도쿄 신쥬쿠, 루이라는 한 명의 계약자가 살해되었다. 수사 선상에 떠오르는 또 다른 계약자, 암호명 BK-201. 그의 이름은 헤이. 감정이 없는 듯 냉철하게 임무를 수행하는 에이전트다. 살해된 루이, 그리고 헤이가 쫓고 있던 것은 게이트 안에 관한 어떤 정보였다. 경시청 공안부 수사원은, 루이에게 정보를 흘렸다고 생각되는 시노다 치아키라고 하는 여성을 쫓는다. 루이의 동료인 계약자들, 그리고 공안에 쫓긴 치아키를 헤이가 구한다.

게이트의 기밀에 종사하는 연구원이었던 치아키는, 기밀 정보를 훔쳐 행방을 감추고 있었다. 그녀의 부모가 게이트의 기밀에 종사하는 연구원이었던 치아키는 기밀정보를 훔쳐 행방을 감추고 있었다. 그녀의 부모는 계약자에 의해 살해되었다고 한다. 이후 말소되어야 할 기억을 가진채 그녀는 계약자가 발하는 힘에 매료되어 갔다. 헤이의 임무는 두 가지. 치아키가 가진 정보를 빼앗아라. 그리고 그의 존재를 지우는 것이었다. 정보를 지키기 위해, 추적자로부터 그녀를 숨겨 도주하는 헤이. 하지만, 치아키는 연인의 루이를 죽인게 헤이라는것을 알고, 그에게 총구를 겨누다.

도내의 한 공장에 잠복한 헤이 타겟은 공장의 상담역, 타하라 코조. 게이트 내 제일차 조사단의 생존인 그의 연구 자료가 목적이었다. 헤이와는 별도로 타와라를 노리고 계약자가 나타난다. 그런 줄도 모르고 딸의 관한 사건에 골머리를 앓는 타하라. 딸에 방화 혐의가 걸려 있다는 것이다. 평소 대화를 하지 않는 부자. 딸은 아버지에 대해 고집스럽게 마음을 닫고 있다. 감시역을 가장해 딸에 접근하는 헤이. 그녀는 헤이에게 붕대로 가린 손목의 비밀을 보여준다.

계약자로서의 능력을 발아시킨 마이. 하지만, 그 능력을 제어할 수 없다. 눈앞에 있는 것이, 차례차례 불길에 휩싸여 간다. 타하라는 게이트 내 제 일차 조사 때 특수 능력을 봉할 수 있는 어떤 물질을 발견하였고 그것을 가지고 돌아갔다. 타하라로부터 연구 자료를 빼앗기 위해, 마이를 인질로 잡는 계약자. 타와라는 딸을 되찾고 과거에 심은 죄의 싹을 스스로 자르려고 한다. 그 행동에 헤이는...…

사상 최저 최악이라고 일컬어지는 계약자가 포획되었다. 그녀의 이름은 하벅. 5년 전 남미의 헤븐즈 게이트 소실 때 계약자로서 능력을 잃었다고 한다. 경시청 공안부 키리하라는 계약자 노벰버 11과 함께 하벅을 게이트 내 정보 연구 기관"판도라"로 이송한다. 거기에, 헤이가 출현했다. 이송차량을 덮쳐, 허벅을 데리고 가다. 5년 만에 재회를 한 헤이와 하벅. 둘 다 헤븐즈 게이트 소실 사건을 당한 것이다.

헤븐즈 게이트가 소실될 때 헤이의 여동생은 자취를 감췄다. 여동생의 행방을 잡기 위해 하벅으로부터 사건에 관한 정보를 꺼내려고 하는 헤이. 하지만 하복은 당시의 기억을 잃어버렸다. 헬즈게이트에 가면 능력과 함께 기억을 되찾을 수 있을지도 모른다고 하벅은 말한다. 그러나 그것은 안식의 나날과의 결별을 의미하고 있었다. 헤이는 하벅을 데리고 헬즈 게이트로 향하는데...…. 거기에 하벅을 쫓고 있던 노벰버 11이 나타난다.

도내, 외로운 빌딩의 사무실에서 탐정업을 영위하는 쿠라자와 가이. 그의 곁으로, 치자 냄새를 몸에 걸친 아름다운 과부 유즈키 아리사가 나타난다. 그녀는 죽은 남편이 아끼던 검은 고양이 수색을 의뢰하러 왔었다. 하지만, 쿠라사와는 그 의뢰의 배후에 다른 사건이 관련되어 있는 것은 아닌가 하고 의심한다. 아리사의 망부가 일하고 있던 회사에서는, 사원의 연속 자살이 일어나고 있었던 것이다. 아리사의 저택으로 간 쿠라사와는 그곳에서 헤이를 만난다. 헤이는 한 계약자를 쫓고 있었다.

검은 고양이를 찾기 위해, 유즈키의 전처가 사는 저택에 잠입하는 쿠라자와. 거기서, 전처의 백골 사체를 발견한다. 쿠라사와 안에서 아리사를 의심하는 마음은 강해져, 자신의 뒤를 쫓고 노리는 계약자의 그림자를 눈치채지 못한다. 쿠라사와 앞에 모습을 드러낸 계약자. 사람으로부터 사람에게 빙의하는 능력에 의해, 쿠라사와는 몸을 빼앗겨 버린다. 고양이에게 신세를 진 계약자 마오와 함께 위기에 빠지지만, 거기에 헤이가 나타난다. 슬픈 계약자의 정체, 그리고 아리사가 품은 마음이란....

마피아의 간부가 차례로 살해되는 사건이 발생했다. 수사 선상에 VI-952로 불리는 계약자의 이름이 떠오른다. 마피아가 경영하는 호텔로 향하는 경시청 공안부의 키리하라 미사키. 그녀는 그곳에서 친구 앨리스와 재회한다. 앨리스는 마피아의 보스, 왕소당의 딸. 이날은 호텔에서 앨리스의 생일 모임이 열린다고 한다. 모임에 참석한 미소에 앨리스는 속삭인다. VI-952의 정체를 가르치겠다고. 하지만 신기한 꽃들이 만발한 온실에서 앨리스는 미소에 총구를 겨누고...…

호텔의 온실에 누워계신 앨리스의 아버지, 왕소당의 유해 앨리스는 모든 구속을 지워 자유를 얻고자 했다. 마피아의 구성원인 웨이는 앨리스와 결탁해 간부를 살해한다. 피로 물들어 가는 호텔 앨리스에게 목숨을 노려지고 있던 미사키는, 신세를 진 헤이와 함께 도주한다. 하지만, 모든 출구는 닫혀 도망갈 곳은 없다. 미사키는 필사적으로 탈출을 시도하지만...…

게이트를 둘러싼 벽의 주변에 있는 연구 시설. 흑은 그 내부에 잠입한다. "유성의 조각"이라고 불리는 게이트내 물질을 꺼내는 것이 목적이었다. 모든 물리법칙에 일그러짐이 생긴다는 게이트 안. 거기서 사람은 잃은 것을 되찾을 수 있다고 한다. 게이트의 영향을 크게 받는 연구시설에 있어서 일까. 헤이와 함께 입소한 카리나라는 여성은, 정신 불안정한 상태가 되어 간다. 그리고 시신으로 발견된 카리나. 용의자로서 헤이가 구속되다.

게이트내, 유성의 조각의 위치가 판명되었다. 연구원들이 회수에 가지만, 원인 불명의 트러블에 휘말린다. 유일하게 살아남아 돌아온 닉에게 연구원 미나는 의심의 눈길을 보낸다. 닉이 계약자가 아니냐는 것이다. 진짜 하늘을 되찾고 싶다고 꿈을 이야기한 닉. 하지만 계약자는 꿈을 꾸지 않는다. 닉이 말한 것은 모두 거짓일까. 닉을 쫓아, 유성의 조각을 탈취하려고 하는 헤이. 그때 유성의 조각이 눈부신 빛을 발한다.

쿠라사와 탐정사무소에 커스티넨이라는 피아니스트가 나타난다. 그는 10년 전에 피아노를 가르친 맹목의 소녀의 행방을 찾고 있었다. 소녀의 이름은 키르시. 검은 조직에 소속된 돌, 인의 이름이다. 그 무렵, 조직도 인의 행방을 찾고 있었다. 이자크와 벨타라는 계약자가 인의 관측령을 포획하여, 그녀를 자신들에게 끌어들이려 했던 것이다. 인을 쫓는 헤이에게 명령이 떨어졌다. 조직의 비밀을 누설하기 전에 인을 죽여야 하는 것이다...

이자크와 벨타, 두 계약자의 눈 밖에 난 인. 피아니스트 커스티넨은 인과 함께 산중에 있는 폐교에 몸을 숨긴다. 그 폐교에서 인은 피아노를 연주하면서 10년 전의 일을 생각한다. 보름달이 내뿜는 은빛 그 빛을 받은 부모님의 추억. 그리고, 자신이 저지른 죄의 기억도...…거기에 나타난 이자크들 계약자에게 인이 넘어가기 전에, 헤이는 인의 입을 막아야 했다. 인을 잡는 총구 하지만, 그때, 인의 몸에 이변이 일어난다.

태양에 대흑반이라고 불리는 흑점이 출현했다. 그것은 5년 전 남미의 게이트 소실시와 같은 현상이었다. 때를 같이하고, 연속 폭파 사건이 발생. 영국 비밀 정보부, MI6의 전 첩보원에서 페브러리로 불리는 계약자가 주모자라고 한다. 그녀의 별명은 앰버. 헤이와 남미 시대의 동료였다. MI6첩보원의 노벰버11은 "유성의 조각"을 빼앗아간 앰버를 쫓고, 공범 마키라는 어린 계약자를 잡으려 한다. 헤이 또한 그녀의 행방을 찾지만...…。

노벰버11은 마키에게 잡혀 동료가 되도록 요구된다. 앰버를 중심으로 한 이들은 도쿄에서 남미와 같은 참사를 일으키려 하고 있었다. 그 무렵 헤이와 재회하기 위해 엠버는 인을 인질로 잡고 있었다. 나타난 헤이에게 마키는 질투심을 물리치고 덮친다. 거기에 궁지를 벗어난 노벰버11도 나타나 불꽃과 얼음이 부딪친다!

연쇄 폭파사건을 일으킨 이브닝 프림 로즈라는 조직의 존재가 밝혀진다. 조직의 중심 인물은 계약자 앰버. 경시청 공안부 미사키는 조직과 계약자 BK201을 쫓는다. 그 때, 헤이는 룸싸롱 아르바이트를 하고 있었다. 야쿠자 조직원으로 히토츠바시라고 하는 남자가, 돌을 손에 넣고 팔아 치우려고 하고 있던 것이다. 하지만, 헤이의 신세를 진 사제 켄지가 그녀에게 사랑에 빠져린다. 돌과 함께 도망치기 위해 켄지는 헤이에게 도움을 청한다.

감정을 드러내지 않고 말을 꺼내지도 않는 돌. 켄지는 감정을 모르는 돌 때문에, 조직을 배반하고 도망쳤다. 돌이 중요한 자금원이던 히토츠바시는 켄지를 찾아내 죽이도록 조직원에게 명령한다. 그 무렵 미사키는 신주쿠에서 BK201와 유사한 남자를 목격한다. 그것은 돌 때문에 쇼핑을 하던 헤이였다. 그 등에 처음으로 미사키는 의심의 눈을 향한다. 헤이의 협력을 받아 드디어 결사의 도피행렬에 나서는 켄지와 돌. 하지만, 거기에 한 명의 동료가 나타난다.

어느 신흥 종교의 교주를 말살하도록 헤이에게 지령이 내려진다. 헤이를 안내하는 것은 계약자 시호코. 황은 그 임무에 평정을 잃는다. 시호코는 그가 예전에 사랑했던 여성, 그리고 미워해야 할 존재였다. 공안경부 였을 때, 시호코의 손에 동료 이소자키라는 남자의 목숨을 빼앗긴 것이다. 이소자키의 아내, 시즈카는 기억을 지워졌지만, 황은 기억을 그대로 유지한 채였다. 교단 본부에 잠입하는 헤이. 하지만, 시호코가 이브닝프림 로즈의 아마기리라고 하는 계약자에 의해서 잡혀 버린다.

교단 본부로 다시 잠입하는 헤이와 황. 감금된 시호코로부터 교주의 거처를 알아내는 헤이. 옛 애인과 7년 만의 상봉을 이룬 황은 동료를 살해하게 된 경위를 조사한다. 이브닝프림로즈의 아마기리는 앰버의 명을 받아 나타난 헤이와 대치한다. 그리고, 교주는 헤이에게 말한다. 계약자와 인간의 차이점이 무엇인지. 그 물음에 헤이는...…그때 황은 조직의 명령에 따라 시호코에게 총을 들이대다.

판도라에 숨어 있던 헬즈게이트의 연구자 슈뢰더 박사가 유괴됐다. 미국 대사관이 관련되어 있다고 MI6의 노벰버11에게서 정보를 얻은 미사키. 경계를 강화하지만, 대사관내 폭발사건 발생 그 혼란을 틈타, 내부에 잠입하는 노벰버11. 미사키가 쫓는다. 대사관내, 먼저 잠입한 헤이를 이브닝프림로즈의 계약자가 막는다. 그건 헤이가 잘 아는 자였어. 헤이는 싸움을 걸지만...…

노벰버11의 실종으로 MI6에게 조사를 받는 미사키. 그 때, 엠버에게 붙잡혔던 마오, 그리고 노벰버11은 충격적인 사실을 알게 된다. 남미가 소실된 이유, 박사의 연구 내용. 그리고, 마오나 헤이가 소속된 "조직"의 수수께끼. 이브닝프림로즈는 어떤 목적을 위해, 도쿄를 소실시키려 하고 있었다. 마오를 따라 엠버와 재회를 이루는 헤이. 그때 주변이 눈부신 빛에 휩싸여...…

게이트 출현과 함께 출현한 가짜 별들. 사람들 사이에서 하룻밤만 진짜 별이 돌아온다는 소문이 돈다. 그 무렵, 대사관 폭파 사건을 염려하고 있던 미사키는 헤이와 조우. 옛 별이 다시 돌아온다는 소문 때문에 밤늦도록 시간을 함께 한다. 하지만, 위기는 눈앞에 닥치고 있었다. 이미 이 때, 이브닝프림로즈의 앰버에 의해, 도쿄 소실계획이 실행에 옮겨지려 했던 것이다. 그런 줄도 모르고 사람들은 옛 별을 대망하며 밤하늘을 올려다본다. 그리고 미사키와 헤어진 헤이 아래에는 황이 달려온다. 조직이 그들을 저버렸다는 것이다.

'조직'의 추격자에서 헤이와 달아난 황. 헤이는 계약자 웨이와 함께, 엠버가 기다리는 게이트에 안내된다. 지하철 안으로 침입하다. 그 무렵, 미사키는 슈뢰더 박사의 아래에서 진상을 알게된다. 이브닝프림로즈가 도쿄 소실을 노리는 이유. 그리고 헤이가 소속된 "조직"의 정체...…게이트 안에는 다수의 계약자가 모여, 스스로의 생존을 위한 싸움을 펼친다. 하늘에 무수한 별이 흐르는 가운데, 마침내 헤이가 게이트 안으로 들어가다.

앰버를 만난 후, 헤이는 상식적인 지식에 반하여 계약자들은 합리적인 것으로 생각했던 것보다 더 인간적으로 될 수 있다는 것을 알게 된다. 계약자들과 인간들 사이에서 자신의 위치를 깨닫고, 헤이는 두 사람을 위해 결정적인 선택을 해야 한다. 성문 안에 있던 옛 동료들에게 마지막 작별을 고하고, 그의 등뒤에서 그들의 지지를 받으며, 헤이의 결정은 세계를 위한 새로운 미래를 가져다 준다.