결석을 밥 먹듯이 하고 도박장을 드나드는 평범한 일상으로 돌아온 를르슈. 그러나 기억은 모두 조작되고, 그의 곁엔 남동생이 붙어 다닌다. 대체 무슨 일이 있었던 걸까.

일본인이여, 내가 돌아왔다! 기억을 되찾은 를르슈는 흑의 기사단을 지휘하여 바벨 타워를 점거한다. 그러나 순간 이동을 하는 신형 로봇의 공격에 속수무책으로 당한다.

적을 초토화한 를르슈는 제로의 부활과 합중국 일본의 건국을 선포한다. 제로에게 정면 승부를 요구한 길포드, 거절하면 포획한 흑의 기사단을 처형하겠다고 위협한다.

를르슈는 자신에게 총구를 겨눈 로로를 상대로 위험한 거래를 한다. 진퇴양난에 빠진 를르슈. 포로로 붙잡힌 흑의 기사단을 구하고 동시에 로로도 제거할 방법은 없을까?

제로는 흑의 기사단에게 다시 신임을 얻는다. 학교에 복학한 스자쿠. 학교는 떠들썩해지고 학생회는 스자쿠의 환영회를 준비한다. 근데 그가 다시 돌아온 이유가 뭘까.

흑의 기사단은 새로 부임하는 신임 총독을 포획하기 위해 기습 작전을 펼친다. 나나리가 탄 기체에 잠입한 제로. 그러나 그의 정체를 모르는 나나리는 뜻밖의 제안을 한다.

나나리는 신임 총독 취임 인사에서 행정 특구 일본을 다시 설립하겠다는 의지를 밝힌다. 나나리를 위해 싸웠던 제로, 존재의 이유를 상실한 채 방황의 날들을 보내는데.

흑의 기사단은 전원 특구 일본에 참가하라! 총독의 제안을 받아들인 제로의 결정에 흑의 기사단 내부가 술렁인다. 게다가 백만 명 동원이라니. 그의 진짜 의중은 무엇일까.

일본을 탈출한 흑의 기사단은 중화연방에 정착한다. 이곳을 거점으로 브리타니아에 맞설 계획을 세우던 제로, 중화연방의 상징인 텐시의 정략결혼 소식을 듣고 충격에 빠진다.

브리타니아와 대환관. 곤궁한 중화연방의 신민들. 푸른 하늘은 이미 죽은 것처럼 중화연방은 혼란스러웠다. 그리고 전장도 또한... 적과 아군이 뒤섞여 전국은 시시각각 역전이 거듭되는 대혼란 가운데, 수많은 테스트 파일럿을 재기 불능으로 만든 무시무시한 나이트메어 '쉔후'가 드디어 이빨을 드러낸다! 쉔후의 먹이가 되는 것은 누구인가?!

중화연방의 상징인 천자를 빼앗은 제로와 흑의 기사단이었지만 예상을 훨씬 능가하는 전투 능력을 보여준 신쿠, 그리고 브리타니아의 참전으로 천제팔십팔릉에서 농성을 할 수밖에 없게 되었다. 고립무원 상태의 싸움은 서서히 하지만 확실하게 기사단을 궁지로 몰아갔다. 거기에 대환관은 천자와 함께 쿠데타를 일으킨 신쿠까지 말살할 속셈이었다. 과연 제로는 이 궁지를 어떤 비책을 써서 벗어날 것인가!

중화연방에서 학원으로 돌아온 를르슈는 경악했다. 대역을 맡긴 사요코의 행동이 예상 밖의 파란을 불러일으킨 것이다... 그런 가운데 유급 상태였던 미레이는 드디어 졸업을 결심한다. 그리고 졸업 기념 이벤트로서 '큐피드의 날'을 개최하겠다고 선언한다. 회장의 권한으로 강제 커플 성립권을 건 격렬한 싸움이 시작되었는데.

V.V.에 의해 부활한 제레미아 고트발트 백작이 도쿄 조계에 나타났다. 학원으로 다가오는 그의 목적은 를르슈의 말살인가?! 새로운 힘을 얻은 최강의 자객에게 로로와 를르슈는 어떻게 대응할 것인가!

소중한 이를 잃고 비통에 빠진 를르슈. 그는 향단을 기습해 로로와 기어스의 근원을 섬멸하기로 결심한다. V.V.의 행방을 뒤쫓던 제로, 뜻밖의 인물과 마주치게 되는데.

다른 차원의 세계에서 황제와 대면한 를르슈는 기어스를 사용해 그를 죽인다. 모든 것이 끝났다고 생각한 순간, 새로운 진실이 드러나며 를르슈는 큰 충격에 휩싸이게 된다.

47개국과 연합하여 합집국 헌장을 비준한 제로. 이로써 브리타니아에 필적하는 거대한 연합 국가가 탄생한다. 첫 번째 목표는 일본 탈환. 그러나 먼저 나나리를 구해야 한다!

흑의 기사단은 막강한 군사력을 등에 업고 일본으로 진군한다. 나나리를 구하기 위해 체면을 버리고 스자쿠에게 머리를 숙인 를르슈. 스자쿠는 그의 절박한 부탁을 들어줄까.

큐슈에서 그리고 도쿄 조계에서 전투가 시작됐다. 초합집국의 전력을 얻은 흑의 기사단과 나이트 오브 라운즈까지 전선에 투입한 브리타니아군. 정예 간의 전면 대결은 홍련 성천 팔극식의 참전으로 더욱 격화되었다. 그리고 그 사투의 결말은...

도쿄 조계의 결전은 수많은 희생자를 만들고 말았다. 그 혼란을 꿰뚫듯이 이카루가에 브리타니아의 특사가 찾아온다. 스스로 적함에 찾아온 그 인물은?! 가장 치명적인 쐐기가 흑의 기사단을 향해 겨눠졌다.

C.C. 앞에 모습을 드러낸 마리안느. 아직도 둘이 한배를 타고 있는지 확인한다. 흑의 기사단은 제로가 전사했다고 발표한다. 제로는 이대로 시대의 상징으로 묻힐 것인가.

마리안느는 황제와 를르슈 앞에 갑자기 나타나고, 를르슈는 어머니를 죽인 자와 자신이 일본으로 보내진 이유를 알게 된다. 황제는 평생 준비해온 원대한 계획을 실행하는데.

세계는 변모하려 하고 있었다. 초합집국과 브리타니아 제국. 양극화한 힘의 격돌은 피할 수 없는 것인가? 아니면... 많은 사람의 운명이 변하고 얽히며 새로운 이야기를 자아내고, 드디어 클라이맥스에 돌입한다!!

나나리는 살아 있었다. 게다가 최악의 적으로서 를르슈의 앞에 나타났다. 역시 무시무시한 책사 슈나이젤. 고뇌하는 를르슈에게 스자쿠는... 바로 지금 세계의 패권을 걸고 천재와 천재가 후지산 상공에서 격돌한다! 제로 레퀴엠을 이루기 위해서. 진정한 최종 결전이 시작된다! 코드 기아스도 이제 곧 클라이맥스!

제도 펜드래건을 순식간에 소멸시킨 프레이야 탄두. 그 결전 병기를 대량 장비한 천공 요새 다모클레스가 하늘에서 내려왔다! 슈나이젤의 계획이 완성되면 이제 세계는 그의 손에 떨어질 것이다! 를르슈와 나나리가, 카렌과 스자쿠가 허공의 저편에서 대치하는 시간 모든 것은 결말을 향해 가속하기 시작했는데!