Через сім років після окупації Японії Священною Британською Імперією, Лелуш Ламперуж випадково опиняється в сутичці між терористами одинадцятих та армією і волею долі зустрічає загадкову дівчинку, яка рятує його від смерті, давши «Силу Короля».

Лелуш атакує британську армію в гетто для японців - Синдзюку, надавши групі повстанців декілька Нічних Кошмарів і стратегічну підтримку, через чого принцові Кловісу довелося віддати наказ про використання експериментального НК «Ланселот», який пілотувався Судзаку. Ланселот був набагато більш просунутою моделлю НК в порівнянні з попередніми поколіннями, і Лелушу довелося змінити свій план.

Перш ніж вбити Кловіса, Лелуш питає його, хто вбив його матір. Пізніше він виявляє що Каллен, одна з терористів, яким він допоміг битися проти Імперії, вчиться в Академії Ашфорд.

Пурісти Британської Армії звинувачують Судзаку у вбивстві Кловіса. Лелуш придумує план порятунку Судзаку, друга дитинства, за допомогою Каллен та Оуши, лідера повстанської групи. Назвавши себе публічно як Зеро, Лелуш оголошує що саме він вбив принца Кловіса.

До великого здивування Лелуша, С.С. вижила і знову знайшла його. В той же час звільнений Судзаку зустрічає третю принцесу Імперії Юфемію, тоді як друга принцеса Імперії, Корнелія, приїжджає до Японії щоб знайти і захопити Зеро, який був оголошений ворогом Імперії номер один.

Судзаку починає своє навчання в Академії Ашфорд і стикається з презирством Студентів-Британців. Корнелія продовжує своє полювання на Зеро. Бродячий кіт проникає в резиденцію Ламперуж і випадково надягає маску Зеро. Імператор Британії виголошує промову під час похоронів принца Кловіса.

Генерал Губернатор Корнелія створює таку ж ситуацію як і в Сіндзюку з метою виманити Зеро. Лелуш приймає виклик, С.С. пробує зупинити його. План Зеро не спрацьовує, повстанці знищені, особа Лелуша не розкрита тільки завдяки С.С., яка з'явилася в одязі Зеро.

Повстанці отримують новий величезний трейлер, який стає їх базою. Повстанці з організації «Японський Визвольний Фронт» захоплюють готель, в якому знаходяться члени Студентської ради і принцеса Юфемія. Зеро рятує заручників, і робить заяву про створення Ордера Чорних Лицарів.

Оповідання ведеться від імені Каллен. Епізод розповідає про її взаємини з матір'ю і операцію Чорних Лицарів по знищенню складу наркотиків «Рефрен».

Ордер отримує дарунок від організації «Кіото» у вигляді нових Нічних Кошмарів. На гірському ланцюзі Наріта відбувається битва між «Японським Визвольним Фронтом» і армією Британії. Орден допомагає японцям, створивши величезний обвал.

Ланселот вступає в бій. НК Корнелії сильно пошкоджений, вона віддає наказ про відступ. Ланселот збирається знищити Зеро. С.С. використовує свою силу для порятунку Зеро. Випадково Зеро дізнається хто така С.С. і її справжнє ім'я.

Ширлі запрошує Лелуша на концерт, починається пошук загиблих у гірського ланцюга Наріта після обвалу. «Кіото» запрошують Орден до себе.

Ширлі ховає батька, Лелуш шкодує про свої вчинки. Корнелія атакує залишки «Японського Визвольного Фронту» на пірсі. Битва між Ордером та армією Корнелії. Ширлі дізнається хто насправді Зеро, трохи не вбивши його з пістолета.

Ордер відступає. Зеро дізнається, що його обличчя бачили двоє: той хто стріляв і підстрілений. Ширлі зустрічається з Мао, який використовує на ній свій Гіасс. Лелуш дізнається, що його бачила Ширлі і що вона стріляла у Вілетту. С.С. допомагає Лелушу проти Мао. Лелуш використовує свій Гіасс на Ширлі для того, щоб вона все забула про нього і Зеро.

Оги знаходить поранену Вілетту, яка втратила пам'ять. Мао влаштовує пастку С.С. у парку. Лелуш рятує її і при цьому нацьковує на Мао поліцію.

Мао вижив, і викрав Наналлі. Судзаку випадково дізнається про це, і намагається допомогти другу. Лелуш використовує на собі гіасс, щоб ввести Мао в оману. Але після цього Лелуш дізнається, що Судзаку вбив свого батька. Він використовує гіасс на Мао, після чого, С.С. вбиває його.

Зеро штурмує в'язницю де ув'язнений генерал Тодо і рятує його. Також він дізнається хто управляє НК Ланселот. Принцеса Юфемія вибирає Судзаку своїм лицарем.

Лелуш, Судзаку, Юфемія та Каллен виявляються на безлюдному острові парами. Юфі здогадується, що Зеро це Лелуш, і просить його зняти маску. Судзаку дізнається, що Каллен працює на Зеро. Лелуш та Каллен викрадають потужний Нічний Кошмар, і втікають з острова.

Судзаку відмовляється від свого титулу. Китайська федерація захоплює базу Фукуока, під приводом відновлення незалежності Японії, НК Лансерот оснащують модулем польотів. Зеро бере участь в битві, але б'ється на стороні Британії разом з Судзаку. Судзаку знову стає лицарем.

У Академія Ашфорд розпочався фестиваль на якому присутні Огі з Вілеттою, Каллен та Судзаку, а також принцеса Юфемія яка випадково зустрічається Наналлі. Принцеса робить заяву про те, що вона хоче створити Особливий Адміністративний Регіон Японія.

У ордері Чорних Лицарів намічається розкол через створення Особливого Адміністративного Регіону Японії. Принцеса Юфемія запрошує Зеро на церемонію із цього приводу. Зеро прибув, і випадково використовував свій Гіасс, який вийшов з-під його контролю, та віддав команду принцесі - «Вбити японців». Після цього на місці церемонії починається бійня.

Судзаку повертається в Авалон із смертельно пораненою Юфемієй, яку підстрілив Зеро. Зеро анонсує утворення Сполучених Штатів Японії. Він жалкує про свої дії і С.С. утішає його. Вся Зона 11 повстає проти Британії. Наступаючи зі своєю армією, Зеро розпалює конфлікт ще більше.

Починається штурм Токійкого Поселення. Британська армія з останніх сил обороняє будівлю уряду. Орден Чорних Лицарів за наказом Зеро організовує штаб в академії Ашфорд. Каллен розкриває свою особу перед однокурсниками, щоб уникнути крові. Справжньою метою цього захоплення був захист Наналлі, але сестра Лелуша таємничо зникає. Огі важко поранений Вілеттою.

Принцеса Корнелія дізнається, що за маскою Зеро ховається її брат. Лелуш використовує на ній гіасс, і дізнається, що матір сама відкликала охорону в день своєї смерті. Після цього, С.С. говорить йому, що Наналлі викрали. Але в цей час з'являється Джеремія і ситуація остаточно виходить з під контролю. Орден практично розбитий, повстання на межі краху. Дітхарт та Ракшата тікають. Полковник Тодо наказує стояти до останньої людини, але шансів немає. Лелуш та С.С. відправляються на острів Камінедзіма. Там за словами С.С. знаходиться Наналлі. В цей час туди ж направляються Каллен та Судзаку. Джеремія знову очікує Зеро на острові, і цього разу С.С, сама узялася за нього. Коли Лелуш опиняється усередині острова, Судзаку прострілює його шолом, і бачить обличчя товариша. Те ж саме бачить і Каллен. Лелуш намагається зупинити Судзаку, але це йому невдається. С.С. філософствує щодо природи людей, спускаючись на дно океану усередині свого Нічного Кошмару.