Упрекнув Обито за отступление от плана, Мадара решает сам захватить оставшихся Хвостатых с помощью Древесного дракона Первого Хокагэ. Наруто использует Режим Лиса, но техника блокирует его движения и подавляет чакру Курамы. Наруто находится на грани срыва. Между тем, Какаси пытается понять причины Обито, но был сильно измотан из-за использования сярингана, и проигрывает бывшему товарищу.

Десятихвостый демон, намного превосходящий размерами всех остальных Хвостатых, родился вновь. Обито и Мадара берут его под свой контроль. Курама и Гюки атакуют Десятихвостого бомбами, но тот уничтожает их ещё на подлёте и даже ранит Гюки его собственной бомбой.

Из-за борьбы с Десятихвостым, Нэдзи, спасая Наруто и Хинату, погибает в бою.

Саскэ, Оротимару, Суйгэцу и Дзюго прибывают в Коноху. Используя силу Курамы, Альянс начинает теснить Десятихвостого. В итоге, Мадара и Обито теряют над ним контроль.

Саскэ интересна правда о своём клане Утиха, а также правда о его брате Итати. Хокагэ по очереди отвечают Саскэ на его вопросы и Хасирама решает избавить младшего Утиху от ненависти.

Хасирама рассказывает историю его знакомства с Мадарой. Также в серии показано противостояние между кланами Утиха и Сэндзю.

Хасирама и Мадара становятся лидерами своих кланов, и решимость Хасирамы в достижении своей цели позволила кланам Утиха и Сэндзю объединиться.

Хасирама и Мадара основывают Деревню Скрытого Листа (Коноху), их примеру следуют другие страны, основывающие свои деревни. Хасирама предлагает Мадаре стать Хокагэ, но, в итоге, сам становится им. Тобирама остаётся враждебно настроен к клану Утиха, и Мадара знает об этом. В итоге, Мадара считает, что Тобирама рано или поздно расправится с кланом Утиха и решает покинуть деревню.

Задумавшись над рассказом Хасирамы, Саскэ приходит к выводу, что мир в Деревне Скрытого Листа — это то, за что боролись его брат и многие другие, отдавая жизни и даже вешая на себя ярлык предателя. Вся ирония в том, что Итати, будучи из клана Утиха, поддерживал идеалы Хасирамы. Но что же ответит Саскэ?

Пока Наруто, сражаясь на поле боя, раздаёт чакру Альянсу синоби, Какаси и Обито перемещаются в другое измерение. Десятихвостый готовится к атаке.

Обито рассказывает Какаси о гэндзюцу, в котором сбудутся все мечты. Битва продолжается. На поле боя появляются четверо Хокагэ, а за ними Саскэ.

Наруто, Саскэ, Сакура и четверо Хокагэ вступают в битву с Десятихвостым. Пока четверо Хокагэ сдерживают атаки Дзюби, Сакура показывает свою настоящую силу.

Новое трио (Наруто, Саскэ и Сакура) принялось за дело. Тем временем, Оротимару пришёл на поле боя пяти Кагэ для спасения Цунадэ. Самая грандиозная битва только начинается.

Разговор Какаси и Обито зашёл в тупик. Все решит последний удар.

Филлер, посвящённый выходу игры «Naruto Shippuden: Ultimate Ninja Storm Revolution».

На Коноху внезапно нападает неизвестный синоби. Оказалось, что это механический двойник Наруто. Меха-Наруто начинает преследование оригинала.

Завершение сражения между Наруто и его двойником.

Обито, поглотив Десятихвостого, становится дзинтюрики. Он без труда побеждает воскрешённых Хокагэ и схватывает Наруто и Саскэ.

Продолжается бой Наруто, Саскэ, Минато и Тобирамы против Обито.

Обито говорит Наруто, что завтра день смерти его родителей. Наруто приуныл, но потом сказал, что завтра и его день рождения, что вдохновляет его отца. Наруто нашёл слабость Обито.

Обито призывает первоначальное тело Десятихвостого — Божественное древо. Мадара рассказывает историю мира синоби и то, как у синоби появилась чакра. Оказывается, что изначально никто чакрой не обладал, и Кагуя, мать Рикудо Сэннина, украла её у Божественного древа, съев его плод, чтобы остановить войны.

Божественное древо поглощает почти всю чакру Сикамару, тот при смерти. На поле боя появляются Оротимару, Карин и Суйгэцу. Пять Кагэ спешат присоединиться к ним. Хасирама узнаёт, что Древо распустится в любой момент и рассказывает об этом всем.

Наруто спасает Сикамару с помощью чакры Курамы. Он объединяется с Саскэ и они вместе атакуют Обито. Пятеро Кагэ приходят на поле боя и принимают командование на себя. Наруто вновь вдохновляет всех на дальнейший бой.

Наруто и Саскэ продолжают сражаться с Обито. Их атака ранит Обито и из него начинает выходить чакра Хвостатых. Курама говорит Наруто, что нужно вытянуть из него эту чакру, что и делает Наруто. Ему в этом помогают друзья. Начинается мысленный диалог между Обито и Наруто.

Мысленный разговор Обито и Наруто продолжается. Наруто заставляет Обито вспомнить прошлое, свою команду, их отношения.

Обито продолжает вспоминать Рин, Какаси и Минато. Вспоминает слова Рин о том, что она всегда за ним присматривает. В конце воспоминаний Наруто предлагает ему присоединиться к ним и начать новую жизнь в качестве синоби Конохи и загладить все свои ошибки.

Обито отказывается от предложения Наруто, однако воспоминания терзают его. В конце концов, Наруто и другие синоби вытягивают из запечатанного в Обито Десятихвостого всех Хвостатых. Обито оказался повержен на земле, его хотят убить (сначала Саскэ, потом Какаси), но Минато не даёт это сделать. Наруто и Саскэ уходят на битву с Мадарой.

Силы Альянса синоби выступают против Мадары. Гаара просит Сюкаку одолжить силы для запечатывания Мадары. Все Хвостатые решают помочь Гааре и остальным в борьбе с Мадарой. Воспоминания Гаары о своей жизни.

Вместе с 390 серией — специальный выпуск «Сёстры Хюга ~Неизменная судьба~»

Малолетняя Ханаби из клана Хюга тренируется, чтобы превзойти свою сестру (Хинату) в силе. Тем временем, Хината проиграла Нэдзи и легла в больницу. Через время Хината и Нэдзи под влиянием Наруто решают забыть семейный раздор в клане Хюга и начинают совместные тренировки.

Обито лежит поверженный на земле и предаётся воспоминаниям. Далее Обито хочет оживить погибших синоби объединённой армии, но Мадара призывает Чёрного Дзэцу, и он, слившись с Обито, совершает «Риннэ Тэнсэй», возрождение Мадары (вместо возрождения синоби Альянса).

Мадара нападает на Хвостатых, но они, вместе с Гаарой, дают ему отпор, в результате чего он теряет правую руку. Прибывший Белый Дзэцу восстанавливает её и отдаёт Мадаре правый глаз Нагато (риннэган). Мадара призывает Гэдо Мадзо и применяет против Хвостатых Ринбо Хэнгоку, повергнув их на землю.

Мадара помещает всех Хвостатых внутрь Гэдо Мадзо. Наруто, лишившись чакры Курамы, близок к смерти. Гаара подхватывает его тело и переносит к Сакуре, которая безуспешно лечит Наруто. Тобирама Сэндзю, как и Хасирама, повержен Мадарой. Саскэ Утиха, атакуя Мадару с воздуха, был поражён собственным мечом в сердце. Пять Кагэ сталкиваются с многорукой статуей Будды, которой управляет Спиральный Дзэцу, и не могут ничем помочь.