Lelouch Lamperouge reprend sa vie de lycéen paresseux et joueur d'avant, la mémoire effacée et remplie de faux souvenirs.

Lelouch recouvre la mémoire et prend le commandement de l'Ordre des chevaliers noirs qui sont attaqués par un nouveau mecha après avoir pris d'assaut la tour de Babel.

Zero déclare la naissance des États-Unis du Japon, mais Guildford menace d'exécuter tous les chevaliers noirs capturés s'il refuse le défi.

Lelouch doit à la fois échapper à Rollo, qui veut le tuer, et trouver un moyen de sauver les chevaliers noirs.

Zero regagne la confiance des chevaliers. À l'académie, le retour de Suzaku suscite un certain intérêt. Le conseil des élèves organise alors une fête en son honneur.

Lelouch est confronté à une crise. L'élection de Nunnally au poste de gouverneur général de la zone 11 s'accompagne d'autres nouvelles encore plus choquantes à son sujet.

La décision de Zero de travailler sur la Zone administrative spéciale du Japon inquiète les chevaliers noirs. Lelouch a un comportement étrange.

L'Ordre des chevaliers noirs se trouve désormais en Chine. La Fédération chinoise est officiellement dirigée par Lihua, la vénérable souveraine.

Une lutte à mort commence entre l'Ordre des chevaliers noirs et Xing Xe lorsque Zero enlève Lihua au cours de son mariage au prince Odysseus.

Le siège du mausolée semble prendre une mauvaise tournure pour Lelouch. Les forces chinoises et britanniennes sont difficiles à contenir.

Lelouch et Shirley se retrouvent face à face. Le jeune homme doit également tenir compte des conséquences des malentendus résultant de l'implication de Sayoko.

Shirley recouvre la mémoire. Elle se souvient de tout au sujet de Lelouch et contacte Suzaku dans l'intention de démasquer Zero.

Après une tragédie, Lelouch décide d'éradiquer le culte du Geass, de raser entièrement l'organisation et d'éliminer Rollo.

Lelouch affronte son père, l'empereur, dans un monde parallèle. L'objectif final est presque atteint, mais une révélation le perturbe.

La Fédération des nations unies qui voit le jour va permettre à Lelouch de disposer des moyens et des hommes nécessaires pour se battre contre Britannia à armes égales.

Lelouch joue sa dernière carte afin d'essayer de sauver Nunnally : il supplie désespérément et humblement Suzako de l'aider.

Jeremiah et Guilford aident Lelouch et les chevaliers noirs à faire face à Suzaku et aux autres chevaliers d'élite de l'empire de Britannia.

Tirant profit de l'absence de Lelouch dont la santé physique et psychologique est au plus bas, Schneizel rencontre les leaders des chevaliers noirs.

C.C. découvre qui est vraiment Marianne, et Zero est déclaré mort.

Après avoir emprisonné son père, Lelouch s'apprête à découvrir la vérité sur la mort de sa mère qui se matérialise soudain sous ses yeux.

Lelouch, devenu empereur, détruit tout ce qui représentait l'empire de Britannia jusque-là avec l'accord de Suzaku.

Prêt à tuer pour assurer la paix, Schneizel positionne le Damoclès de façon à menacer chaque partie du monde avec des ogives FLEIJA.

Alors que les chevaliers noirs parviennent à monter à bord de l'Avalon pour secourir les otages, Lelouch pénètre dans le Damoclès.

Lelouch se sert du Geass et de Nunnally pour obtenir la clé du Damoclès. Muni de celle-ci et des missiles, il possède un pouvoir inégalable.