Başka bir kimlikle yaşayan sürgündeki prens, milisler tarafından esir alınır. Ancak ona özel güçler veren bir kızın yardımıyla kaçar.

Lelouch, Shinjuku'da ortaya çıkan teröristlerden biri olan Kallen ile iletişime geçer ve onun Britanya ordusundan uzakta, güvenli bir yere ulaşmasını sağlar.

Lelouch annesinin ölümünü araştırır. Okulda ise sınıf arkadaşlarından birinin özel güçlere sahip olduğunu keşfeder. Suzaku cinayetten tutuklanır.

Fahri Britanyalıları ordudan atma bahanesi olarak Suzaku cinayetle suçlanır. Lelouch onun kaçmasına yardım eder ve onu asilere katılmaya ikna etmeye çalışır.

Yeşil saçlı kız Lelouch'un evine taşınır. Artık aklanmış olan Suzaku, Prenses Euphemia'ya Shinjuku şehrini gösterir. İkili burada bir cinayet girişimini önler.

Suzaku ve Lelouch, Britanyalı öğrencilerin ön yargılarıyla karşılaşır. Bir kedi paniğe neden olur. Lelouch'un babası prensin cenazesinde bir konuşma yapar.

Lelouch babasıyla sürgünden önceki son buluşmasını hatırlar. Cornelia, Zero'nun kimliğini ifşa etmek için tuzak kurduğunda Lelouch kendi ordusunu oluşturmaya karar verir.

Japon bir terörist grup bir oteli ele geçirip otelde kalanları rehin aldığında Lelouch bir kurtarma planı yapar ve Kara Şövalyeler'in kurulduğunu ilan eder.

Lelouch ve şövalyeleri, Cornelia ile ordusunun izini Cephe'nin genel merkezine kadar sürer. Kallen bir heyelanı tetiklemek için burada yeni Knightmare Frame'ini kullanır.

Kara Şövalyeler Narita'yı alınca Euphemia, Suzaku'ya Cornelia'yı kurtarmasını emreder. Bu, Lelouch'u üç taraflı bir savaşın ortasında bırakır.

Zero ve yakın çevresi, Japon yeraltı dünyasının önemli bir oyuncusuyla tanışır. Tokyo'da, Shirley Fenette, Zero'ya önemli bir savaş zayiatından bahseder.

Villetta, Shirley'den Lelouch'nun hareketlerini gizlice izlemesini ister. Lelouch bir gemiyi başarıyla patlatır ve ardından kendi olası mahvoluşuyla karşı karşıya kalır.

Lelouch, Shirley'yi Narita'ya kadar takip eder. Burada Villetta yaralı bir hâlde bulunur ve Shirley'nin Lelouch'a karşı yaptığı saldırının arkasındaki güç ortaya çıkar.

Villetta kısmi hafıza kaybı ile uyanır. C.C. Mao'nun akıl oyunlarına yenik düşünce Lelouch onun imdadına koşar ve güçlerinin onu esir almasına izin vermemeye yemin eder.

Milly müstakbel kocası ile buluşur. Mao, Nunnally'yi kaçırınca, Lelouch ve Suzaku onu kurtarmak için güçlerini birleştirir. C.C. Mao ile uğraşır.

Clovis anısına bir sanat müzesi açılır. Lelouch'un Lancelot ile savaşmak için tam zamanında yeni bir Kara Şövalye'yi ekibe alması şok etkisi yaratır.

Suzaku, Euphemia'nın şövalyesi olur. Lelouch, Suzaku'yu ve Lancelot'u yakalamak üzere harekete geçer, ancak bir Britanya savaş gemisi komutanının farklı planları vardır.

Gizli kimliklerin açığa çıktığı Kamine Adası'ndaki antik harabeler bir tuzak gizlemektedir. Çin Federasyonu sürgün edilen Japonların saldırı düzenlemesine yardım eder.

İstilacılar Britanya Ordusu'nun direnciyle karşılaşır. Nina istemeden Euphemia'yı destekler. C.C. ve Zero, Suzaku'ya yardım etmek için alelacele savaşa gider.

Ohgi, Villetta, Euphemia ve Kallen okul festivalinde kimliklerini gizler. Ancak kimliği ortaya çıkan Euphemia, önemli bir açıklama yapar.

Lelouch güçlerinin kontrolünü kaybedip Euphemia'yı akla hayale gelmeyecek bir katliama yönlendirince Japonya'nın geleceğine dair tartışmalar karmakarışık bir hâl alır.

Euphemia hayatta kalmaya çalışırken Geass'ı püskürtmeye çabalar. Zero yeni bir ulus yaratma planını açıklar ve bir devrim başlar.

Suzaku tarafından kovulan Kara Şövalyeler'in merkezi Ashford Akademisi olur. Villetta'nın hafızası geri gelir ve Lelouch, Cornelia ile yüzleşir.

Lelouch annesinin öldürülmesiyle ilgili olarak Cornelia'nın bildiklerini öğrenir. Lelouch Nunnally'yi kurtarmak için Kamina Adası'na gidip Suzaku'yla son kez karşılaşır.