东京新宿，一位名叫路易的契约者被杀，搜查线上出现了另一个契约者 黑，警视厅公安部的搜查员为了调查这起事件，开始对一名叫筱田千晶的人进行追捕。另一方面，搬到了海月庄居住的留学生李舜生，在机缘巧合之下，救下了住在自己隔壁的筱田千晶。

　　掌握机密情报的筱田千晶，隐藏了情报的下落。化名李舜生的黑为了获取她的情报与她接近，得知她的父母被契约者所杀害，千晶被约翰等人杀害后，变成doll与黑相处，在最后得知是黑杀害了路易的千晶，把枪口指向。

　　在东京城内的一家工厂潜伏的黑，目标是工厂内的顾问田原耕造，是门内调查队的唯一幸存者。因纵火事件的嫌疑而烦恼父亲的舞，与平时不怎么交谈的父亲相处并不是很好，第二天遇到了伪装成监视人的黑接近了舞，并舞将手腕上绷带隐藏的内容给黑看。

　　控制不了契约者能力的舞，属于延期偿还者，会将眼前的东西放火燃烧，在田原第一次调查中，发现了一种能封住契约者能力的物质。为了夺走田原研究资料的契约者将舞作为人质，黑和田原前来救舞时，舞在目睹父亲之死后恢复成为契约者。

　　五年前，被称为史上最恶劣的契约者之一的哈沃克，在天国战争中，能力消失了，被MI6抓获，准备移送到潘多拉。移送途中遇到了黑，哈沃克被黑等人带走，时隔五年，黑和哈沃克再次相见。

　　地狱门消失之时，黑的妹妹失踪了，为了追查妹妹的行踪，黑带着哈沃克前往门，接近门的哈沃克能力渐渐恢复，在那里遇到了追踪哈沃克的November 11等人，战斗一触即发。

　　私家侦探久良泽凯，在一次接受委托人的寻找猫的委托中，发现了委托人与之前化妆品公司自杀跳楼事件有所关联，在调查途中却遇到了在那里打工的黑和另一个契约者。

　　为了寻找黑猫，发现了前女主人死亡的尸体的久良泽凯，事件再次扑朔迷离，纠结不已的久良泽凯，却在大街上遇到了白天咖啡馆的契约者，随即交战，就在这时黑出现了。

　　黑社会青龙头干部的成员不断被杀害，搜查线编号为VI-952的契约者浮出水面，警视厅公安部的雾原未咲，与王少棠的女儿、曾经的朋友艾丽丝再会，两人换上礼服出席艾丽丝的生日会。艾丽丝也将VI-952的真身渐渐告诉未咲。

　　曾经的同学，如今却要兵戎相见，在艾丽丝告诉了事情真相后，决定除掉她，也同时发现了王少棠的尸体和隐藏在生日会的黑。二人准备一起逃脱，但是出口全部被封闭。

　　黑潜入了潘多拉的研究设施，在那里碰到了精神不正常的卡丽娜，突然第二天，卡丽娜的尸体被发现，黑却作为嫌疑犯被拘留审问。

　　门内，流星的碎片所在处被确定了，去回收的研究员一个一个死亡，只有尼克回来了，黑跟踪尼克时发现了尼克跟自己一模一样是契约者，连能力都一样。这时，流星的碎片放出耀眼的光。

　　久良泽凯的侦探事务所，银的钢琴老师突然出现，委托久良泽凯寻找银。那个时候，组织也在寻找银的去向，另外两名契约者捕捉了银的观测灵，银也渐渐向他们走去。

　　银和钢琴教师去学校停办的教室躲雨，弹着钢琴，满月放出银色的光，那光芒照射的父母的记忆，然后自己犯下罪的记忆也渐渐浮出水面，这时，之前的两个契约者出现，银的身上也渐渐发上了异变。

　　跟5年前一样，南美的门消失时，被称为太阳的大黑斑黑点出现了。同时，连续爆破事件也持续发生，黑也为了夺回流星的碎片追赶琥珀。

　　November 11被连续爆破事件的犯人对战中被抓住，因赶来的雾原未咲而获救，二人又进行了再一次的决战。于此同时，黑也终与琥珀见面。

　　雾原未咲从警视厅公安部部长那得知，原来琥珀是契约者的领袖，原MI6的成员，代号February。黄也从组织成员得知，5年前琥珀因不明原因把黑背叛了，黑的小队也因此全灭。在黑打工的的夜总会里，黑偶然认识了跟黑道有关的健儿，而健儿的大哥一桥也将doll暂时交于健儿看管。

　　健儿为了doll选择背叛组织，不知所措的健儿选择找黑帮忙，黑也答应帮助健儿逃脱。为了帮doll买衣服，黑的背影差点被雾原未咲认出，总算拼死跑出来的健儿，在车站，却遇到了大哥一桥的同伙。

　　黄想起了自己曾经的记忆，当刑警时的过去以及自己曾经爱过的女性志保子。黑等人接到了抹杀新兴宗教教主的命令，而志保子已先潜入宗教内部接应，但是却被发现被捕。

　　潘多拉研究员舒雷达博士不明原因被诱拐，在美国大使馆内，雾原未咲与美国方面进行交涉，由于大使馆爆破事件的发生，黑也因此潜入大使馆，雾原未咲却被潘多拉的人所抓。

　　由于猫被琥珀等人抓住了，猫在那里看到了之前消失的舒雷达博士和November 11等人，黑为了救猫独自前去，琥珀和黑再次见面，这时，周围被很耀眼的光照耀着。

　　黑回想起了自己五年前在南美时的记忆，于此同时久良泽凯接受了一个寻找星星的委托，偶然在街上走的黑与雾原未咲相遇，在一起吃饭过后却又遇到了久良泽凯。在回家途中黑遇到了受伤的黄，带来的消息却是被组织抛弃。

　　黑等人与黄告别后，为了甩开追兵，黄决定独自引开敌人自己与敌人同归于尽。赶来潘多拉寻找舒博达博士的雾原未咲，在那里遇到了自己的部长，也渐渐发现了组织和黑的真面目。

　　随着星见大人的喃喃自语，黑等人也进到了地狱门内部，遇到了年龄很小的琥珀，也渐渐得知自己妹妹白的真相，在得知黑的选择后，琥珀决定给黑再来一次的机会，实行时间倒流，自己却随之消逝。