Lelouch Lamperouge vender tilbake til sitt vanlige liv som lat student og gambler, men hukommelsen hans er slettet og fylt med falske minner.

Lelouch får hukommelsen tilbake og leder Order of the Black Knights. Etter at Knights har stormet Babel Tower, blir de angrepet av en ny Frame.

Zero erklærer opprettelsen av Japans forente stater, men Guilford truer med å henrette alle de fangede sorte ridderne hvis han nekter å ta imot utfordringen.

Lelouch har to problemer: Han må unnslippe Rolo, som akter å drepe ham, og han må finne en måte å redde Black Knights på.

Zero får tilbake tilliten fra Knights. Suzaku er tilbake på skolen, noe som vekker stor interesse, og elevrådet arrangerer en fest til ære for han.

Black Knights utfører et overraskelsesangrep på Pacific og vender ryggen til Zero, som infiltrerte Nunnally for å prøve å kidnappe henne.

Lelouch opplever en krise. Nunnallys valgseier som generalguvernør av Area 11 etterfølges av flere sjokkerende nyheter om henne.

Zeros beslutning om å jobbe med Japanese Special Region skaper bekymring blant Black Knights. Lelouch oppfører seg merkelig.

Order of the Black Knights er nå i Kina. Den kinesiske føderasjonen styres offisielt av Lihua, den ærverdige fyrsten.

Zero har kidnappet Lihua under bryllupet med prins Odysseus, og det bryter ut en kamp på liv og død mellom ridderne av den svarte ordenen og Xing ke.

Lelouch og Shirley møtes ansikt til ansikt. Gutten må også håndtere konsekvensene av misforståelsene som oppstod ved å involvere Sayoko.

Shirley har fått hukommelsen tilbake og husker nå alt om Lelouch. Hun kontakter Suzaku i den hensikt å avsløre Zero.

Etter et tragisk tap bestemmer Lelouch seg for å utslette Cult of Geass, jevne organisasjonen med jorden og bli kvitt Rolo.

Lelouch møter faren sin, keiseren, til kampen i en parallell verden. Det endelige målet er ikke langt unna, men en avsløring gjør ham oppbragt.

Federation of the United States er i frammarsj og vil skaffe Lelouch verktøy og soldater slik at han kan kjempe mot Britannia på likt grunnlag.

Mens Lelouch prøver å redde Nunnally spiller han sitt siste kort. Han trygler desperat og ydmykt Suzaku om å hjelpe ham.

Lelouch og Black Knights, hjulpet av Jeremiah og Guilford, klarer så vidt å bekjempe Suzaku og Other Knights of Rounds.

Lelouch er i en elendig forfatning både fysisk og psykisk, og Schneizel utnytter hans fravær til å møte lederne av Black Knights.

Mariannes sanne form blir avslørt for C.C., og Zero blir erklært død.

Lelouch har fanget faren sin og er i ferd med å finne ut sannheten om morens død når hun plutselig dukker opp foran ham.

Lelouch, som nå er kronet til keiser, ødelegger alt som hittil har representert Britannia, med Suzakus samtykke.

Schneizel flyr Damocles i stor høyde for å true hele verden med FLEIJA-stridshoder. Han er rede til å drepe for å sikre at det blir fred.

Mens Black Knights klarer å komme seg inn i Avalon og redde gislene, bryter Lelouch seg inn i Damocles.

Lelouch bruker Geass og Nunnally og får tak i nøkkelen til Damocles. Takket være den og FLEIJA har han krefter som ingen kan overvinne.