Zetsu apprend la défaite de Pain et part en informer Madara. Iruka Umino se retrouve face à l'Académie ninja en ruines. Il se remémore alors l’époque où il a commencé à enseigner. Un jour, le 3e Hokage lui force la main pour prendre en charge Naruto Uzumaki, le réceptacle du démon Kyûbi responsable de la mort des parents d’Iruka.

Rejeté par une grande majorité des villageois, Naruto commet beaucoup de bêtises pour se faire remarquer. Iruka, ne parvenant pas à voir en Naruto autre chose que le démon cherche à se faire démettre de sa charge, mais il reprend courage après une discussion avec Kakashi Hatake, Iruka se souvient comment il est devenu professeur : jeune ninja, son caractère doux risquait de mettre ses camarades d’équipe en danger ; se souvenant du discours sur la Volonté du Feu que lui avait fait le 3e Hokage après la mort de ses parents, il a décidé de la transmettre à la génération suivante. Kakashi lui rappelle que pour enseigner, il faut d’abord s’ouvrir soi-même aux autres.

Naruto et Iruka sont poursuivis par les ennemis qui sont finalement neutralisés par Kakashi. Iruka se rend compte que Naruto est tel qu’il était après être lui-même devenu orphelin ; il remercie alors le 3e Hokage d'être le professeur de Naruto et de pouvoir lui transmettre la « Volonté du Feu » ; fin des souvenirs d’Iruka. Tandis que Madara apprend la défaite de Pain et la trahison de Konan, Pendant ce temps, Sasuke décide de marcher sur Konoha avec son équipe Taka. Alors que Yamato constate la destruction de Konoha, Madara envoie Kisame à la recherche de Killer Bee…

Tsunade est dans le coma pour avoir utilisé trop de chakra afin de protéger les villageois, et un conseil se déroule donc pour choisir un Hokage par intérim ; Danzô est choisi par le seigneur du Pays du Feu. En regardant Naruto et Sakura, Kakashi se remémore alors l’époque où le 3e Hokage lui a demandé de prendre en charge Naruto, Sasuke et Sakura.

Pendant que le village se reconstruit, Naruto et Sakura reçoivent la visite de Tazuna et d'Inari, devenu charpentier. Naruto se remémore alors son retour au Pays des Vagues ; ayant oublié chez Tazuna un ticket gratuit pour manger chez Ichiraku, il retourne le chercher sur un coup de tête, poursuivi par Sasuke qui a pour mission de le ramener. Inari ayant trouvé le ticket part de son côté à la recherche de Naruto mais se fait agresser par d’autres enfants dont Akane jaloux de son succès ; ils se font alors enlever par les anciens hommes de main de Gâto, menés par Zôri et Waraji qui veulent reprendre le contrôle du Pays des Vagues. Naruto et Sasuke partent à la recherche d’Inari qui parvient à s’évader poursuivi par les bandits. Inari fait diversion pour permettre à ses camarades de s’enfuir. Acculé à une falaise, il saute dans l’eau et se remémore quand son père adoptif lui a appris à nager. Naruto sort Inari de l’eau et engage le combat contre les bandits, rejoint par Sasuke, puis par les villageois qui les livrent aux autorités. Akane et ses amis sont devenus charpentiers comme Inari et sont tous venus aider à Konoha.

En parlant avec Tazuna, Sakura se remémore une mission avec l’équipe 7. Chargés de ramener une autruche errante, ils tombent sur deux hommes s'affrontant devant une foule de villageois, le plus faible, nommé Tsukado ayant échoué 34 fois à se venger sur Katazu, responsable de la mort d'un membre de sa famille. Naruto décide alors de prendre en charge Tsukado pour lui apprendre à prendre sa revanche. Il s’aperçoit que Tsukado est un épéiste confirmé mais que le regard de Katazu lui fait perdre ses capacités. Un nouveau combat est organisé par un clan avide de l’argent des paris ; durant le combat, Katazu apprend à son adversaire qu’il a un frère jumeau Kageki, et que c’est lui qui a tué le membre de sa famille par accident lors d’une rixe pour avoir voulu récupérer de l’argent prêté. Katazu s’est sacrifié pour le protéger et attirer sur lui la vengeance. Alors que Tsukado décide de renoncer à sa vengeance, les villageois tentent de les forcer à se battre ; aidés par l’équipe 7, ils les mettent en déroute… À la fin de l’histoire, Tazuna s’interroge sur l’absence de Sasuke ; ce dernier se dirige vers Konoha. Naruto déclare comprendre Sasuke et la vengeance du fait de son combat contre Pain. Il est plus que jamais déterminé à le ramener.

En apprenant la destruction de Konoha, Gaara se remémore une mission en coopération avec l'équipe 7 juste après le traité de paix entre Suna et Konoha pour resserrer les liens d’amitié entre les villages. Ils doivent conjointement attaquer des ninjas renégats, mais sont suivis par une escouade d’assassins envoyés par une partie des hautes instances de Suna pour supprimer Gaara. Après les avoir vaincus, ce dernier les épargne, puis ils mènent la mission à bien. Gaara réussit à réaliser son rêve grâce à Naruto : nouer des liens avec le peuple de son village et se faire des amis, pour finalement devenir Kazekage.

En voyant Tsunade dans le coma, Sakura se remémore alors avoir été contaminé par un étrange « chakra-virus » par Naruto, transformant le chakra en fièvre. Tsunade ordonne de capturer ce dernier qui est poursuivi toute la nuit et parvient à se cacher. Au matin, le village a été évacué et Naruto est la cible de tireurs sur les toits qui tentent de l’atteindre avec des piqûres… Naruto en piège un et apprend que l’ordre a été donné par Tsunade, mais se fait attaquer par Shizune, puis par Tsunade qui active des pièges à distance pour le coincer. Ayant créé de nombreux clones, dont certains sont attaqués par Chôji, Tenten, Kiba, et Shino, Naruto se réfugie dans l’hôpital et se retrouve dans la chambre de Sasuke qui le met dehors et est finalement attrapé par Tsunade qui s’aperçoit qu’il n’est pas infecté, tout comme Sakura. En réalité, Naruto avait du poivre dans sa poche et Sakura a tout simplement été allergique aux éternuements de ce dernier. Ne voulant pas reconnaître son erreur, Tsunade déclare que c’était un exercice d’urgence.

Tenten et Neji se trouvent devant le laboratoire de recherche d'outils de ninjas pour procurer des outils de ninjas nécessaires pour reconstruire le village. Ils se remémorent alors une mission avec Naruto au même endroit, pendant que Rock Lee était à l’hôpital… Venus chercher des kunai, shurikens et nouvelles armes, Tenten, nommée capitaine pour sa capacité à invoquer les armes, s’intéresse particulièrement à ces dernières ; malheureusement, les nouveautés présentées sont inutilisables. Le lendemain, ils retrouvent le créateur et son assistant dans un laboratoire souterrain secret, Tenten devant montrer son habileté au lancer d’armes pour désactiver les pièges gardant l’entrée ; ils y trouvent de nombreuses armes originales de grande qualité, mais le créateur souhaite tester Tenten avec sa dernière création. Ils sont attaqués par des collectionneurs d’arme ayant acheté des prototypes vendus par l’apprenti et qui mettent Neji et Naruto à terre. Tenten les vainc avec la dernière création, une gigantesque masse d’arme mue par des parchemins explosifs, mais ne peut cependant l’emporter car le créateur souhaite encore travailler dessus.

Condor, l'autruche précédemment capturée par l'équipe 7, se remémore sa capture avec trois autres animaux par Kotetsu, Rock Lee et Shino et Naruto dans la « zone 0 » de la Forêt de la Mort devenue réserve naturelle interdite. Localisant l’autruche, Shino tente de la capturer mais ses insectes se font dévorer par des plantes carnivores ; l’autruche s’enfuit poursuivie par Rock Lee qui est attaqué par un kangourou boxeur, tandis que l’autruche fait demi-tour et attaque Naruto et Kotetsu en utilisant le taijutsu. Les ninjas se replient en constatant l’intelligence et la technique des animaux qui de surcroît parlent. Condor les attaque avec deux nouveaux compagnons : un fourmilier et le bébé du kangourou boxant de sa poche, formant les « quatre ninjas animaux ». Izumo arrive en renfort, et les ninjas parviennent à prendre le dessus sur les animaux, Condor étant vaincu par le combo d’Izumo et Kotetsu.

Lee donne un remède à Sakura afin de guérir Tsunade. Lee se remémore alors son hospitalisation après sa défaite contre Gaara. Pour préparer à son élève un remède, Gaï Maito avait besoin d’une fleur médicinale très rare, la fleur de Jokufu ; Naruto, Ino et Sakura partent alors au Mont Jokufu à sa recherche en profitant d’une mission… En chemin, une vieille femme dans une auberge les avertit que le lieu est hanté ; en arrivant dans la forêt, ils trouvent les fleurs, mais sont attaqués par du pollen copiant les techniques de Gaara lorsque Naruto en cueille. Après avoir vaincu le faux Gaara, ils rencontrent Furofuki, une médecin de Konoha étudiant la fleur et vivant dans la forêt, destinataire du message qu’ils devaient porter pour leur mission ; celle-ci leur explique que la fleur se défend en prenant la forme d’un ennemi auquel on pense. Leur mission est ensuite de ramener un grand nombre de fleurs de Jukufu à Konoha, qui servent à Gaï à préparer des boulettes de médicament.

Après le départ de Sasuke, Naruto part en voyage avec Jiraya afin de devenir plus fort que son ami. Sasuke possédant le sharingan, Jiraya lui propose alors un entraînement pour contrer le genjutsu. Pour ce faire, il invoque Gamariki qui place Naruto sous le contrôle d’un genjutsu ; en essayant de perturber le chakra dans son corps, Naruto expulse du chakra et projette Gamariki au loin. Naruto s’entraîne alors à contrôler son chakra sur l’eau et finit par parvenir à l’équilibre. Pour compléter son entraînement, Jiraya l’emmène alors dans une zone près d’un village où des champs d’énergie environnants simulent le genjutsu et font se perdre les voyageurs, mais ils retrouvent le village sous le joug d’une bande de bandits spécialistes en genjustu venus s’approprier la puissance énergétique du lieu pour améliorer leurs techniques en maintenant les femmes et les enfants en otage. Naruto prend l’apparence d’un jeune garçon du village et fait mine d’amener Jiraya prisonnier au chef de la bande…

Le chef des bandits, Kandachi, s’avère être l’ancien bras droit de Hanzô, qui a fui le Village de la Pluie avec ses hommes après la mort de son chef. Il invoque un coquillage géant nommé « roi des conques » qu’il fait se battre en utilisant ses longs appendices comme fouets, en projetant des épines de sa coquille ou en lui faisant lancer des genjutsu améliorés par les champs d’énergie. Jiraya et Naruto parviennent à vaincre la créature grâce à un « Orbe tourbillonnant géant » de Naruto, aidés par Tanishi, le jeune fils du chef du village Sukune assassiné par Kandachi qui a retrouvé son courage et une bonne opinion de son père qui s’est sacrifié pour tenter de sauver son village.

Kakashi donne à l'équipe 7 une mission : obtenir l'empreinte de la patte de Nekomata. Nekobaa demande à Sasuke et son équipe d'obtenir la dernière empreinte de chat nécessaire pour achever l'Encyclopédie de la patte, inachevée par Sasuke et son grand frère Itachi. Ce dernier et ses deux camarades Sakura et Naruto s’infiltrent dans la forteresse de la créature déguisés en chats et réussissent la mission au terme de combats face aux félins et à leur chef. Il s’avère que Nekomata était un ami d’Itachi et avait accepté ce « jeu » par amitié pour faire progresser Sasuke.

Après l'attaque d’Orochimaru sur Konoha, Naruto, deux jōnin et Kosuke surnommé « le genin éternel » partent en mission de patrouille à la frontière du Pays du Feu. Après quelques jours sans incidents, un groupe de ninjas ennemis du Pays de la Terre traversent la frontière. En affrontant les ninjas d’Iwa, Kosuke se révèle être un ninja courageux et nettement au-delà du niveau de genin ; il a décidé de le rester après la mort de camarades sous ses ordres lors d’une mission. Il se souvient des leçons qu'il a apprises avec les 2e et 3e Hokage et voit des similitudes entre Naruto et son père, le 4e Hokage.

Hanare, une espionne du village caché de la Clé est capturée par les ANBU de Konoha. Elle est interrogée par Ibiki Morino, puis par Inoichi Yamanaka qui découvre qu’elle ne sait rien sur son village, mais qu’elle a rencontré Kakashi dans sa jeunesse. Kakashi reçoit pour mission de percer son secret et ses souvenirs. Hanare lui fait confiance, car elle se souvient l’avoir rencontré dans sa jeunesse ; c’est lui qui lui a appris à regarder les nuages et lui a donné espoir alors qu’elle vivait en dehors du village loin de ses parents et des autres pour n’avoir aucune information à révéler. Le reste de l’équipe 7, pensant que Kakashi a une relation avec elle les espionnent et tombent par accident d’un arbre au-dessus d’eux, provoquant un regard du Sharingan de Kakashi dans les yeux de la jeune femme. Celui-ci détecte qu’elle possède une technique permettant de récupérer des informations par le regard et qu’elle a donc dû soutirer des informations sur Konoha à ses interrogateurs. Le 3e Hokage décide de procéder à un échange entre Hanare et un jōnin capturé par le village de la Clé ; ils conviennent cependant de capturer la jeune femme à nouveau juste après. Acculée à une falaise, celle-ci révèle à Kakashi qu’elle a effacé ses informations pris dans l’esprit de Inoichi après avoir découvert à Konoha le village dont elle rêvait ; Kakashi la laisse partir et raconte qu’elle s’est jetée de la falaise.

L'équipe de Konohamaru demande à Neji des informations sur Naruto, le nouveau héros de Konoha, pour le journal de l’académie. Neji leur raconte une histoire survenue lors de la destruction de Konoha par Orochimaru. Profitant de la confusion, deux jōnin de Kumo enlèvent Hinata pour voler le Byakugan Neji, Tenten et Kiba partent alors à la poursuite de ces derniers. Tenten doit rester en arrière pour faire face à un piège laissé par leurs adversaires, des chiens de boue qu’elle parvient à retenir grâce à sa maîtrise des armes. Ils arrivent alors que les ninjas de Kumo s’apprêtent à tuer Hinata. Prenant l’apparence de Kiba, Neji parvient à en vaincre un avec les « 64 poings du Hakke », mais l’autre s’apprête à le tuer quand Hiashi Hyûga intervient pour protéger sa fille et son neveu. Neji se rend compte que le discours de Naruto sur le destin était juste ; il n'était pas le seul à souffrir au nom du clan. Il explique à Konohamaru, Moegi et Udon que même s’il n’a pas participé à cette mission, Naruto y a joué un rôle important.

Reconnaissant un visage parmi des photos récupérées des décombres de Konoha, Naruto se remémore une histoire qu’il a vécu plusieurs années auparavant. Alors qu’il avait trouvé et ramené un sceau étrange collé sur une pierre à distance du village, il se réveille avec un fantôme sur son lit. Ce dernier est amnésique et ne se souvient plus des circonstances de sa mort ; après enquête, Naruto retrouve l’homme par le nom marqué sur le sceau, Kisuke ; il s’avère qu’il est dans le coma à l’hôpital ; retrouvant son adresse, Naruto l’amène sur les lieux de sa maison qui a brûlé avec son épouse quelque temps auparavant. Kisuke se rappelle alors qu’il a été éliminé par un jeune homme, Sabiru, qu’il surveillait pour le compte de l’ANBU, le soupçonnant d’être un espion. Ce dernier s’apprête à faire adopter au conseil de Konoha un nouveau système de sécurité pour le village. S’apercevant qu’il était suivi, il a piégé Kisuke et a scellé son âme loin du village. Juste avant le vote sur le projet, Kisuke est assassiné à l’hôpital. Naruto prend alors son apparence et fait intrusion au conseil pour révéler que Sabiru est un espion et qu’il compte prendre le contrôle de la sécurité du village. Mis à mal par Sabiru qui demande des preuves, il est contraint de s’enfuir, poursuivi par Kakashi, les ANBU et Sabiru lui-même. Naruto parvient à convaincre Kakashi de prendre l’apparence de Kisuke pour confondre le traître. Ce dernier se laisse piéger et est finalement vaincu par le « multi-clonage supra » de Naruto possédé par et avec l’apparence de Kisuke. Sabiru est alors assassiné par une fléchette de Kabuto caché non loin. Kisuke demande un dernier service à Naruto avant de retrouver sa femme dans l'autre monde : mettre des tulipes sur leur tombe.

Naruto et Sakura voient Kiba, qui s'est porté volontaire en tant que messager du village. Voir le jeune ninja et son chien toujours ensembles rappelle à Sakura une mission de l'équipe 7 pour retrouver une statuette en or dérobée par des bandits à la sœur du seigneur féodal. Sachant que ceux-ci peuvent passer à deux endroits, Kakashi part surveiller un côté et les trois genin l’autre ; en embuscades, ils voient les voleurs passer et Naruto et Sasuke tombent dans une ravine avec le trésor tandis que Sakura est capturée par le chef des bandits qui a la faculté de faire sortir du chakra caoutchouteux de son poignet. Lorsqu’ils reprennent conscience, Naruto et Sasuke s’aperçoivent que leurs mains sont liées par du chakra solide et indestructible. Après s’être chamaillés, ils décident de faire équipe et parviennent en coopérant à vaincre leurs adversaires et à sauver Sakura.

Durant une chasse aux sangliers avec l’équipe 10, Shikamaru se remémore une mission menée avec les équipes 7 et 10 pour stopper des bandits volant les récoltes d’un village chaque année, et libérer la petite-fille du chef de ce village prise en otage par Baji, le chef des bandits, dont l’intelligence est le principal obstacle à la réussite de la mission. Les bandits ont leur repère dans une cavité naturelle le long de laquelle il y a trois forts. Les deux équipes partent avec Tofu, un bandit soi-disant repenti. Shikamaru explique sa stratégie : les deux jōnin, Kakashi et Asuma vont partir en reconnaissance pour analyser les pièges pendant que les genin et Tofu attendent. Ce dernier ne tarde pas à se faire prendre par des bandits et se fait ramener pour faire son rapport, non sans que Shikamaru méfiant ait déposé un micro sur le col de sa veste. Ayant entendu les mots de passe, les genin parviennent rapidement à passer les forteresses. Baji décide alors un faux échange d’otages entre Tofu et Shikamaru ; Ino utilise « La possession » sur Shikamaru pour découvrir le lieu où sont maintenus les otages et les genin parviennent à libérer la petite fille et à faire prisonnier les bandits, avant que les jōnin n’arrivent.

L'équipe Taka s'approche de Konoha… En voyant une maison, Sasuke se remémore y avoir croisé il y a quelques années une petite fille de la famille du daimyo du Pays du Feu, Naho, qu’il avait sauvé d’une chute mortelle, devenant son héros. Il était à l’époque jaloux des progrès de Naruto et sa victoire face à Gaara. Tsunade décide alors de séparer l’équipe 7 en donnant une mission à Kakashi et Sasuke consistant à enquêter sur un ninja figurant au « bingo book » qui s’était introduit au Pays du Feu, et une autre à Naruto et Sakura consistant à escorter Naho jusqu’à un autre village. Cependant, Naho réclame Sasuke pour l'escorter sans quoi elle refuse de bouger ; Naruto prend alors l'apparence de Sasuke pour que la mission puisse se dérouler correctement; mais durant le trajet, ils sont attaqués par le ninja sur lequel Sasuke et Kakashi devaient enquêter et ses hommes de main ; ils veulent enlever la petite fille pour obtenir une rançon. Le ninja renégat, utilisant une armure « doton », parvient à arrêter les attaques de Naruto (toujours sous la forme de Sasuke), dont la « Naruto Furie » et l’« Orbe Tourbillonnant », et à le vaincre, lui faisant perdre l’apparence de Sasuke, ce qui désespère Naho ; ils sont alors tous emmenés par les bandits. Pendant ce temps, Kakashi et Sasuke pénètrent dans le repaire initial des bandits et découvrent que leur cible est Naho. Aidé par un des chiens ninjas de Kakashi, Sasuke finit par arriver là où Naruto, Sakura et Naho sont prisonniers et à vaincre le chef des bandits avec les « Mille oiseaux ».