모래마을 사건도 해결되고 평화로운 날이 이어지는 나뭇잎마을, 모래마을에 파견됐던 가이팀과 카카시팀이 돌아오지만 카카시는 사륜안을 쓴 여파로 쓰러진 상태로 일주일 이상 요양해야 한다는 진단이 떨어진다. 사쿠라는 츠나데에게 사소리에게 들은 정보를 말하고 츠나데는 새로운 멤버로 팀을 재편성하겠다고 말한다. 시즈네는 나루토가 위험하다며 보내지 말라고 극구 말리지만 츠나데는 나루토와 사쿠라의 굳은 의지가 임무를 성공시킬 거라고 일축한다. 이 얘기를 숨어서 들은 나루토는 새로운 멤버를 보충하겠다며 친구들을 찾아나서 시노 키바 히나타를 만나고 멋대로 졸라대지만 임무가 있다고 거절당한다. 시카마루를 쫓아가서 졸라대는 나루토 앞에 나타난 쵸지가 도와주겠다고 말하지만 그 순간 사이의 공격이 시작된다.

사이는 공격을 멈추고 다시 만나게 될 거라며 사라진다. 시즈네는 계속해서 나루토를 보내는 것에 반대하지만 츠나데는 자신이 알아서 하겠다며 걱정말라고 한다. 그 때 마을의 고문인 호무라와 코하루가 나타나 나루토를 임무에서 빼고 마을에서 감시해야 한다고 말한다. 하지만 츠나데는 혹시 무슨 일이 생기면 자신이 마을을 지키겠노라고 단언한다. 이에 호무라와 코하루는 새로운 팀에 자신이 추천한 자를 넣어달라 하고 단조를 부른다. 3대 호카게와 대립관계였던 강경파로 암부에 뿌리라는 조직까지 만들었던 단조의 등장에 츠나데는 긴장하고 리더는 자신이 선발하겠다고 말한다. 츠나데가 리더로 선발한 자는 호카게의 직속 암부 중 한 명으로 드디어 새 팀이 한자리에 모이는 시간, 나루토는 사이를 보고 경악한다.

새로운 팀이 만나는 자리, 사이를 본 나루토는 흥분해서 사이를 공격하려 하고 새로운 동료라는 야마토의 말에 놀란다. 야마토는 천지교로 가서 아카츠키가 심어놓은 스파이를 잡아오는 임무에 대해 설명하고 나루토는 가슴이 설렌다. 한편 지라이야는 입원중인 카카시를 찾아오고 츠나데도 야마토를 데리고 병원으로 향한다. 새롭게 팀의 대장을 맡은 야마토에게 지라이야와 카카시는 ‘구미호의 탈’에 대해서 얘기한다. 한편 떠나기 전 인사를 하러 온 사쿠라와 얘기를 나누던 츠나데 앞에 단조가 나타난다. 강경파의 수뇌로 온건파인 3대 호카게와 적대관계였던 단조는 바짝 츠나데를 약올리고 떠난다. 그리고 나루토와 사쿠라는 야마토 사이와 함께 새로운 팀으로 임무를 완수하러 떠난다.

길을 나선 나루토는 사이의 도발에 사스케를 거론하며 사이를 절대 팀원으로 인정할 수 없다고 선언하고 이에 사이는 나뭇잎을 버리고 오로치마루에게 간 사스케와 같은 취급 받고 싶지 않다고 말한다. 분노하여 공격하려는 나루토를 말린 사쿠라는 미소로 사이를 방심케 하고 주먹을 날린다. 보다 못 한 야마토는 목둔 인술을 펼쳐서 둘을 말리고 야마토가 초대 호카게만의 비술을 쓰는 것을 본 사쿠라는 크게 놀란다. 그날 밤 모두 온천이 딸린 여관에서 묵어가게 되는데 사이는 온천에서도 나루토를 도발하여 화나게 만든다. 여관에서 화려한 진수성찬을 맛보고 잠자리에 든다. 다음날 아침 사쿠라는 혼자 어딘가로 가는 사이를 보고 의아해한다.

사이가 그림 그리는 것을 본 사쿠라는 그림 제목이 뭐냐고 묻지만 사이는 한번도 그림에 제목을 달아본 적이 없으며 아무 것도 느끼지 못 하기 때문에 제목을 달래야 달 수가 없다고 대답한다. 뒤이어 온 나루토에게도 자신은 나루토에게 아무 감정이 없다고 말한다. 사쿠라는 사이의 짐에서 직접 그린 그림책을 발견하고 보여달라고 하지만 사이는 형의 그림책으로 다 완성되지도 않았고 아무에게도 보여주지 않기로 했다는 수수께끼 같은 대답을 한다. 온천을 떠나 출발한 나루토 일행, 야마토는 정보가 거짓으로 함정일 수도 있다며 깊은 숲 속을 가로질러 위험한 길로 간다. 그날 밤 목둔 인술로 멋진 집을 만들어낸 야마토는 스파이를 속이기 위해 자신이 사소리로 변장해서 스파이를 만날 것이며 스파이를 생포하는 것이 목적이므로 절대 해쳐서는 안 된다며 작전을 일러준다. 그리고 작전에 따라 자신과 사쿠라가 파트너로 한 팀이며 나루토와 사이가 파트너로 한 팀을 이룰 것을 지시한다.

나루토는 사이와 한 팀이라는 말에 발끈하고 사쿠라는 자신이 나루토와 팀을 이루겠다고 하지만 야마토는 의료닌자는 다쳐서 안 된다며 거절한다. 다음날 카카시팀은 야마토의 지휘 아래 실전에 대비하여 모의훈련을 한다. 야마토가 스파이로 분장하여 아이들의 반응을 살피는 것. 나루토는 그림자분신을 이용해 야마토를 잡지만 야마토는 이미 눈치채고 바꿔치기술을 써서 빠져나간다. 사이는 나루토와 가짜 야마토를 초수위화로 묶어두고 야마토를 잡는 데에 성공한다. 사이는 화가 난 나루토에게 사스케를 비난하는 발언까지 하지만 나루토는 사스케를 구하기 위해 뭐든 할 것이라 말한다. 형이 있으면 나루토의 감정을 알지 않을 것이냐는 사쿠라의 말에 사이는 이미 형은 죽었으며 자신은 감정이 없다고 대답한다. 그리고 카카시팀은 계속해서 천지교로 향한다.

천지교 부근까지 온 야마토는 목둔 인술로 사소리의 모습으로 변신하고 목소리까지 사소리에 맞춘 뒤 천지교로 향한다. 아이들이 숨죽이며 지켜보는 가운데 나타난 사소리의 부하는 놀랍게도 카부토였다. 카부토는 오로치마루의 아지트는 여러 곳으로 계속 이동하며 현재 있는 위치와 사스케도 함께 있다는 말을 한다. 전에 말한 것을 달라는 카부토의 말에 들킬 것을 직감한 야마토는 카부토를 공격하려 하지만 오로치마루가 나타난다. 그리고 오로치마루를 경계하는듯하던 카부토는 갑자기 야마토를 공격한다. 본모습을 드러낸 야마토에게 카부토는 오로치마루가 사소리가 건 술법을 풀어줬으며 자신은 오로치마루의 사상에 공감했다고 밝힌다. 오로치마루는 야마토에게 숨어있는 아이들을 불러내라고 말하고 야마토의 신호에 따라 나루토 일행은 오로치마루 앞에 나선다.

사스케를 돌려달라는 말에 카부토는 비웃으며 나루토를 자극하고 오로치마루는 사스케에 대해서 알고 싶은 자신이 직접 입을 열어서 말하도록 만들어보라고 말한다. 그 말에 분노한 나루토의 몸에서 구미호의 차크라가 흘러나오며 구미호의 탈을 형성한다. 구미호의 차크라가 구미호의 탈을 만들 때 그것은 구미호의 몸에 엄청난 상처를 입힌다는 것을 알게 된 지라이야는 츠나데와 함께 초대 호카게의 세포를 물려받아 목둔 인술을 쓸 줄 아는 야마토에게 나루토를 부탁했던 것. 그리고 오로치마루의 발언에 따라 모두 야마토가 초대 호카게의 유전적 요소를 주입했던 자신의 실험에서 살아남은 생존자란 것을 알게 된다. 자신의 사스케와 나루토의 실력을 겨뤄보게 하고 싶다는 오로치마루의 말에 분노한 나루토의 모습은 점점 구미호에 가까워진다.

오로치마루를 앞에 두고 흥분한 나루토는 구미호의 탈을 쓴 상태가 되고 카부토는 나루토를 공격하려다 나루토의 차크라에 되려 당하고 만다. 나루토의 분노는 다리를 파괴하고 피하는 오로치마루와 함께 다리 건너편으로 간다. 사쿠라는 카부토와 부딪혀 정신을 잃게 되고 사이는 사쿠라를 구하지 않고 외면한다. 겨우 야마토의 손에 구해진 사쿠라는 정신을 차리고는 벌어진 사태에 깜짝 놀란다. 오로치마루는 아직 사스케한테는 멀었다고 놀리듯 말하고 자신이 힘이 없어 떠나는 사스케를 잡지 못 했다는 자책에 시달리던 나루토는 괴로워한다. 야마토는 목둔분신을 이용해 정찰을 보내지만 그 곳에는 마침내 네 번째 꼬리까지 드러나며 거의 구미호의 모습으로 변해버린 나루토가 있었다.

네 번째 꼬리가 생겨난 이후 더욱 더 엄청난 양의 사악한 차크라가 뿜어져나오고 이를 알게 된 야마토는 불안해한다. 나루토의 엄청난 힘에 사이와 야마토분신은 접근조차 하지 못 하고 나루토의 오로치마루의 싸움이 시작된다. 불안해진 사쿠라는 야마토에게 어떻게 된 일이냐며 묻지만 야마토는 이런 일에 대비해서 자신이 뽑힌 거라며 걱정하지 말라고 한다. 쓰러졌던 카부토는 사쿠라와 야마토에게 어떻게 오늘 일을 알고 왔냐며 사소리가 오늘 오지 못 할 상황이 생긴 것 아니냐고 죽었다는 말에 기뻐한다. 거의 구미호가 된 나루토는 엄청난 고밀도의 차크라를 뿜어내고 오로치마루는 삼중나생문으로 방어하지만 한 순간에 뚫리고 만다. 나루토와 오로치마루의 엄청난 싸움에 모두 압도되고 점점 더 구미호에 가까워지는 나루토의 모습에 사쿠라는 불안해진다.

오로치마루는 쿠사나기검으로 나루토를 공격하고 나루토는 검에 밀려 다리 건너편으로 다시 넘어온다. 그 와중에 사이는 계속 오로치마루의 행동을 살피며 수상하게 행동하고 사쿠라는 나루토의 모습에 크게 충격을 받고 만다. 쿠사나기검도 나루토의 몸을 관통하지 못 하고 오히려 그 검을 튕겨낸다. 사쿠라는 괴물처럼 변해버린 나루토의 모습을 보면 눈물을 흘리며 달려가 자신이 사스케를 구할테니 그만하라고 외친다. 싸움으로 몸에 무리가 온 오로치마루는 다시금 새로운 몸을 만들어내고 돌아갈 준비를 한다. 나루토는 사쿠라를 알아보지 못 하고 공격하고 야마토는 목둔술로 힘겹게 나루토를 막는다. 카부토는 사쿠라를 치료해주며 살려주는 대신 아카츠키를 하나라도 더 처리해달라는 말을 남기고 사라진다. 사이는 오로치마루에게 접근해 자신은 단조의 사자로 단조가 오로치마루에 전하는 말이 있다고 한다.

야마토의 목둔 인술로 나루토는 겨우 자신의 모습으로 돌아오지만 몸은 이미 만신창이가 된 상태다. 사이는 오로치마루에게 접근하여 단조가 오로치마루에게 전하는 말이 있다며 단조가 부탁한 물건을 전하고 이를 본 오로치마루는 사이를 데리고 카부토와 함께 떠난다. 사쿠라는 혼신을 다해서 나루토를 치료하고 야마토에게 나루토를 막은 술법을 가르쳐달라고 하지만 야마토는 초대 호카게의 세포를 물려받은 자신만이 쓸 수 있는 술법이며 나루토의 목걸이가 도움이 되었다고 한다. 겨우 정신을 차린 나루토는 그 동안 있었던 일을 기억하지 못 하고 야마토는 사이가 오로치마루와 함께 떠났다며 단조로부터 극비 임무를 받았을 가능성을 제기하고 단조가 나뭇잎을 부수려 하는 것일지도 모른다고 말한다.

혼란스러워하는 나루토에게 사쿠라와 야마토는 단조는 3대의 의지를 물려받은 현 체제를 무너트리고 자신이 호카게가 되어 전면에 나설 생각이며 그를 위해 나뭇잎 부수기와 같은 큰 사건이 필요한 것으로 오로치마루와 손을 잡을 생각일 것이라 말한다. 나루토는 사이의 임무가 단조와 오로치마루 사이의 다리 역할이라는 말에 깜짝 놀란다. 야마토 분신의 미행을 눈치챈 오로치마루는 일을 꾸며 가짜 사이 시체를 남기지만 야마토 분신은 속지 않는다. 야마토는 힘들어하는 나루토를 내버려두고 추적을 계속하자고 말한다. 나루토는 다시 굳은 의지로 함께 추적에 나서지만 나루토 때문에 다친 사쿠라가 정신을 잃고 만다. 야마토는 쉬어갈 것을 제안하고 나루토를 따로 불러내서 사쿠라를 다치게 한 것은 바로 너라고 말한다.

야마토의 말에 나루토는 그제야 자신이 구미호의 힘을 빌어 엄청난 짓을 저지른 것을 자각한다. 야마토는 자신은 인주력의 힘을 제압할 수 있는 특별한 능력을 가지고 있으니 도와주겠노라며 구미호의 힘을 빌리지 말고 자신의 힘으로 사스케를 찾으라고 말한다. 사쿠라는 조금 전에 주웠던 그림책을 보다 이상한 점을 발견하고 나루토와 야마토를 부른다. 대사가 전혀 없이 그림만으로 이루어진 그림책은 앞뒤 표지에 사이를 닮은 검은머리 소년과 정체를 알 수 없는 흰머리 소년이 페이지를 더해갈수록 새로운 적과 만나 그를 쓰러트리고 무기와 옷을 뺏는 내용이지만 마지막 페이지는 미완성으로 남아있다. 사쿠라는 흰머리 소년이 사이가 말한 형이 아닐까 생각한다. 한편 오로치마루 일행은 마침내 오로치마루의 아지트에 도착하고 사이는 그 곳에서 사스케를 만난다.

사스케는 나루토를 거론하며 자신을 자극하는 사이의 말에도 냉정하게 대답하고 관심을 주지 않고 사륜안으로 사이를 공격한다. 사이는 극심한 공포를 느끼고 자신으로 하여금 공포를 느끼게 한 사스케에 놀란다. 한편 나루토 일행은 야마토분신의 도움으로 아지트에 도착한다. 야마토는 사이에게 썼던 추적용 씨앗을 나루토와 사쿠라에게도 먹이고 그리고 땅을 파서 지하로 접근한다. 아지트를 둘러싼 바위를 목둔인술로 파괴하고 아지트로 진입한 나루토 일행은 씨앗의 힘을 빌어 사이를 찾아 나선다. 한편 사이를 방에 가둔 카부토는 오로치마루에게 받은 호카게 직속 암부 구성원 리스트를 방에 두고 온 것을 기억하고 다시 사이의 방으로 향한다.

나루토 일행은 마침내 사이를 찾아내고 사이는 스스로 입을 연다, 단조의 명령으로 나뭇잎마을을 치기 위해 오로치마루와 결탁하고 오로치마루의 정보를 빼내는 임무를 맡고 왔다고. 사쿠라는 분노하지만 사이는 자신은 명령에 따를 뿐이라고 한다. 하지만 사쿠라는 그림책을 거론하며 사이는 감정을 다 죽이지 못 한 것이라고 말한다. 야마토는 그림책의 마지막에서 형과 사이가 만나 싸우는 것 아니냐고 하지만 사이는 선물로 주려 그리던 것이지만 형이 죽는 바람에 선물하지 못 했다고 한다. 나루토 일행은 사이를 묶어두고 다시 잠입하려 하지만 사이는 사스케와 만났으면 사스케가 나루토를 부정했다고 한다. 하지만 나루토는 사스케는 귀한 친구며 겨우 만들어낸 유대감이라며 자신은 오로치마루의 손에 난도질 당해도 사스케를 되찾고 말겠다고 한다.

이상한 변화에 눈치 챈 카부토에게 습격을 받은 카카시팀. 불시의 습격으로 사이를 뺏기지만, 사쿠라에게 그림책 이야기를 들은 사이의 마음속에는 변화가 일어난다. 전투태세에 돌입한 나루토 일행을 놀래키는 사이의 경악스러운 행동은…!? 그리고 카부토로부터 들은 정보를 토대로 사스케를 찾을 수 있을 것인가. 사스케를 찾기 위해 두 팀으로 나뉜 카카시 팀. 나루토와 사쿠라의 마음속에는 사스케와의 아련한 추억과 이별의 기억이 되살아난다.

만신창이가 된 몸이 회복하기도 전에 열심히 사스케를 찾아 나서는 나루토. 그런 서투르고 필사적인 모습은 사이의 마음속에 형에 대한 기억을 불러일으키는 모습이었다. 예전의 기억을 되살려 마침내 미완성의 부분을 완성시킨 사이는 처음으로 마음 속에서 우러나오는 미소를 보여준다. 그러나 갑자기 덤벼드는 오로치마루의 습격으로 평온함도 잠시 뿐. “사스케는 반드시 구해낼거야”라고 약속하고, 나루토에게 뒤를 맡기고 그 자리를 떠나는 사이. 그러나 야마토는 사이가 남긴 짐 속에서 무시무시한 진실을 발견한다.

사이가 맡은 진짜 임무가 “사스케 암살”이었다는 것을 알고 아연실색하는 카카시팀. 사이가 보여준 미소가 진심이었다고 믿고 싶은 나루토지만, 연기를 했을 가능성도 부정할수 없다. 한편 그 무렵, 사이는 사스케가 있는 곳에 도착하고, 암살이냐 구출이냐의 기로에서 사이가 선택한 결말은…아지트의 일부를 붕괴시키면서 교전에 돌입하는 사이와 사스케. 그리고 차크라를 이용하여 사이가 있는 곳으로 간 나루토 일행은, 마침내 비원(悲願)이었던 사스케와 재회한다.

염원이었던 사스케와 재회한 나루토 일행. 그러나 사스케의 마음은 3년이라는 시간이 흘렀어도 변함이 없었다. 형인 이타치를 향한 복수가 첫번째 목적으로, 나루토 일행과는 벌써 연을 끊었다고 말하는 사스케. 가차 없이 나뭇잎 마을 일행에게 달려든다. 압도적인 성장을 보여주는 사스케에게 서서히 밀리는 나뭇잎 마을 일행. 숙주의 열세를 감지한 구미호는 내면세계에서 나루토에게 가세할 것을 호소하지만, 사스케는 한층 더 진화한 사륜안의 힘으로 내면세계에 침입하여 제지를 호소하는 구미호를 제압한다.

필사적인 나루토의 호소에도 불구하고, 사스케의 복수를 향한 각오는 변하지 않는다. 더 이상의 설득은 무의미하다고 판단한 야마토는 실력행사로 사스케를 구속하려고 시도하지만, 오로치마루의 개입으로 사태는 급격한 결말을 맞이한다. 또다시 사스케를 되찾을 수 없었다는 후회와 자신의 무력함에 풀 죽어 있는 웅크리고 있는 나루토의 뒤에서 상냥하면서도 위압적인 말이 들려온다…. 오로치마루의 환생까지의 기한은 약 반년. 마침내 진정한 결속을 이룬 신생 카카시 팀은 가슴속에 새긴 맹세를 되세긴다.