Ha pasado un año desde la Rebelión Negra. Lelouch vive tranquilamente junto con su hermano Rolo, con quién asiste a una partida de ajedrez. En edificio donde se encontraban es atacado por la Orden de los Caballeros Negros logrando hacer que C.C. llegue hasta Lelouch. La bruja lo besa y hace recuperar sus recuerdos.

Lelouch recuerda lo que pasó, incluso como fue que le implantaron falsos recuerdos. Convirtiéndose nuevamente en Zero, Lelouch organiza un plan de ataque para salir del edificio y asesinar a Carares, el nuevo Gobernador General del a área 11. Cumple su plan y pide asilo en la embajada de la Federación China (usando su geass). Tras esto, interviene las líneas de televisión anunciando su regreso.

Lelouch logra evadir las sospechas de quienes lo vigilan intercambiando lugares con C.C. durante el anuncio de su regreso. Regresa a la academia y acuerda ir de compras con Shirley. Guilford convoca a Zero a un duelo y, en caso de que ésto no asista, ejecutará a los miembros de la Orden de los Caballeros Negros que mantiene cautivos. Va con Shirley a un centro comercial y , en el lugar, Lelouch se da cuenta de que lo vigilan y crea una escena con la que logra descubrir quienes y porque lo siguen. Con la nueva información, el joven se dirige a la base del Departamento de Información en donde descubre que su hermano falso, Rolo, tiene un geass. Lo convence para que le de un día.

Con Rolo pisándole los talones, Zero, gracias a sus estrategias, libera a los miembros de la Orden de los Caballeros Negros. Resuelve otro asunto al manipular a Rolo y lograr que éste se ponga a su favor.

Suzaku regresa a la academia para confirmar si Lelouch es Zero. Lelouch lo evade inteligentemente. Se realiza un festival de bienvenida en su honor y, al finalizar la fiesta, Suzaku le dice a Lelouch que la nueva Gobernadora General que vendrá al área 11 quiere hablar por teléfono con él. Lelouch atiende y se encuentra con que es Nunally, una prueba más de Suzaku para confirmar si sus recuerdos volvieron.

Rolo ayuda con su geass y congela a Suzaku por un tiempo, puesto que Lelouch debe continuar fingiendo que tiene recuerdos falsos en los que Nunally no existe. Luego de eso, Zero reune a la Orden de los Caballeros Negros quienes salen de la embajada en camino a atacar la nave en la que la nueva Gobernadora General de la Área 11 se dirige para secuestrarla. Nunally se encuentra con Zero y le ofrece reestablecer la Zona Administrativa Especial de Japón a lo que Zero no responde. Tras esto, la niña es rescatada de una nave que está a punto hundirse por el Lancelot.

Con el establecimiento de la Zona Especial, la voluntad de Lelouch se tambalea y se ve en la disyuntiva de si debe continuar siendo Zero. Gracias a los apoyos de Kallen y Rolo, cada uno a su modo, Lelouch decide participar de la Zona.

Zero acepta la zona y negocia con Britannia ser exiliado solo. El Gobierno acepta la condición y cuando lo anuncian, el millón de personas que había asistido se viste de Zero, engañando a las tropas del imperio y aceptando el exilio impuesto.

La Orden los Caballeros Negros es exiliada y se asienta en la Federación China. Apenas llegan, Zero se entera de un matrimonio arreglado entre la emperatriz de china y un príncipe de Britannia que complican el panorama para la Orden.

Los Jefes Enuncos piden ayuda a Britannia para "recuperar" a la emperatriz. Zero utiliza el manejo de la información y transmite a china un conversación suy con los Jefes Enuncos donde se revela que éstos últimos han abandonado a la emperatriz, planean matarla junto con Zero y reemplazarla por otra. Zero salva al Shen Hu y a la emperatriz con su Shinkirō, incitando a Xingke a unirse a la Orden de los Caballeros Negros. Simultáneamente, se inician revueltas en muchas zonas de la Federación China. Al ver ésto, Schneizel decide retirarse de la batalla porque las revueltas demustran que los Jefes Enuncos ya no tienen el apoyo del pueblo Luego, Xingke busca y asesina a los traidores Jefes Enuncos. Zero se entera de que Kallen fue entregada a Suzaku. Más tarde, Diethard decide que hay que anunciar la ruptura del compromiso de la emperatriz con Britannia y que sería conveniente anunciar su matrimonio con un japonés. Kaguya se niega rotundamente e incluso C.C. está en desacuerdo. Zero, confundido, se va por un momento, habla por teléfono con Shirley y, cuando regresa le ofrece a la emperatriz que ella decida que quiere hacer. Finalmente, se revela que Shinozaki Sayoko estuvo reemplazando a Lelouch durante su ausencia usando las ventajas del Departamento de Información.

Lelouch vuelve de su viaje a la escuela y resulta que Sayoko, que estaba reemplazándolo ha aceptado todas las citas que las demás estudiantes le han propuesto y aparte que le dio un beso a Shirley para que esta no descubriera la base secreta. Y así varias chicas van detrás de Lelouch y tiene que aceptar las citas. La presidenta crea el evento de Cupido en el instituto en el los estudiantes varones deberán de usar un sombreo azul y las chicas un sombrero rosa en forma de corazón y si la chica o el chico le quitaba el sombreo a la otra persona, serian pareja. Lelouch logra huir de esta conmoción con la ayuda de Rolo y se esconde en la biblioteca donde intercambian lugares con Sayoko. Shirley lo encuentra, empiezan a hablar, ella le quita el sombrero y le pone el de ella y así, los declaran pareja. En el final, se ve que Jeremiah Gottwald usa un cancelador de geass que le devuelve los recuerdos a Shirley.

Un renovado y robotizado Jeremiah Gottwald se dirige, bajos las órdenes de V.V., a matar a Lelouch. Jeremiah demuestra tener un cancelador de geass con el que puede disipar su efecto. Luego de encontrarse con Villeta, se direge a Ikebukuro, donde Lelouch se encontraba. Lelouch, que estaba con Suzaku y Shirley, se separa de ellos cuando es avisado de la meta de Jeremiah. Shirley busca a Lelouch, queriendo ayudarlo (está enamorada de él), sin embargo, Rolo descubre que sus recuerdos volvieron y la asesina. Jeremiah, en su encuentro con Lelouch le confiesa que es un gran devoto de Marianne Vi Britannia. Tras una palabras se une a Lelouch, alegando lealtad a éste último.

Lelouch, furioso por la muerte de Shirley, culpa del geass, decide destruir a V.V. y al culto. Con la ayuda de Jeremiah, Rolo, C.C. y un escuadrón de los Caballeros Negros, mascara a los investigadores y destruye todo a su paso. La situación cambia cuando V.V. se presenta en batalla con el Siegfried. Cornelia, que se encontraba en el lugar, logra destruir el blindaje del Knightmare y posibilita su destrucción. En el segundo final es salvada por Jeremiah. Lelouch persigue a V.V. que cayó nuevamente en las instalaciones. Llega a donde estaba y cae dentro del mundo de C.

Lelouch cae en una ilusión donde conoce el secreto de c.c cual es morir luego lelouch va al pasado y ve como era c.c antes de ser una bruja inmortal ella era esclava y iba a morir ahí hace un contrato con una monja la cual el geass de c.c era que todas las personas la amaran haste que un día ella se cansó después la monja se mató dándole sus poderes a c.c pero ella perdió su geass.

Britannia nota la ausencia del Emperador sin saber que está atrapado en el Mundo de C, a su vez que Cornelia está capturada por los caballeros Negros. Zero decide proponer a los países exiliados la formación de la Federación de Naciones Unidas para iniciar una guerra por la liberación, siendo la primera de ellas, Japón.

Leouch recurre a Suzaku en un intento por garantizar la seguridad de Nunally durante el asalto que la Orden de los Caballeros Negros planea hacer contra Tokyo. Sin embargo Schneizel intercepta la comunicación y usa la oportunidad para capturar a su hermano menor.

Creyendo que Suzaku ha traicionado por completo su amistad, Lelouch no tiene más opción que apoderarse de Nunally antes que se vea involucra en la batalla. Las cosas parecen marchar según sus planes hasta que Suzaku libera el FREIA, cuyo poder destructivo hace desaparecer la oficina de gobierno donde Nunally se encuentra.

Schneizel revela la verdadera identidad de Zero ante la Orden de los Caballeros Negros, además de su relación con el geass. Considerado traidor y devastado por la pérdida de Nunally, Lelouch está dispuesto a morir a manos de sus antiguos camaradas, pero Rolo hará hasta lo imposible por evitarlo.

Lelouch decide ponerle fin a los planes del Emperador por justicia de todos sus camaradas muertos y generando una rebelión el solo, mientras Suzaku decide promoverse como Knight of One asesinando al Emperador, con el respaldo de Schneizel, quien decide generar un Golpe de Estado al notar el desinterés de su padre.

Estando ya en el Mundo de C, el Emperador Charles y Marianne le cuentan toda la verdad a Lelouch sobre el asesinato de la reina a manos de V.V, la ceguera de Nunnally, el destierro de ambos y la finalidad de la espada de Akasha. No contento con el desinterés absoluto de sus padres, Lelouch, junto con C.C y Suzaku, rechazan los planes del Emperador utilizando al máximo su Geass sobre la conexión Ragnarok, borrando para siempre la existencia del Emperador y Marianne. Más adelante, el mundo entero se sorprende con la llegada del 99° Emperador, Lelouch Vi Britannia.

La modalidad de Lelouch como Emperador sorprende incluso a los Caballeros Negros. Ante esto, Lelouch decide unir a Britannia cona la Federación de Naciones Unidas en la Academia Ashford, todo esto a la fuerza. A su vez, Schneizel destruye la capital de Pendragon con su reciente fortaleza aérea Damocles, y revelando ante Lelouch y Suzaku, la supervivencia de la Gobernadora Nunally.

Nunally se muestra ante Lelouch y Suzaku. Schneizel dice que roba todo los misiles FREYA y que es el causante del atace a la ciudad imperial Pendragon, le dice a Cornelia que su objetivo es disparar los misiles a todos los lugares del mundo donde esten en conflicto. La Orden de los Caballeros Negros se une como aliado de Schneizel y comienza la batalla contra Lelouch a las afueras del monte Fuji donde Schneizel amenaza con disparar el FREYA y Lelouch usa a los representantes de las naciones incluyendo a Kaguya y a la emperatriz de la federación china como escudo. luego de que la batalla inicia Lelouch activa el sakuradite del monte fuji lo que causa que bolas de fuego salgan disparadas y caiga la mayoría de la fuerza militar de la orden de los caballeros negros y su nave insignia, al poco tiempo de esto Schneizel inicia el ataque con FREYA.

En medio de toda guerra, Lelouch combina su estrategia con las tácticas de Suzaku utilizando el neutralizador de FREYA para poder penetrar la fortaleza de Damocles. Tras atravesar el marco enemigo, Schneizel decide abandonar el Damocles dejando a Nunally como cebo. Mientras Suzaku libra una última batalla con Kallen, Lelouch derrota a Schneizel de forma definitiva, utilizando su Geass en él con el propósito de servir a Zero.

Se revela el plan completo de Lelouch, el cual fue elaborado para devolver la paz en el mundo entero.