ブリタニア帝国の属領となり、エリア11と呼ばれる日本。

ブリタニア人の学校、アッシュフォード学園に通うルルーシュは、シンジュクゲットーでテロリストとブリタニア軍の戦いに巻き込まれ、ブリタニア軍に所属する旧友の枢木スザクと再会する。

だが二人の前にある少女が現れ悲劇は起きた。ブリタニア軍から少女とルルーシュを庇おうとしたスザクが、銃で撃たれてしまったのだ。悲嘆するルルーシュに、少女はある能力を授ける。

シンジュクゲットーに現れたテロリストの中に、アッシュフォード学園の生徒であるカレンの姿があった。カレンたちをブリタニア軍の包囲網から逃そうとするルルーシュ。謎の少女から授かった能力を使ってブリタニア軍のナイトメアを奪い、カレンたちに指示を与えていく。そこに、見慣れぬ嚮導兵器ランスロットが現れる。

他の機体と違い、戦闘能力の高いランスロット。搭乗しているのは、先の地下鉄構内で撃たれたスザクだった。

第三皇子クロヴィスのもとから、アッシュフォード学園に戻ったルルーシュ。そこで、テロリストの一味であるカレンと対面する。 カレンはルルーシュを、先の戦闘で自分たちを指揮した声の主ではないかと疑う。正体を知られてはいないかと探り合う二人。 ルルーシュはギアスの力を使って、カレンを欺くことに成功する。

その頃、クロヴィス皇子殺害の報道がなされる。犯人として捕らえられた のは、枢木スザクだった。

シンジュクゲットーで窮地から救ってくれた謎の男と再会を果たすカレン。ゼロと名乗るその男の正体は、ルルーシュだった。

ゼロはカレンたち数名の力を借りて、クロヴィス皇子殺害容疑で軍事法廷に向かうスザクを救おうとする。大勢のブリタニア人が見守る中、自らがクロヴィス皇子殺害の犯人であると名乗り出るゼロ。謎の少女から与えられた力でスザクを解放させる。だが、スザクはそれを拒み軍事法廷へ向かうと言う。

ゼロを捕らえるため本格的に動き出すブリタニア軍。その頃、ルルーシュはアッシュフォード学園内の自室で、C.C.と再会する。彼女はルルーシュにギアスという不思議な能力を与えた少女だった。当惑するルルーシュを気にも留めず、C.C.はルルーシュの自室に居座ってしまう。一方、釈放されたスザクはユフィという女性に出会う。ユフィをシンジュクゲットーに案内したスザクは、そこでブリタニア軍純血派同士の戦闘に巻き込まれる。

アッシュフォード学園にスザクが転入してきた。生きて再会を果たすことができたルルーシュとスザク。だが、クロヴィス皇子殺害の容疑者であったスザクを、ブリタニア人のクラスメイトたちは歓迎しない。そのような中、ルルーシュの身に一大事が起きる。自室に隠し持っていたゼロの仮面を奪われてしまったのだ。犯人を追うルルーシュ。その動きを怪しんだミレイたち生徒会メンバーは、全校生徒を総動員して犯人探しをする。

サイタマゲットーに潜伏するテロリストの掃討作戦に出るコーネリア。先の戦闘、シンジュク事変に酷似する作戦を展開し、ゼロをおびき寄せることが真の狙いだった。コーネリアの罠だと知りつつも、ゼロとしてサイタマゲットーに向かうルルーシュ。ギアスの力でサザーランドを奪取、ブリタニア軍を後退させるが、それはコーネリアの罠だった。ゼロの指揮下、壊滅していくテロリストの部隊。ルルーシュも投降を余儀なくされる……。

河口湖畔のホテルで、日本解放戦線のメンバーが人質を取り立てこもる事件が発生。人質の中にはアッシュフォード学園の生徒会メンバーと、ブリタニア帝国第三皇女ユーフェミアの姿があった。ユーフェミアを救うとコーネリアに宣言したルルーシュは、カレンたち「黒の騎士団」を率いて人質救助に向かう。しかし、ルルーシュはユーフェミアと対面すると、彼女に銃口を向けるのだった。そこへスザクの乗るランスロットが突撃する。

弱者の味方として活動を展開していく黒の騎士団。イレヴンの間では英雄扱いとなるが、カレンもまた世の中を変えるために、ゼロは必要だと感じていた。カレンはイレヴンとブリタニアのハーフだが、その複雑な家庭環境からブリタニアを憎むようになっていた。そのような状況下、世直しの一環で、イレヴンの間で蔓延しているという薬物「リフレイン」の密売現場に潜入する黒の騎士団。カレンはそこである人物の姿を見る。

日本解放戦線の本拠地があるという成田連山に、コーネリア率いるブリタニア軍が奇襲をかける。その情報を手に入れたルルーシュは、黒の騎士団を率いて成田連山へと向かう。コーネリアの攻撃に、壊滅していく日本解放戦線の部隊。多勢に無勢、勝ち目はないと脅える黒の騎士団のメンバーを鼓舞し、ルルーシュはこの戦争で奇跡を起こすと宣言。コーネリアのもとへ、日本初のナイトメア紅蓮弐式を出撃させる。

ナリタ連山でコーネリア部隊を孤立させることに成功した黒の騎士団。ルルーシュはついにコーネリアの懐に飛び込み、投降を命じる。だが、命をかけて戦う覚悟を見せるコーネリア。スザクの操るランスロットの猛襲に、戦況は一転、黒の騎士団は撤退を余儀なくされる。ゼロを追うスザクだが、C.C.の未知なる能力に行動を封じられてしまう。C.C.の力で脳内が浸食されるスザク。悪夢のようなイメージの中、亡き父親と対面する。

思い切ってルルーシュをデートに誘うシャーリー。だが、ルルーシュは黒の騎士団メンバーとともに「キョウト」の代表と対面するため、富士鉱山へ向かっていた。キョウトの代表は、ゼロの素性を問いただす。一方、シャーリーを思わぬ悲劇が襲う。

ナリタでの戦闘によって、起こったとある事実がルルーシュやカレンの心を苦しめる。信念を貫きブリタニアと戦っていく決意をするルルーシュは、黒の騎士団を率いてコーネリア軍へ向け出撃する。スザクの操るランスロットと一騎打ちとなるが、その最中、居るはずのないシャーリーの姿を見るルルーシュ。シャーリーは、ある人物からルルーシュと黒の騎士団の関わりを指摘され、ルルーシュを追ってきたのだった。

シャーリーに秘密を知られたのではないかと疑い、彼女の後を追うルルーシュ。どう始末をつけるのかC.C.に問われるが、答えは持たなかった。その頃、シャーリーはナリタでマオという謎の男と出会う。マオは人の思考を読むギアス能力者だった。彼に操られるまま、ある罪を償うため死を選ぼうとするシャーリー。C.C.は、かつて自分がギアスの能力を与えた男と対峙し、ルルーシュは真相を知ってしまったシャーリーとの別れを決断する。

ルルーシュとの契約を破棄し、マオの元へ戻ると言い出したC.C.。ルルーシュの制止を聞かず、彼の元から去っていく。C.C.はマオの目的が自分であることを知っていた。そして、責任を取るために再びマオと会うことを決意したのだ。指示され向かった遊園地で、マオに銃口を向けるC.C.。だが、その引き金を引くことができない。一方、ルルーシュはC.C.を救うため、思考を読み取る相手と頭を使ってどう戦うか思案する。

警察に撃たれたはずのマオが生きていた。ルルーシュに復讐を誓ったマオは、ナナリーを誘拐。制限時間内に救い出せるかどうかゲームをしようとルルーシュに持ちかける。危機を察したスザクは、ルルーシュとともにナナリーの救出に向かう。何とかナナリーを発見した二人だが、そこにはマオの仕掛けた巧妙なトラップが仕掛かられていた！果たして二人は彼女を救い出す事が出来るのか？

ブリタニア軍に捕らえられた藤堂中佐を救うため、四聖剣が黒の騎士団に協力を求めてきた。藤堂の身柄奪還を約束し、チョウフ基地を攻めるルルーシュ。ランスロットの猛撃に遭うが新たな戦力がこれを凌ぐ。終に追い詰めた宿敵！が、ゼロが見たそのパイロットはスザクだった！

ユーフェミアの騎士となったスザク。C.C.はスザクにギアスをかけるようルルーシュに提言する。それを拒み、ユーフェミアに奇襲を仕掛ける黒の騎士団。この危機にランスロットが出動するが、ルルーシュは自らを囮にそれを待ち受けていた！

式根島から離れた孤島、神根島で目覚めるスザク。カレンと遭遇し、彼女が黒の騎士団のメンバーであることを知る。一方、同じように神根島に漂着したルルーシュは、そこでユーフェミアと出会う。一方、島内の洞窟ではシュナイゼル達が謎の遺跡の調査していた。 この3組が遭遇した時におきた出来事とは！？

元枢木政権のメンバーだった澤崎敦がフクオカ基地を占拠し「日本」として独立を宣言。だが、それは中華連邦の傀儡に過ぎなかった。それに対しゼロは賛同せず、逆に黒の騎士団による真の独立国家をトウキョウに立ち上げると謳う。その頃、騎士を辞退したスザクは単身ランスロットでフクオカに出撃する。が、圧倒的な澤崎軍の前に窮地に陥ってしまう！

澤崎政権壊滅の話題で世間が持ちきりとなっている頃、アッシュフォード学園では学園祭が催されていた。政情不安を吹っ飛ばすかのように生徒会メンバーを始め学生達は大盛り上がり！

がユーフェミアの闖入により事態は思わぬ大騒動へと発展していく。

ユーフェミアの発案で、行政特区の立ち上げが決定した。驚喜するイレヴンたち。その記念式典にガヴェインで登場するゼロ。

ゼロとして、そして兄としてユフィと対峙するルルーシュ。その時それは起きた！

惨劇の式典会場。大混乱に乗じてトウキョウ租界に大攻勢をしかける黒の騎士団。 ユーフェミアを救出すべく会場に突入したスザクはそこで……。

エリア11と日本の未来をかけた戦いが始まった。

一斉蜂起したイレヴン達を率いてブリタニア政庁を目指す黒の騎士団。それを迎え撃つべく出陣するコーネリア。

その租界が突如崩落した。地盤を支える構造体自体を破壊するという恐るべき手段でブリタニア軍に大ダメージを与えたゼロは混乱に乗じて敵本陣に突入する！ さらにユーフェミアの復讐を誓うスザクも参戦！

コーネリア対ゼロ、スザク対ルルーシュ！？今、最後の血戦の幕が開く！！！

死闘の末にコーネリアを追い詰めたルルーシュ。だが狂乱のジェレミアが乱入！

戦場が混乱する中、さらにナナリーの身に……。C．C．の助言を受け神根島へ向かうルルーシュ。

果たしてそこが終焉の場所なのか！

「黒の騎士団」を先鋒とした日本人の一斉蜂起事件「ブラックリベリオン」から1年。決戦場となったトウキョウ租界も復興し始めていた。アッシュフォード学園に通うルルーシュ・ランペルージは体育教師ヴィレッタに補習で追い掛け回されるような日常を送りながらも、戻りつつある平穏にどこか冷めたものを感じていた。

ある日、ルルーシュはそんな日常に刺激を求め、弟ロロと共にバベルタワーにある賭けチェスに赴く。その上空をタワーに近づく飛行船。それこそ卜部とC．C．が率いる黒の騎士団残存部隊による、乾坤一擲のある作戦のスタートであった。

神根島で放たれた銃弾の末は？果たしてルルーシュとスザクに何があったのか？

今、明かされるルルーシュ変貌の秘密！！戦場と化したバベルタワー内で激戦を繰り広げる黒の騎士団の前に出現した謎のナイトメア。その脅威の戦闘力に黒の騎士団は絶体絶命の窮地に追い込まれた。ルルーシュの運命や如何に！？

バベルタワーの大混乱に乗じて黒の騎士団残存部隊は脱出に成功。さらに復活したゼロは「合衆国日本」の再建を宣言した！ それに対しブリタニア軍は捕らえていた騎士団主要メンバーの処刑を通告する。残された時間は後わずか。

しかし監視の目があるルルーシュは自由に動けない！その時、ルルーシュは意外な行動にでる……。

窮地の中でルルーシュはロロにある取引を申し出る。

それは……。

刻一刻と迫る処刑の時。絶対的に不利な状況。待ち構えるは宿敵ギルフォード。そしてついにゼロが姿を現した！

新たなそして最大の脅威、枢木スザク。ナイトオブゼブンとなった彼が再び学園に現れた。

その緊張の最中、ミレイが歓迎会をぶち上げる。さらにジノとアーニャのラウンズまでが登場。

風雲急？を告げる学園で何が起こる！？

エリア11に赴任する新総督を奪取すべく、黒の騎士団は太平洋上での奇襲作戦を敢行する。復活したゼロを侮った空中護衛艦隊は完全に居をつかれ、作戦は騎士団の完全勝利に終わるかに思われたその時、空戦使用のナイトメア部隊が伏兵として現れる。さらに新装備を施されたランスロット・コンクエスターも参戦！大混戦の中ゼロは！？

闘う意味を見失いあて度も無く街を行くルルーシュ。このままゼロを棄ててしまうのか？ 迷い彷徨い無人のアッシュフォード学園でルルーシュが観たものは？

同じ頃、トウキョウ湾に侵入した黒の騎士団にスザクが迫る！ ゼロも騎士団もこのまま壊滅してしまうのか！？

新総督によって宣言された「行政特区日本」の設立。イレブンにとってそれはブリタニアに対する怨念の一頁であったはず。何故それを再び？血塗られた虐殺皇女の歴史が再現されてしまうのか？

その時、ゼロがスザクに申し出た驚愕の取引とは？そして百万のキセキとは果たして？

世界戦略を進める為、中華連邦に渡ったゼロと黒の騎士団。EUがブリタニアにより弱体化しつつある今、残る大国を手中にいれる事こそ打倒ブリタニアを果たす為の大きな足がかりとなる。

国の中枢である朱禁城。陰謀と策謀、様々な思惑が渦巻くその宴にゼロが姿を現した！

ブリタニアと大宦官。困窮する中華連邦の臣民達。蒼天はすでに死した如く中華連邦は混迷する。そして戦場もまた…。敵味方が入り乱れ、戦局が寸刻で逆転する大混乱の最中、数々のテストパイロットを再起不能にした脅威のナイトメア「神虎」がついに牙を剥く！その餌食となるのは！？

中華連邦の象徴である天子奪ったゼロと黒の騎士団であったが、予想を遥かに凌駕する戦闘能力を持った星刻、そしてブリタニア参戦により天帝八十八陵への篭城を余儀なくされていた。孤立無援の戦は徐々に、だが確実に騎士団を追い詰めていく。さらに大宦官は天子諸共、クーデターを起こした星刻抹殺も目論んでいた。果たしてゼロはこの窮地に如何なる秘策で挑むのか！！

中華連邦から学園に戻ったルルーシュは愕然としていた。留守中のフォローを任せた咲世子の行動が思わぬ波紋を巻き起こしていたのだ…。 そんな最中、留年中だったミレイはついに卒業を決意！その記念イベントとして「キューピットの日」の開催を宣言する。会長権限による強制カップル成立権を賭けた熾烈な戦いが始まった！！

V．V．によって復活したジェレミア・ゴットバルト伯爵がトウキョウ租界に現れた。学園に迫る彼の目的はルルーシュの抹殺なのか！？新たな力を得た最強の刺客を前にどうするロロ！どうするルルーシュ！

シャーリーが死んだ。ギアスによって運命を翻弄され続けた彼女は、ギアスの為に命を落とした。ルルーシュはその仇を討つ為にギアス嚮団の壊滅を決意。ロロとジェレミアから得た情報からその中華連邦にある本拠地を突き止め突入する。対するは嚮主V．V．！ C．C．と同じく不老不死の力を持つ謎の少年との激闘が始まる！！

V．V．との戦いの最中に踏み込んでしまった謎の空間「Cの世界」。ルルーシュはそこで最強であり最後の敵と対峙する！だが想像を絶する力を得ていた敵の前にルルーシュは絶体絶命の窮地の立たされる!その時、彼の前に現れたのは…。果たして真のギアスの秘密とは！？

終に実現した超合集国構想。合衆国日本と合衆国中華を中心に批准した国は47ヵ国。これによりEUは完全に弱体化し世界は超合集国とブリタニアに２分化され、世界は新たな局面を迎える。 その最高評議会の場で決議された第壱號とは！

戦場は再びエリア１１へ。黒の騎士団とブリタニア軍の最強部隊との戦いが始まろうとしていた。

だが、その最中ルルーシュは独り枢木神社へと向かう。スザクと会う為に。今、ナナリーを救えるのは彼しかいない。

思い出の地で邂逅した二人。だが…、どうするルルーシュ！どうするスザク！

キュウシュウで、そしてトウキョウ租界で戦闘が始まった。超合集国の戦力を得た黒の騎士団とナイトオブラウンズをも投入したブリタニア軍。精鋭同士の全面対決は紅蓮聖天八極式の参戦で更に激化していく。そしてその死闘の果ての結末は…

トウキョウ租界の決戦は多くの犠牲者を出してしまった。その混乱を突くかの如く、そのイカルガにブリタニアの特使が訪れた。自ら敵艦に乗り込んできたその人物こそ！？最凶の楔が黒の騎士団に向けられた！？

ロロによって窮地を脱したルルーシュ。だが、もう彼が辿るべき道は一つしか無い…。同じ頃、ブリタニア軍、黒の騎士団双方で大きなうねりが起きようとしていた。世界は新たな局面を迎えるのか？さらに神根島に降臨したブリタニア皇帝がついに動き出す！！そしてその時、ルルーシュは！？

大混乱するエリア11。引き返せない、いや引き返さない。硬く悲壮なまでの決意の元、スザクは戦いに挑む！最強の部隊を相手に彼は勝利する事が出来るのか！？そしてルルーシュもまた…。人智超越した世界で明かされる驚天動地の事実と真実は！？

世界は変貌を遂げようとしていた。超合集国とブリタニア帝国。二極化した力の激突は避けられないのか？それとも…。多くの人間の運命が変転し絡み合い新たな物語を紡ぎ、いよいよクライマックスへと突入する！！

ナナリーは生きていた。しかも最悪の敵としてルルーシュの前に現れた。 やはり恐るべきは策士シュナイゼル。苦悩するルルーシュにその時、スザクは！今こそ世界の覇権をかけ、天才と天才が富士の上空で激突する！！ ゼロレクイエムを成就させる為に。真の最終決戦開始！コードギアス間もなくクライマックス！

帝都ペンドラゴンを一瞬で消滅させたフレイア弾。その決戦兵器を大量装備した天空要塞ダモクレスが舞い上がる！ そのシュナイゼルの計画が完了すればもはや世界は彼の手に落ちる！ ルルーシュとナナリーが、カレンとスザクが虚空の彼方で相対する時、すべては結末に向け加速する！

ゼロレクイエム。すべてははルルーシュとスザクの約束の為に。さらばルルーシュ、ゼロ最後の日！？さよならスザク、さらば戦いの日々そして・・・コードギアス最終回！万感の想いを胸に全力で刮目せよ！