Lelouch Lamperouge pakt zijn oude leven als luie student en gokker weer op, terwijl zijn geheugen is gewist en vol valse herinneringen zit.

Lelouch krijgt zijn geheugen terug en leidt de Orde van de Black Nights. Nadat de ridders de toren van Babel hebben bestormd, worden ze aangevallen door een nieuwe Frame.

Lelouch heeft twee grote problemen: hij moet ontsnappen aan Rolo, die hem wil vermoorden, en hij moet een manier vinden om de Black Knights te redden.

Zero wint het vertrouwen van de Knights terug. De belangstelling is groot wanneer Suzaku terugkomt op school, dus de studentenraad organiseert een feest voor hem.

Wanneer de Black Knights een verrassingsaanval uitvoeren op de Stille Oceaan, keren ze Zero de rug toe. Deze probeert bij Nunnally te komen om haar te ontvoeren.

Lelouch zit in een crisis. Nunnally is verkozen tot gouverneur-generaal van Area 11, maar er is nog meer schokkend nieuws over haar.

De Black Knights maken zich zorgen over Zero's beslissing om aan de Japanse Speciale Regio te werken. Lelouch gedraagt zich vreemd.

De Orde van de Black Knights is nu in China. De Chinese Federatie wordt officieel geregeerd door de eerbiedwaardige vorst Lihua.

Nadat Zero Lihua heeft ontvoerd tijdens haar huwelijk met prins Odysseus, voeren de Zwarte Knights en Xing ke een gevecht op leven en dood.

Door de belegering in het mausoleum wordt de situatie steeds nijpender voor Lelouch. De legers van China en Britannia zijn overweldigend.

Lelouch en Shirley komen tegenover elkaar te staan. De jongen ondervindt ook de gevolgen van de misverstanden die zijn ontstaan door de betrokkenheid van Sayoko.

Shirley heeft haar geheugen weer terug. Ze herinnert zich nu weer alles over Lelouch. Ze zoekt contact met Suzaku omdat ze Zero wil ontmaskeren.

Na een tragisch verlies besluit Lelouch de Cult of Geass uit te roeien, de organisatie te gronde te richten en Rolo uit te schakelen.

De confrontatie tussen Lelouch en zijn keizerlijke vader vindt plaats in een parallelle wereld. Het einddoel is nabij, maar hij is geschokt door een onthulling.

Door de opkomende Federatie van de Verenigde Staten beschikt Lelouch over de middelen en mankracht om tegen Britannia te strijden.

Lelouch speelt zijn laatste troef uit terwijl hij Nunnally probeert te redden: wanhopig en nederig smeekt hij Suzaku om hem te helpen.

Lelouch en de Black Knights worden geholpen door Jeremia en Guilford, maar verzetten zich nauwelijks tegen Suzaku en de Other Knights of Rounds.

Schneizel profiteert van de afwezigheid van Lelouch en ontmoet de leiders van de Black Knights onder verschrikkelijke lichamelijke en geestelijke omstandigheden.

De ware vorm van Marianne wordt geopenbaard aan C.C.en Zero wordt doodverklaard.

Lelouch heeft zijn vader gevangen en staat nu op het punt de waarheid te ontdekken over de dood van zijn moeder, die plotseling voor hem verschijnt.

Lelouch, die nu is uitgeroepen tot keizer, vernietigt met toestemming van Suzaku alles waar Britannia tot dan toe voor stond.

Schneizel neemt Damocles mee naar een grote hoogte om de hele wereld te bedreigen met FLEIJA-kernkoppen. Om de vrede te garanderen, is hij zelfs bereid tot moord.

Terwijl de Black Knights erin slagen om Avalon binnen te dringen en de gijzelaars te redden, stormt Lelouch Damocles binnen.

Lelouch gebruikt de Geass en Nunnally en ontvangt de sleutel van Damocles. Met deze sleutel en de FLEIJA is hij onoverwinnelijk.