Lelouch Lamperouge återgår till sin normala tillvaro som lat student och spelare. Hans minne har raderats och ersatts av falska hågkomster.

Lelouch får minnet tillbaka och leder Svarta riddarnas orden. Efter att ha stormat Babels torn blir riddarna angripna av en ny fiende.

Zero utropar Japans förenta stater, men Guilford hotar att avrätta alla tillfångatagna svarta riddare om han vägrar att acceptera utmaningen.

Lelouch har två stora problem. Han måste fly från Rolo, som tänker döda honom, och han måste komma på ett sätt att rädda Svarta riddarna.

Zero återfår Svarta riddarnas förtroende. Det blir stor uppståndelse i skolan när Suzaku återvänder, så elevrådet ordnar en fest till hans ära.

Svarta riddarna utför en överraskande attack och bryter med Zero, som infiltrerade Nunnally för att försöka genomföra en kidnappning.

Lelouch går igenom en kris. Nunnally blir vald till generalguvernör över område 11, samtidigt som fler chockerande nyheter om henne blir offentliga.

Zeros beslut att arbeta med den särskilda japanska regionen skapar oro bland Svarta riddarna. Lelouch beter sig underligt.

Svarta riddarnas orden befinner sig nu i Kina. Den kinesiska federationen styrs officiellt av den beundrade envåldshärskaren Lihua.

Lihua blir kidnappad av Zero när hon ska till att gifta sig med prins Odysseus. Svarta riddarnas orden och Xing-ke inleder en strid på liv och död.

Belägringen i mausoleet ser ut att gå illa för Lelouch. De kinesiska och britanniska trupperna är numerärt överlägsna.

Lelouch och Shirley möts öga mot öga. Pojken måste också räkna med konsekvenserna av de missförstånd som uppstod när Sayoko blev inblandad.

Shirley har återfått minnet och kan nu komma ihåg allting som rör Lelouch. Hon kontaktar Suzaku med avsikten att avslöja Zero.

Efter en tragisk förlust bestämmer sig Lelouch för att utplåna Geass-sekten, förstöra organisationen i grunden och eliminera Rolo.

I en parallell värld kommer Lelouch till uppgörelsen med sin far kejsaren. Det slutgiltiga målet är nära, men ett avslöjande gör Lelouch upprörd.

Förenta staternas federation är på uppgång, vilket ger Lelouch möjlighet att kämpa mot Britannien på lika villkor.

När Lelouch försöker rädda Nunnally använder han sitt sista ess i rockärmen när han desperat ber Suzaku om hjälp.

Lelouch och Svarta riddarna lyckas, med hjälp av Jeremiah och Guilford, med nöd och näppe stå emot Suzaku och hans kumpaner.

Schneizel utnyttjar att Lelouch, som befinner sig i ett förskräckligt fysiskt och psykiskt tillstånd, är borta och träffar ledarna för Svarta riddarna.

C.C. får se Marianne i hennes sanna form, och Zero blir dödförklarad.

Lelouch har blivit utnämnd till kejsare och förstör, med Suzakus goda minne, allt som fram till nu har representerat Britannien.

Schneizel tar upp Damocles på hög höjd och hotar hela jorden med FLEIJA-stridsspetsar. Han är beredd att döda för fredens skull.

Medan Svarta riddarna lyckas ta sig in i Avalon och rädda gisslan stormar Lelouch in i Damocles.

Lelouch använder Geass och Nunnally och får tag i nyckeln till Damocles. Tack vare det och FLEIJA har han nu oinskränkt makt.