Lelouch Lamperouge ritorna alla solita vita di studente svogliato e giocatore d'azzardo, mentre la sua memoria è stata cancellata e sostituita da falsi ricordi.

Lelouch recupera la memoria e torna a capo dell'Ordine dei Cavalieri Neri. Dopo aver assalito la Babel Tower, i Cavalieri subiscono l'attacco di un nuovo Frame.

Zero dichiara la nascita degli Stati Uniti del Giappone, ma Guilford minaccia di giustiziare tutti i Cavalieri neri se non raccoglie la sfida.

Lelouch ha due grossi problemi: deve sfuggire a Rolo, che intende ucciderlo, e deve trovare un modo per salvare i Cavalieri Neri da un'esecuzione pubblica.

Zero riconquista la fiducia dei Cavalieri. A scuola, il ritorno di Suzaku suscita grande interesse e il consiglio studentesco organizza una festa in suo onore.

Compiendo un attacco a sorpresa sul Pacifico, i Cavalieri Neri coprono le spalle a Zero che si è infiltrato al cospetto di Nunnally per rapirla.

Lelouch attraversa un momento di crisi. L'elezione di Nunnally a governatore generale dell'Area 11 è accompagnata da un'altra sconvolgente notizia che la riguarda.

La decisione di Zero di collaborare al progetto della Regione Speciale Giappone crea sconcerto nell'Ordine dei Cavalieri Neri. Lelouch si comporta in modo strano.

L'Ordine dei Cavalieri Neri è ora in Cina. La Federazione Cinese è ufficialmente retta da Lihua, la venerabile sovrana, che in realtà è manipolata dai Grandi Eunuchi.

Dopo che Zero rapisce Tianzi durante il matrimonio con il Principe Odysseus, inizia una lotta all'ultimo sangue tra l'Ordine dei Cavalieri Neri e Xing ke.

L'assedio nel mausoleo sembra volgere al peggio per Lelouch. Le forze cinesi e di Britannia sono schiaccianti. Tuttavia il ragazzo ha in mente un piano per rifarsi.

Grazie a un gioco romantico Lelouch e Shirley si trovano faccia a faccia. Il ragazzo deve anche fare i conti con le conseguenze degli equivoci creati coinvolgendo Sayoko.

Shirley ha recuperato la memoria. Adesso ricorda tutto quello che riguarda Lelouch. Per questo contatta Suzaku, con l'intenzione di smascherare Zero.

Dopo una tragica perdita, Lelouch è deciso a sradicare il Culto del Geass, a raderne al suolo l'organizzazione e a eliminare anche Rolo. Ma non tutto va secondo i piani.

Lelouch arriva alla resa dei conti con l'imperatore suo padre, affrontandolo in un mondo parallelo. È vicino all'obiettivo finale, ma una rivelazione lo sconvolge.

La nascente Federazione degli Stati Uniti fornirà a Lelouch mezzi e uomini per combattere Britannia ad armi pari, e l'imperatore sembra essere scomparso.

Lelouch, nel tentativo di salvare Nunnally, gioca la sua ultima disperata carta: si rivolge direttamente a Suzaku implorando il suo aiuto e umiliandosi.

La battaglia di Tokyo è arrivata al culmine. Lelouch e i Cavalieri Neri, aiutati anche da Jeremiah e Guilford, contrastano a stento Suzaku e altri Knight of Rounds.

Approfittando dell'assenza di Lelouch, in condizioni fisiche e psicologiche disastrose, Schneizel ottiene un incontro con i vertici dei Cavalieri Neri.

Marianne si rivela nella sua vera forma a C.C. e Zero viene dichiarato morto.

Dopo aver incastrato il padre, Lelouch è ormai prossimo a scoprire la verità sulla morte di sua madre, la quale d'improvviso si materializza davanti a lui.

Lelouch, ormai dichiarato imperatore, distrugge tutto ciò che fino a quel momento aveva rappresentato Britannia con il beneplacito di Suzaku.

Schneizel conduce la Damocles ad altissima quota in modo da minacciare ogni angolo del mondo con le testate FLEIJA. È pronto a un massacro pur di assicurare la pace.

Mentre i cavalieri neri riescono a penetrare nella Avalon e a mettere in salvo gli ostaggi, Lelouch irrompe nella Damocles.

Lelouch usa il Geass anche su Nunnally e ottiene la chiave della Damocles. Grazie a quella e alla FLEIJA raggiunge un potere che nessuno può contrastare.