도쿄 익스플로전이 있던 밤 러시아 시베리아 평원에서 파브리첸코 박사와 쌍둥이들은 운석을 맞는다. 2년 후 어느 날 친구 타냐와 학교 생활을 즐기던 스오우 근처에서 갑자기 이변이 일어난다. 계약자들, 그리고 『 검은 사신 』이라 불리운 사나이 BK201이 시베리아에 나타난 것이다.그러나 모든 것은 앞으로 일어날 더 큰 변화의 전조에 불과했다.

파블리첸코 박사 연구소를 둘러싸고 각종 첩보기관의 계약자들이 수오우 일가족을 덮쳤다. 아버지는 죽고 홀로 도망친 스오우였지만, ME(기억조작기)에 의해 동료들의 기억은 지워지고 고독하게 도망쳐 헤맨다. 그러나 기억을 잃기전에 도망친 니카와 스오우는 시온과 유성핵을 빼앗기 위해 연구소에 찾아온 헤이를 들추어내는 결의를 한다. 그리고 니카도 행방불명된 연인 타냐를 찾기 시작하는데...

헤이에 의해 은신처에 감금된 스오우는, 냉혹한 처사를 계속 견디고 있었다. 한편, 타냐를 찾아내 기뻐하는 니카였지만, 모르는 사이에 교묘한 함정의 장기말로서 이용되어 버린다. 첩보기관에 쫓겨 러시아를 빠져나가려던 헤이와 스오우 앞에 예전과 다름없는 모습으로 옛 친구들이 나타났다.그러나 그 재회는 스오우에게 두번 다시 보고 싶지 않은 처참한 광경을 다시 목격하게 한다.

러시아를 떠난 스오우는 일본으로 건너갔다. 겨우겨우 도착한 곳은, 천국전쟁의 상처가 남은 거리, 삿포로. 그 곳에서 스오우는, 노리오라는 소년을 만난다. 살아있는 실감 같은 것을 스오우에게 느껴 반해 버린 노리오는 그녀를 집요하게 쫓아다닌다. 도망가는 스오우는, 외로운 부잣집 마마 레바논의 도움을 받아...

키리하라 미사키는, 이상한 쌍둥이와 있는 마담에게 "미타카 문서"의 존재를 들었다. 그 키워드는 "이자나미". 그리고 미사키는 삼호 기관에서 암호 이름"이자나미"의 지령을 받는다. 스오우는, 첩보 기관에 은신처가 걸려 버려, 물을 자유롭게 조종하는 계약자 미치루에게 습격당한다. 하지만, 미치루는 노리오가 어렸을 적부터 계속 기다리고 있던 사람... 그 때 스오우에게 첫 의뢰가 왔다. 이는 항구에서 수송되는 어떤 물질을 파괴하라는 것.

홋카이도에서 혼슈에 건너는 모든 교통 기관에 공안의 손길이 뻗치고 있었다. 심부름꾼을 접촉하여 안내를 받지만, 심부름가게는 또 다른 암거래가 있고...그리고 수오우의 앞에 또 다른 계약자가 덮친다.

카시오페아의 차내, 스오우는 타냐를 재회한다. 두 사람의 결말을 지을 때가 다가왔다... 폭탄이 장착된 카시오페아 승객의 생명을 인질로 삼아 레프닌은 헤이에게 거래를 재촉한다.

도쿄에 도착한 스오우. 카메라맨이었던 어머니 사진집을 손에 들고, 도시 곳곳에 남겨진 발자취를 더듬는다. 마침내 게이트 근처에 있는 어머니의 아파트를 찾는데...

스오우는 어머니가 한 말에서 과거에 숨겨진 비밀을 알게 된다. 충격을 받은 그의 작은 몸은 떨렸다. 그러나, 유일한 마음의 근거인 헤이는 자취를 감춘 채...예언한 미래가 다가오고 있었다.

여행의 종착점인 수족관에 도착했던 스오우. 거기서, 보았던 것과는... 그리고 헤이는 과거의 깊은 상처와 마주보는 결의를 한다. 미타카 문서에 적힌 '미래의 기억'의 최종단계가 시작되려 하고 있었다.

게이트 내에서 무엇이 일어나고 있는가? 헤이는 인을 찾을 수 있는가? 시온을 발견한 스오우는?