擬態獣との戦闘後、亡くなったかに見えた静流は、生死の淵をさ迷っていた。一方、安奈がダンナーベースを出ている頃、世界中に擬態獣が発生する。ゴーダンナーだけが出撃可能という中でミラが覚醒し、ネオオクサーでの出撃を志願する。復活したゴオとミラのコンビネーションを目前にした杏奈は、再び愕然としてしまい…。

大量発生した融合獣は、ゴオ&ミラと世界各国のパイロットたちの活躍により終息を迎えつつあった。ゴオのパートナーの座をミラに奪われた杏奈はアパート暮らしをしていたが、猫のぴんぴんを見つけた大家さんに追い出されてしまう。途方に暮れる杏奈の前に、ぴんぴんにそっくりな青年が現れ、杏奈に結婚を申し込み…。

擬態獣の出現に出動するゴオとミラだが、いざ合体という時にミラは気を失ってしまう。ゴーダンナーの緊急事態に、長い間封印されていたゴーオクサーが出動することになるが、ゴーオクサーの操縦は困難を極め、ミラも静流も完全に操縦出来ずにいた。｢杏奈なら操縦が出来るかもしれない｣と静流は杏奈を迎えに行くが…。

ダンナーベースのメカマンたちは毎日大忙し。父親からお見合いをするように迫られている柊。息子の誕生日も家に帰れない芝草。相変わらずラブラブの林と森本。隣のブロックの女の子に密かな想いを寄せる柳沢。それぞれ悩みを抱えながら、ダンナーベースで一生懸命働いている彼らの、いつも通りの一日がまた始まる…。

ロシアのパイロットのエカテリーナとククラチョフは、ヴァルスピナーを乗りこなす名コンビ。だが、彼女に従順なククラチョフは、エカテリーナへの愛を彼女に従うことでしか表現できずにいた。強がりから素直になれないエカテリーナは、そんなククラチョフに辛くあたり、1人で戦闘に出るように命令してしまうが…。

ガサツで暴れん坊のモウカクと、そんなモウカクを調教師のようにあしらうシュクユウは、中国ダイノベースで活躍するパイロットコンビ。結婚を決めた2人は幸せいっぱいだが、いつものように擬態獣に向かったモウカクの体に異変が起こる。パイロットたちを襲う、謎の“狂体化”の原因は何なのか?そして、2人の運命は!?

次々と男性パイロットの体に起こる“狂体化”現象。そのため、男性パイロットたちには出動禁止命令が下る。戦えないもどかしさと、ゴーダンナーの代わりのパイロットに静流が抜擢されたことにショックを隠しきれないゴオ。そんなゴオを気にしながらも、杏奈は静流と共に、擬態獣との戦いに出動する。

擬態獣と戦う杏奈と静流の前に、ブレイドガイナーとコスモダイバーが突然現れた。ブレイドガイナーに乗る剣は｢擬態獣と戦わせろ｣と杏奈たちに攻撃し始め、抵抗する杏奈たちに対してはコスモダイバーに乗ったルウまでもが攻撃を始めたのだった。思いもよらない展開に困惑する杏奈と静流。剣とルウの目的とは…?

世界各地で再び大量発生した擬態獣は突然攻撃を止め、一斉にダンナーベースに向かい始めたのだった。ダンナーベースでは最終警戒態勢が発令され、杏奈、静流、ミラが擬態獣の群れに立ち向かった。次々に現われる擬態獣がダンナーベースを襲う。あまりの数の擬態獣に苦戦する杏奈たちを前に、ゴオは出動を決心するが…。

進化した擬態獣は融合獣となり、互いに融合を繰り返していった。そして、さらにすべての個体を統合する存在である進化獣となっていた。次々に擬態獣を体に取り込んでゆく巨大な敵に、苦戦する杏奈たちのもとに、世界のパイロットや、復活したあの男が集結した。

ついにラビット・シンドロームを発症してしまったゴオ。凶体化したゴオは、さらにゴーダンナーツインドライブモードと融合し、新たな姿へ変化を遂げる。ゴオに必死に呼びかける杏奈。そんな中、ミラはある作戦を決行するためネオオクサーへ向かう。ゴオは人類最大の敵となってしまうのか?そして杏奈は無事なのか?!

あれから7年後。ダンナーベースには懐かしい顔ぶれとともに新しいメンバーが加わり、杏奈、ミラたちも新人パイロットとともに戦いを続けていた。一方、霧子たちはラビットシンドロームのワクチン研究を続け、ある特殊な遺伝子を発見していた。眠り続けるゴオは覚醒できるのか? そしてその時杏奈は? 感動の最終回!!