Какаси добивает Какудзу. Наруто снова попадает в больницу. Из-за травм, нанесённых Расэнсюрикэном, Цунадэ запрещает ему использовать эту технику. Кабуто сообщает Оротимару об уничтожении двух членов Акацуки.

Член АНБУ перед смертью успевает отправить Хокагэ сообщение о приблизительном месторасположении логова Оротимару. Для продолжения опытов с людьми, Кабуто, по приказу Оротимару, привлекает таинственную Гурэн, когда-то служившую кандидатом в сосуды для души Оротимару. В деревню возвращается Дзирайя и предлагает Наруто снова его тренировать. Какаси, Хината, Киба с Акамару и Сино отправляются на разведывательную миссию по поиску убежища Оротимару.

Команда под руководством Какаси обнаруживает бывшее логово Оротимару и находит в нём тела подопытных, боровшихся друг с другом. Часть сильнейших подопытных, выбранных Гурэн, поднимают против неё бунт, однако она их уничтожает. Наруто тренируется новой технике с призванной Дзирайей жабой Гамакити.

Кабуто отвозит странного мальчика Юкимару в центр озера и пытается изучить его неведомые способности. Оротимару проверяет силы Саскэ. Наруто призывает жаб Гамакити и Гаматацу для тренировок с ними. Какаси отправляет Паккуна к Цунадэ с просьбой узнать о технике Гурэн — уничтожение врагов с помощью превращения их в кристаллы.

Дзирайя из-за срочного вызова вынужден покинуть Наруто, который после этого возвращается в Коноху для продолжения тренировок с жабами Гамакити и Гаматацу, не умеющими при всём при этом использовать стихию Воды.

Гурэн и Юкимару отправляются на задание Оротимару, но мальчик быстро устаёт и теряет сознание, после чего они вынуждены прятаться в домике в лесу. Команда под руководством Какаси укрывается от дождя в пещере.

Наруто продолжает усиленные тренировки с жабами. Гурэн и Юкимару добираются до временного пристанища оставшихся подопытных, согласных служить Оротимару.

Команда Ямато отправляется в подмогу. На команду под руководством Какаси нападают ранее выжившие подопытные — подчинённые Гурэн. Один из них использует дым, однако Киба и Акамару разрушают окружающие деревья и дым рассеивается. Враги неожиданно отступают.

На долину спускается туман, Сай отправляется на разведку, а Наруто встречает Юкимару, которого ранее видел на горячих источниках, но ещё не знает, что тот имеет отношение к Оротимару. Гурэн нападает на Команду Какаси используя кристальных клонов, один из которых заключает Хинату в кристалл. Тем временем Команда Ямато натыкается на кристальный барьер, внутри которого находятся другие синоби Листвы, но Наруто, используя технику Жабьего Водяного Пистолета, разрушает его.

Объединённые синоби забирают кристалл с Хинатой внутри и прячутся в лесу. Кристалл трескается и девушка освобождается. Возвращается Паккун с сообщением, что Стихия Кристалла может превращать в кристалл каждую клетку тела, а Хинату спасло лишь то, что она использовала чакру как защиту. Кабуто при участии Гурэн снова проводит опыт по пробуждению силы Юкимару в центре озера, в результате чего появляется Трёххвостый бидзю.

Трёххвостный бидзю начинает выходить из-под контроля, но Гурэн вовремя заключает его в кристалл. Синоби Конохи сталкиваются с подчинёнными Гурэн. Наруто на Гаматацу плывёт к центру озера и видит там, как Трёххвостый разрушает кристальный панцирь. Гурэн и Юкимару выбираются на берег.

Меж тем члены Акацуки Дэйдара и Тоби оправляются на охоту за Трёххвостым.

Наруто также выбирается на берег и находит свою Команду. Из Конохи в подмогу отправляется ещё одна — Команда Сидзунэ (Рок Ли, Ино и Тэн-Тэн). Наруто в одиночку пытается разыскать Юкимару.

Какаси вызывает пса Бискэ для поисков Наруто. Гурэн нападает на Удзумаки, появляется Юкимару. Их находит Какаси; Гурэн и Юкимару исчезают. Кабуто говорит Гурэн, что Юкимару всего лишь инструмент для контроля Трёххвостого и других причин жить у него нет. Прибывает команда Сидзунэ.

Один из подчинённых Гурэн, Риндзи, оказывается шпионом Кабуто за ней самой. Синоби Конохи обсуждают план дальнейших действий. Туман над озером рассеивается.

Сидзунэ, Сакура, Ино и Хината создают Четырёхугольный Запечатывающий Барьер для поиска скрывающегося под водой бидзю. На Какаси, Наруто, Сая и Сино нападает Гурэн, а её подчинённые на остальных синоби Листвы, которые, впрочем, успешно отбивают атаку.

На место сражения случайно забредает Тоби, член Акацуки, и начинает наблюдать за происходящим. Гурэн, для защиты от нападения, ограждает себя кристальной защитой. Гозу, один из её подчинённых, спасает Гурэн. Команда под руководством Сидзунэ обнаруживает месторасположение бидзю и начинают его запечатывать. Выясняется, что Гурэн — та женщина, что убила мать Юкимару.

Гурэн и Риндзи нападают на Рок Ли и Тэн-Тэн, охраняющих Запечатывающую Команду. На помощь приходят Сино и Наруто. Трёххвостый выходит из-под контроля и разрушает барьер. Бидзю пытается напасть на Гурэн, но Юкимару, используя свою силу, пробует остановить монстра.

Риндзи ранит Гурэн. Бидзю атакует стоящих на утёсе Риндзи, Гурэн и Юкимару. Тоби отправляется на поиски напарника, Дэйдары. Гурэн атакует Трёххвостого, к ней присоединяется появившийся Наруто. Какаси находит Юкимару.

Синоби Конохи, в отсутствие Наруто, вырабатывают новый план. Гурэн и Наруто обнаруживают, что они в желудке Трёххвостого. Удзумаки вызывает множество клонов чтобы найти выход из бидзю.

Наруто и Гурэн сражаются с монстрами в желудке Трёххвостого и борются с иллюзиями, создаваемыми туманом бидзю. Юкимару, используя свои силы, создаёт проход во внешний мир для Наруто и Гурэн.

Сай эвакуирует Юкимару из центра озера в лес, но на них сразу нападают. Риндзи захватывает Юкимару. Запечатывающую Команду, снова начавшую работу, также атакуют. Какаси и другие ниндзя защищают их. Киба, Рок Ли и Тэн-Тэн находят раненого Сая. Риндзи заставляет Юкимару снова высвободить свою силу.

Цунадэ на помощь Запечатывающей Команде присылает улитку Кацую. Появляются Гурэн и Наруто. Юкимару узнаёт, что Гурэн — убийца его матери, но он прощает её. Наруто царапает лицо Риндзи, который после этого срывает кожную маску, и оказывается, что на этот раз под ним скрывается Кабуто, а сам Риндзи убит.

Кабуто вызывает оживлённого Риндзи для боя с Наруто и Гурэн. Гурэн, для защиты Юкимару, заключает себя и Риндзи в кристалл. От ужаса потери в Юкимару снова пробуждает его сила и Трёххвостый прорывает технику Запечатывания, после чего уничтожает противников, напавших на Запечатывающих. Наруто призывает Гамакити и Гаматацу, с помощью которых использует против бидзю новую технику — Огненный Заряд Жабьего Масла. Трёххвостый скрывается под водой.

Цунадэ через Кацую сообщает Командам о завершении миссии на данный момент. Гурэн оказывается жива, Юкимару ночью сбегает из лагеря синоби Конохи, и Наруто становится понятно, что Юкимару, Гурэн и Гозу решают начать новую жизнь. Дэйдара и Тоби уничтожают АНБУ, направленный на замену Командам, после чего они захватывают Трёххвостого.