황족 신분을 숨기고 평범한 학생으로 살아온 를르슈. 원치 않게 테러리스트와 브리타니아군의 전투에 휘말려 죽을 위기에 처한 순간, 한 소녀로부터 특별한 힘을 이어받는다.

를르슈는 특별한 힘을 이용해 로봇 병기를 탈취한다. 테러리스트를 지휘하여 브리타니아군의 포위망을 뚫으려던 그, 승리를 확신한 순간 예상치 못한 복병을 만나게 된다.

어머니 죽음의 배후를 캐기 시작한 를르슈. 그는 학교에 새로 등장한 카렌의 정체와 자신의 특별한 힘을 제대로 쓰는 법을 알게 된다. 한편 스자쿠는 살해 용의자로 체포된다.

브리타니아군은 스자쿠를 빌미로 명예 브리타니아인 제도 폐지를 주장한다. 결국 스자쿠는 법정으로 호송되고. 하지만 얼굴 없는 존재, 제로가 호송 차량 앞을 막아서는데.

를르슈 집에 눌러앉은 녹색 머리의 소녀. 대체 그녀의 정체는. 법정에서 석방된 스자쿠는 하늘에서 떨어진 여인과 신주쿠를 둘러보다 브리타니아군 순혈파의 싸움에 개입한다.

브리타니아인 학교에 입학한 스자쿠. 그러나 일레븐 출신인 그를 보는 시선이 곱지만은 않다. 가면을 뒤집어쓰고 출몰하는 고양이로 인해 교내에서 한바탕 소란이 벌어진다.

를르슈는 추방되기 전 황제를 마지막으로 알현한 일을 회상한다. 제로를 도발하기 위해 덫을 놓은 코넬리어. 를르슈는 총독의 도발에, 기꺼이 덫의 한가운데로 돌진하는데.

호텔을 점거하여 인질극을 벌인 테러리스트. 를르슈는 흑의 기사단을 조직하여 인질 구출 작전을 감행한다. 이번엔 브리타니아군과 손을 잡다니. 그의 진짜 의도는 무엇인가.

과거를 그리워하는 일본인 사이에 마약이 급속도로 퍼진다. 순식간에 영웅이 된 흑의 기사단은 마약 조직 소탕 작전을 펼치고, 그 와중에 카렌의 복잡한 가정사가 드러난다.

테러리스트 본거지로 진격하는 코넬리어와 브리타니아군. 카렌은 로봇 병기로 산사태를 일으키고, 산 정상에 매복해 있던 를르슈와 흑의 기사단은 기습 공격을 시작한다.

코넬리어 총독을 일제히 노리는 를르슈와 테러리스트. 흑의 기사단이 나리타를 점령하자, 유페미아 부총독은 코넬리어를 무사히 빼내기 위해 스자쿠의 출격을 허락한다.

제로는 간부들과 함께 일본 지하조직의 대표를 만난다. 이들은 제로에게 가면을 벗어 정체를 밝히라고 요구하는데. 한편 셜리는 제로 때문에 소중한 사람을 잃고 만다.

전쟁에 휘말려 희생된 무고한 사람을 보며, 를르슈와 카렌은 이대로 싸움을 계속해나가도 좋을지 혼란스러워한다. 를르슈를 의심하게 된 셜리는 몰래 그의 동태를 살핀다.

셜리를 찾기 위해 나리타로 간 를르슈. 그곳에서 만난 의문의 남자를 따라, 셜리가 있다는 곳으로 이동하는데. 비범한 능력을 지닌 이 남자의 정체는? 그리고 목적은?

일상으로 돌아온 셜리는 여전히 아무것도 기억하지 못하는 것 같다. 한편 를르슈는 필사적으로 마오의 행방을 수소문하고, C.C.는 를르슈를 뒤로하고 마오에게로 향하는데.

나나리가 위험하다! 를르슈와 스자쿠는 납치된 나나리를 구하기 위해 협공 작전을 펼친다. 여동생의 목숨이 걸린 한판 승부, 를르슈는 뜻하지 않게 스자쿠의 비밀을 듣는다.

유페미아는 클로비스 기념 미술관 준공식에서 예정에 없던 중대 발표를 한다. 나나리를 지켜줄 기사로 스자쿠를 맘에 뒀던 를르슈. 그의 정체를 알고 큰 충격에 빠지는데.

스자쿠는 유페미아 부총독의 수행 기사로 임명된다. 스자쿠와 그의 로봇을 포획할 작전을 세우는 제로와 흑의 기사단. 그러나 디트하르트는 포획이 아닌, 암살을 제안하는데.

이름 모를 섬에 흘러들어오게 된 카렌과 제로. 그곳에서 다른 조난자들과 마주치고, 그들에게 정체를 들키고 마는데. 더 늦기 전에, 어떻게든 이 섬에서 탈출해야 한다!

군 기지를 점거한 반체제 조직은 일본의 재건을 선언한다. 브리타니아군은 란슬롯을 앞세워 역공을 준비하고, C.C.와 제로는 위기에 처한 스자쿠에게 도움의 손길을 내민다.

변장을 하고 학교 축제에 참석한 유페미아. 그러나 정체가 들통나자 제로와 흑의 기사단의 존속을 위협하는 중대한 발표를 한다. 이럴 수가. 애송이 부총독에게 한 방 먹다니!

사경을 헤매며 기어스에 저항하는 유페미아. 제로는 분노한 민중의 지지를 등에 업고 건국을 선포한다. 드디어 브리타니아를 무너뜨릴 기회가 왔다. 반란군은 모두 진격하라!

흑의 기사단은 학교를 점거해 사령부로 사용한다. 분노에 사로잡힌 스자쿠와 코넬리어는 제로를 쓰러뜨리기 위해 혈안이 된다. 한편 빌레타는 잃었던 기억을 되찾는다.

를르슈는 코넬리어를 이용해 어머니의 죽음과 관련된 진실을 캐낸다. 납치된 나나리를 구하기 위해 가미네섬으로 날아간 를르슈. 스자쿠와 목숨을 건 최후의 결전을 벌이는데.