Lelouch Lamperouge vender tilbage til sit sædvanlige liv som en doven elev og gambler, mens hans hukommelse er blevet slettet og fyldt med falske minder.

Lelouch får sin hukommelse tilbage og leder De Sorte Riddere, men efter at have stormet Babel-tårnet, bliver ridderne angrebet på ny.

Zero erklærer fødslen af De Forenede Japanske Stater, men Guilford truer med at henrette alle de fangede Sorte Riddere, hvis han afviser udfordringen.

Lelouch har to store problemer: Han skal flygte fra Rolo, som har til hensigt at dræbe ham, og han skal finde en måde at redde De Sorte Riddere på.

Zero genvinder Riddernes tillid. I skolen vækker Suzakus tilbagevenden stor interesse, så elevrådet planlægger en fest for ham.

De Sorte Riddere udfører et overraskelsesangreb og vender Zero ryggen, fordi han infiltrerede Nunnally i forsøget på at kidnappe hende.

Lelouch får krise. Nunnallys valg til guvernørgeneral i Område 11 ledsages af flere chokerende nyheder om hende.

Zeros beslutning om at arbejde i Den Japanske Specialregion skaber bekymringer blandt De Sorte Riddere. Lelouch opfører sig mærkeligt.

De Sorte Riddere er nu i Kina. Den kinesiske føderation er officielt styret af den ærværdige hersker Lihua.

Efter Zero har kidnappet Lihua under hendes ægteskab med prins Odysseus, starter en kamp til døden mellem De Sorte Riddere og Xing ke.

Belejringen i mausoleet ser ud til at tage en slem drejning for Lelouch. De kinesiske og Britannias styrker er overvældende.

Lelouch og Shirley mødes ansigt til ansigt. Drengen må også afregne for konsekvenserne af de misforståelser, der blev skabt ved at involvere Sayoko.

Efter et tragisk tab beslutter Lelouch at udrydde Geassens Kult, at rasere organisationen og tilintetgøre Rolo.

Lelouch har et opgør mod sin far, kejseren, og han står over for ham i en parallel verden. Det endelige mål er tæt på, men alligevel langt fra.

De Forenede Staters Føderation vil give Lelouch de midler og mænd, der skal til for at kæmpe mod Britannia på lige vilkår.

Lelouch spiller sit sidste kort, mens han forsøger at redde Nunnally: Han bønfalder desperat og ydmygt Suzaku om at hjælpe ham.

Lelouch og De Sorte Riddere, med hjælp fra Jeremiah og Guilford, modsætter sig knap nok Suzaku og de andre Riddere.

På grund af Lelouchs fravær mødes Schneizel, som er i en forfærdelig fysisk og psykisk tilstand, med lederne af De Sorte Riddere.

Marianne afsløres i sin sande form over for C.C., og Zero bliver erklæret død.

Efter at have fanget sin far er Lelouch nu ved at opdage sandheden om sin moders død, da hun pludselig viser sig foran ham.

Lelouch, som nu er kejser, ødelægger alt det, der indtil da havde repræsenteret Britannia med Suzakus samtykke.

Schneizel tager Damocles med op for at true hvert hjørne af verden med FLEIJA. Han er klar til at dræbe for at sikre fred.

Mens De Sorte Riddere trænger ind i Avalon og redder gidslerne, løber Lelouch ind i Damocles.

Lelouch bruger Geass og Nunnally og får nøglen fra Damocles. Takket være den og FLEIJA har han en magt, der ikke kan udfordres.