Kakashi und Obito versuchten daraufhin sie, zu befreien. Im Versteck der Iwa-Nins konnte Kakashi Obito retten, verlor dabei jedoch sein linkes Auge. Die zwei Shinobi mussten sich einem Kampf gegen dem Iwa-Nin Kakkou stellen.