השינובים תחת הטסוקיומי האינסופי של מאדארה ממשיכים לישון ולחלום חלומות נעימים. בינתיים, נארוטו והאחרים מצליחים לברוח מהגנג'וטסו בזכות הסוסאנו של סאסקה.

לאחר שחווה את מלחמת הנינג'ות הגדולה בתור נער, איטאצ'י מהרהר במשמעות החיים והמוות, ומרחיק עצמו מילדים בני גילו. זמן קצר לאחר שנכנס לאקדמיה, איטאצ'י מוצא את עצמו בראש כיתתו.

עם סיום הלימודים באקדמיה, איטאצ'י הופך לגנין ומצטרף לצוות הכולל את טנמה, שינקו ומנהיג הג'ונין שלהם, מינזוקי סנסאי במשימתם הראשונה - חתול נינג'ה!

איטאצ'י מלווה את חברו שיסוי בתרגיל אימונים ב-3 חלקים. השניים נתקלים בקרב בין האנבו של ההוקאגה והמכון. איטאצ'י מבולבל ממניעיהם, אולם שיסוי אינו מתלבט בנחישותו להפסיק את הלחימה.

איטאצ'י מצטרף לאנבו ובמהרה מתקדם לתפקיד קפטן - עליו לענות ישירות לדנזו, ומוצב כסוכן כפול כדי לשמור על שבט האוצ'יהא, שנמצא בעיצומו של תכנון הפיכה.

איטאצ'י עורק ומצטרף לאקטסוקי. הוא מתקבל בברכה ע"י פיין ואוריצ'ימרו שמזהים אותו כאנבו-לשעבר והאיש שטבח בכל שבטו. איטאצ'י מצוות לאדם בשם ג'וזו ויוצא להתנקשות בארץ המים.

איטאצ'י מצוות לקיסמה ומתחיל במשימותיו כחבר באקאטסוקי. הצמד מצליח לגייס את דיידרה, שחובר לסאסורי כדי לצוד את אורוצ'ימארו. בינתיים, מודיעין לגבי רוצח בן אלמוות מגיע.

איטאצ'י מתעמת עם סאסקה, שבמשך שנים נשא את הבושה והכעס שאיטאצ'י הביא על השבט שלהם. האמת שמאחורי סיפורו של איטאצ'י מתגלה. במקביל, נארוטו והאחרים נלחמים במאדארה.