Akatsuki sella al seis colas, mientras Naruto recuerda su encuentro con Itachi. Sasuke deja el cuerpo de Killer Bee a Madara y se dispone ir a Konoha. Kakashi llama a Naruto para que vayan a ver a la Hokage, ya que les tiene una noticia, Fukasaku dirige la palabra, diciendo que Jiraiya ha muerto en combate contra Pain. Naruto triste sale de la sala y se dirige recordando a su maestro.

Naruto sigue aún triste por la noticia la muerte de Jiraiya, el equipo de Konoha tiene un cuerpo de Pain a que le realizarán estudios en la autopsia. Iruka se encuentra con Naruto, que este le invita a comer, pero es rechazado. Naruto aún más triste camina en la noche e Iruka lo encuentra de nuevo dándole ánimos. Shikamaru que busca descifrar el código va en busca de Naruto pero este desanimado no puede pensar en nada. Shikamaru lo lleva a ver a Kureni y da a mostrar que algún día dejar un legado igual que su maestro; aún siendo más animado a descifrar el código.

Shikamaru, Naruto y Shino aún siguen descifrando lo que Jiraiya escribió antes de morir, Naruto se da cuenta que el 9 es un Katakana de ta, y deciden buscar los libros cuales tenga el ta, Kakashi aparece en el momento adecuando con el Libro "Tácticas de Seducción", con la gran ayuda a Kakashi le hacen hablar a la fuerza lo que está escrito en la página 31, causándole a Kakashi una gran vergüenza, la cual llega un conclusión que el verdadero Pain no está entre ellos. Naruto ahora decide ir a entrenar con los maestros de Jiraiya, para alcanzar el Senjutsu.

Naruto entrena con los sapos, para lograr el Senjutsu, pasando por muchas dificultades, Naruto está confiado que hará lo mejor de si mismo y le pone mucho entusiasmo. A Naruto se le entrega un libro, el primero escrito por Jiraiya y los recuerdos hacen llorar a Naruto. Akatsuiki que está sellando al ocho colas se dan con la sorpresa que Sasuke fue engañado, saliendo solo un tentáculo, ante la risa de Zetsu.

Naruto en el entrenamiento con los sapos, sube hasta unas montañas con picos filosos para ver si puede concentrar su energía, cayendo muchas, la persistencia del genin hace que llegue al modo Sennin. Un ninja de la nube quiere mandar un mensaje a la Hokage, pero Karin detecta al intruso, sus compañeros en el camino lo encuentran muerto. Naruto sigue progresando ahora enfrentándose en el entrenamiento a Fukasaku.

Pain ha llegado a Konoha junto con Konan y los otros caminos para buscar al Kyūbi, alterando el orden de la aldea decide destruirla, todos los ninjas van a la lucha pero no pueden contra Pain y sus 6 caminos, La Hokage determina que Naruto debe regresar.

Pain busca a Naruto, Danzō cuenta a Homura y Koharu que Pain ha llegado, este destruye de a pocos a la aldea. Los consejeros discuten con Tsunade sobre Naruto, pero la Quinta confía en el. El sapo encargado por Tsunade para el regreso de Naruto es asesinado por Danzō, mientras Konan y los "caminos" de Pain siguen interrogando sobre el paradero de Naruto y asesinando al que no le diga, ante Iruka se le presenta uno -Tendo- para preguntarle sobre lo mismo, Pain al no conseguir respuesta decide asesinarlo, pero el intento es detenido por Kakashi, que ahora luchará contra Pain.

Pain se enfrenta a Kakashi, Kakashi utiliza el Raikiri pero es replegado por una extraña fuerza invisible. En la lucha aparece otro Pain -Camino de los Demonios- que muestra su verdadera apariencia ante Kakashi, Pain atrae a Kakashi hacia su otro "camimo" pero cuando ya ha sido atravesado por el arma que lleva este, se revela que era un clon de rayo. Al campo de batalla llegan Chōza y Chōji, Kakashi les pide ayuda para derrotar a Pain, que utilizando un ataque padre e hijo no pueden contra el poder de Pain, utilizando cadenas logran detener a Pain, pero este utiliza su habilidad, logrando deshacerse de los 3 ninjas. Pain decide rematar a Kakashi con un clavo y se retira. Chōji llora porque su padre ha sido derrotado para salvarlo, Kakashi despierta y le dice que vaya con la Hokage. El cuerpo del "Camino de los Demonios" que aún vive, saca de su cuerpo un misil dirigido a Chōji, pero es detenido por el Mangekyō Sharingan de Kakashi, Sin conocimiento, Kakashi recuerda que no puedo proteger a las personas cercanas a él. Katsuyu le dice a Tsunade que Kakashi ha muerto.

Konoha sigue siendo atacada, mientras Inoichi busca información en la mente del ninja; en ella se descubre que el le da un cadáver a Konan. Ese cadáver resulta ser el nuevo cuerpo de Pain, que irrumpe en la sala donde se encuentra Inoichi y otros ninjas, Inoichi se da cuenta que ese cuerpo lo había visto cuando buscaba en la mente del ninja desconocido. Ella ataca con las invocaciones, Inoichi, Shizune y lo demás se van del lugar de la pelea dejando a Ibiki y a algunos ANBU pelear contra las invocaciones, los ANBU logran detener a la bestias, Ibiki utiliza la Cámara de Tortura para aprisionar a su rival, pero esta es más fuerte y realiza otra invocación, las invocaciones que han sido derrotadas por los ANBU se liberan, provocando más destrucción en Konoha.

Konohamaru y sus amigos ven como Konoha es destruida por una invocación, pero el confía en Naruto. Konohamaru escucha unos gritos y ve que un Pain está atacando a dos ninjas, el genin decide escapar pero se golpea con un poste, percatándose de su presencia el enemigo. Cuando se dirige hacia Konohamaru, aparece Ebisu. Ebisu no es rival para Pain (Jigokudō). Konohamaru no sabe que hacer. El cuerpo de Pain agarra a Ebisu y pregunta el paradero de Naruto, pero este recuerda que es un gran ninja de Konoha. Konohamaru al escuchar las palabras de su maestro decide luchar contra Pain-Jigokudō- que también derrota a Konohamaru, cuando está por acabar con el ninja, se da cuenta que es un clon, Konohamaru aparece y ataca con un Rasengan.

Kiba y Tsume Inuzuka atacan a Pain (Gakidō) en la sala de examinaciones, mientras tanto el clan Aburame se encuentra con Konan. Tanto Pain ha llegado donde Tsunade donde la Hokage lo recuerda, Pain le dice sus intenciones, la de capturar al Kyūbi. Pero Tsunade le responde que Naruto ahora es más fuerte y luchará por la aldea. Mientras Shizune y compañía analizan a Pain y que puede ser que este controle cuerpos ya muertos; una explosión se produce y aparece otro Pain (Ningendō) que tiene la habilidad de leer la mente como el clan Yamanaka, este le transfiere la información a Pain de la ubicación de Naruto. La información llega hacia Naruto. Los caminos de Pain y Konan se reúnen, Pain se levanta sobre Konoha utilizando Shinra Tensei destruyendo por completo la aldea, de pronto Naruto llega en modo ermitaño para enfrentarse a Pain.

Naruto busca al enemigo, Shima llega diciéndoles que el lugar donde están es Konoha. Tsunade se da cuenta que la aldea ha sido devastada por el Shinra Tensei de Pain, los aldeanos y shinobis sufrieron heridas después del ataque. Los caminos de Pain se levantan y de la habilidad de Jigokudō lanza al fenecido cuerpo muerto por Kakashi, que sale reconstruido y nuevo del portal, ahora los cinco se van a donde Pain. Cara a cara los 6 caminos de Pain contra Naruto, Shuradō se lanza contra Tsunade pero es destruido de un golpe por Naruto. Ahora Naruto puede enfrentarse a Pain, siendo la primera en atacar, Chikushōdō, con una técnica de invocación, logrando detenerlo del cuerno y lanzándolo, pero ella invoca dos nuevas bestias que ahora son detenidas por Fukasaku y Shima. Naruto sigue delante y con sus clones de sombra hace dos gigantes Rasengan-Senpō: Ōdama Rasengan-, Bunta, Ken y Hiro ayudan a destruir a las tres bestias invocadas, Naruto ha tumbado a Gakidō. Pain ve el modo ermitaño de Naruto y le habla que Jiraiya fue su maestro; ante eso Naruto realiza el Fūton: Rasen Shuriken lanzándolo hacia Pain.

Naruto ha lanzado el Fūton: Rasen Shuriken hacia Pain, el ataque puede expandirse llevándose consigo a uno (Ningendō). Shikamaru se pregunta sobre lo que pasa a distancia lo cual Katsuyu le responde que es Naruto. La pelea aparte de Bunta, Hiro, y Ken continua, contra las invocaciones, Chikushōdō (el "camino" femenino de las invocaciones) ataca a Naruto, Fukasaku y Shima deciden ayudar, tanto Shima utiliza Senpō: Fūton Sunabokori, la arena nubla a Chikushōdō que recibir golpes, Pain no ve donde están, Naruto utiliza el Senpō Rasenrengan a Chikushōdō; que los dos estuvieron dentro de la boca de Bunta. Naruto ha perdido el Modo ermitaño, que ahora lucha cuerpo a cuerpo contra Naruto. Mientras Fukusaku realiza una invocación para traer a un clon, este le devuelve el Modo ermitaño, de nuevo con el Fūton: Rasen Shuriken, Naruto lo lanza hacia Pain; el ataque es interceptado por otro Pain (Gakidō) que puede absorber los ataques, Naruto confundido se pregunta como puede estar allí, pero dirige su mirada hacia Gedō(lo cual puede revivir a los cuerpos). Ahora Naruto utiliza dos Rasengan y desaparece usando bombas de humo, utilizando un Rasen Shuriken de distracción ante el Pain que puede absorber los ataques, se transforma en el verdadero, apareciendo detrás de este utilizando el Senpō Rasenrengan derrotando a Gedō, Naruto se dispone a terminar con Gakidō y su clon con Pain, pero éste utiliza el Shinra Tensei, lo cual no puede concretarse los ataques. Bunta, Hiro y Ken, se unen a la lucha pero son repelidos otra vez por el Shinra Tensei de Pain.

Naruto ha derrotado a cuatro caminos de Pain, quedando solo dos, Pain utiliza el Bansho Ten'in atrayendo a Naruto, y cogido por Gakidō que puede absorber todo su chakra. Pero Naruto utiliza la fuerza natural convirtiendo a Gakidō en una estatua. Pain utiliza su Bansho Ten'in contra Fukasaku, asesinándolo. Pain le habla sobre la paz y la justicia y como es su deseo de obtenerla, es así que el formó Akatsuki para obtener los poderes de los Bijūs y encontrar la paz; el deseo de Nagato.

Hinata recuerda su niñez y su debilidad para ser ninja; Pain tiene a Naruto Los recuerdos de Hinata hace que vaya y pelee contra Pain, ante esto ella le declara su amor a Naruto y decide empezar su pelea. Hinata desea romper las varas que Pain ha puesto a Naruto, pero solo consigue romper algunos, Hinata utiliza Juho Soshiken, pero la fuerza del Akatsuki es muy superior. Hinata no puede más, con el cuerpo herido va donde Naruto; Pain preguntándose porqué lo hace usa su Shinra Tensei lanzándola al suelo; para después clavarla una de sus barras dejándola aparentemente muerta. Este acto hace que Naruto se enoje liberando el poder del Kyūbi.

Naruto ha liberado el poder del Kyūbi, mostrando ahora seis colas. Pain lo confronta inundando el lugar y enviándole ataques por doquier. Naruto desea continuar pero el collar que lleva para suprimir el poder del Kyūbi no lo deja continuar, destruyéndolo. Naruto se mueve con rapidez, sorprendiendo a Pain que usa Shinra Tensei sin efectividad, llegando a ser golpeado y tumbado por la fuerza descontrolada del Jinchūriki. Naruto reúne chakra para lanzarlo a Pain mas este usa Bansho Ten'in aplastando a Naruto, Pain alga el poder del Kyūbi, lléndose lejos con Naruto decide usar Chibaku Tensei, logrando capturar a Naruto dentro de una gran esfera. En la conciencia de Naruto el Kyūbi le habla a Naruto y hace que libere su poder; Yamato corre y ve en su mano que de seis ha cambiado a ocho. Naruto, con una apariencia muy cercana al del Kyūbi rompe una parte de la gran esfera creada por el Chibaku Tensei; mientras Naruto en su interior es seducido por el Bijū a sacar el sello, lentamente va sacando el sello, pero es impedido ante la llegada del Cuarto Hokage.

El Cuarto Hokage aparece y llama por su nombre a Naruto lo cual le sorprende, a lo que el Hokage responde que ese nombre le puso él ya que, es su padre. La conversación entre padre e hijo se basa en porqué Minato selló al Kyūbi dentro de Naruto, ya que este confiaba en su hijo y que aquél hombre enmascarado de Akatsuki es aquél que "maneja" a Pain para su propósito. Hablan sobre la paz que buscaba Jiraiya, y la pregunta de Naruto, la cual Minato dice que Naruto sabrá encontrar la respuesta. Minato logra regresar el sello. Pain ve atónito como el Zorro ya formado, desaparece, viendo a Naruto otra vez. Naruto y Pain se ven de nuevo cara a cara, Naruto desea hablar con el "verdadero" Pain y la pelea empieza de nuevo, Pain clava una bara a Naruto pero este usando el modo ermitaño logra ubicar a Nagato. Naruto usa el Fūton: Rasen Shuriken, pero es esquivado por el Akatsuki, luego Naruto usa los clones de sombra y ataca masivamente, pero Pain no se da por vencido logrando derrotar la mayoría de clones.

Naruto derrota al último Pain con un fuerte Rasengan y decide ir solo a buscar al verdadero Pain, Nagato. Mientras tanto, Sakura logra sanar a Hinata y Katsuyu les comunica que Naruto ha derrotado al sexto Pain. Inoichi, Shikaku y otro ninja van tras Naruto, quien los convence para que le dejen marchar solo a por el verdadero Pain. Naruto usando el modo ermitaño logra ubicar el lugar donde se encuentra Nagato; Naruto recuerda y Nagato habla; Nagato dispara una lanza impactándole a Naruto. Naruto logra soportar el ataque, quitándose la lanza, se va contra Pain recordando a su maestro, se detiene y le dice que desea escuchar su historia.

La historia se da cuando se desarrollaba los exámenes para Chūnin, un día antes de realizarse las peleas finales. Naruto desea buscar el legado del Cuarto Hokage los cual se les unirá más de sus amigos.

Siguiendo las instrucciones del pergamino, el equipo 7 y 10 se unen en la búsqueda, pasando por diferente pruebas en el camino, todo ideado por Guy.

Nagato cuenta su pasado, como sufrió la pérdida de sus padres, por una guerra que Konoha inició; como conoció a Konan y Yahiko. Los niños en su camino perdido, son casualmente atacados por una explosión causada por la lucha entre Hanzō y los tres Sannin. Yahiko quería que la guerra parara y su sueño era convertirse en dios, lo cual quería conseguirlo, para eso tenía que buscar alguien que los entrene, así buscando a los Sannin, conociendo a Jiraiya.

Nagato aún sigue contando su pasado, y el entrenamiento que recibió de Jiraiya, la formación de una organización liderada por Yahiko que buscaba la paz, pero esta era muy difícil de encontrarla ya que las tres grandes naciones ninjas seguían en guerra (Konoha, Lluvia y Arena), Hanzō los contacta para ser intermediarios, pero era una trampa ideada por él para matar a Yahiko; Yahiko muere y Nagato libera su verdadero poder derrotando a todos los subordinados de Hanzō.

Después de que Nagato termina de contar su historia a Naruto, le pide que le de una respuesta. Naruto como respuesta dice que cree en lo que dijo Jiraiya en un libro, su primer libro, él cual fue inspirado en Naruto como protagonista, pero con el nombre de Naruto. Debido a esto Nagato comienza a creer que Naruto pueda llegar a ser el salvador de "este mundo ninja". Ya sin fuerzas, Nagato realiza el Gedō: Rinne Tensei no Jutsu .

La técnica utilizada por Nagato, revive a todo los aldeanos y ninjas muertos durante su invasión. Nagato antes de morir confía en Naruto, quien podrá cambiar el mundo ninja. Konan se lleva los cuerpos de Yahiko y de Nagato, dándole a Naruto unas flores de papel en señal que deja los sueños de ellos dos a él. Naruto regresa a Konoha siendo recibido por todos los aldeanos como un héroe.