ダンナーベースに所属するスーパーロボ「ゴーダンナー」のパイロットである猿渡ゴオは、未知の巨大生物「擬態獣」との最終決戦でパートナーであり恋人のミラを失ってしまう。その時、それと引き換えるかのように命を救われたのは、まだ１２歳の葵杏奈だった。

５年後、パイロットを目指す杏奈は、厳しい教育を受け、ずば抜けたテクニックを身に着け立派に成長していた。

そして、杏奈とゴオは再会を果たし、恋人同士に…。ミラとの過去を吹っ切るため杏奈との結婚を決意したゴオ。二人はひっそりと身内だけの結婚式を挙げることにする。しかし当日、擬態獣出現の緊急連絡が…。式を投げ出し、ダンナーベースに走るゴオ。一人残され、あっけにとられるウエディングドレス姿の杏奈だったが、彼女はただ夫の帰りを待っているような女の子ではなかった！

果たして、二人は無事結婚することができるのか！？そして、地球の運命は！？

なんとか結婚することができた杏奈とゴオ。甘い新婚生活が始まるはずだったが…。

ゴオのパートナーになるために杏奈はダンナーベースで訓練を受けていた。ミラを失ったトラウマから、杏奈をパイロットにさせたくないゴオは、厳しい訓練で疲れ果て、家事や学業を疎かにしている杏奈に辛くあたる。

結婚２日目にして夫婦のピンチか！？

マレーシア領ディオマン島沖、暴風雨の中のメガフロート。台風に隠れてやって来た今まで以上に巨大な擬態獣が突如として暴れだした。緊急に駆けつけたのは世界各国のパイロットたち。

そこに、ハネムーンでやってきたゴオと杏奈は、擬態獣と戦う彼らの勇姿を目の当たりにする。

杏奈と友達が休み時間を屋上で過ごしていると、空から流れ星が降ってきた！？

学校を抜け出し現場に駆けつける杏奈。そこには、コスモダイバーが煙を上げていた。中には気を失った美少女ルウの姿があった。

未だに、ミラを失った5年前の戦いの悪夢にうなされるゴオに、ある日霧子から衝撃的な事実を打ち明けられる。

5年前の戦いで死亡したと思われていた、戦友マックスとかつての恋人ミラが生きていたというのだ。

しかし、ミラは記憶も知識も全く失ってしまっていた。

ミラの接吻によって目を覚ましたマックスはコアガンナーを操縦し、周囲に無差別攻撃を始めた。そして、ミラを愛していたこと、ゴオとミラの関係に嫉妬していたことを告白する。

飛空獣との戦いによって攻撃を受けたナイトとエリスは、ダンナーベースに緊急避難した。

ドラグライナーを修理する間、「撃墜王」と呼ばれる程のプレイボーイナイトは、ダンナーの女の子を手当たりしだい口説き始める。

やがて被害はミラにまで…。

戦いの最中、杏奈をミラと呼び間違えてしまったゴオ。

その一瞬の隙を攻撃され、ソシュール島へ墜落してしまったダンナーとオクサー。続いて、ドラグライナーまでも。

通信手段も途絶え、無人島に取り残されてしまった杏奈、ゴオ、エリス、ナイト。

果たして4人はこの島から脱出できるのか！？

戦闘禁止地区において何者かによる戦闘の痕跡が見つかり、Menage-Zeroが発令された。

そこ残された多数の擬態獣の死骸が、父親を襲った擬態獣と同じであることを知ったルウは戦いに参加したいと申し出る。

擬態獣に囲まれたルウのピンチを救ったのはリヴァンターレに乗った剣之介だったが、彼はまた、Menage-Zeroによって破壊命令を受けたお尋ね者でもあった。

自分より強い剣之介に、娘のような存在のルウを奪われた気分のゴオは、嫉妬心を燃やしリヴァンターレに襲い掛かる。

剣との戦いをきっかけに戦闘恐怖症になり、右腕が思うように動かなくなってしまったゴオは、そのことを必死に隠そうとしていた。

そんな時、擬態獣が種子島を襲った。唯一ゴオの秘密を知る静流は一人で戦闘に向かう。

静流の勇姿に立ち直るゴオ。しかし、最後の最後に静流は敵から激しい攻撃を受けてしまう。

杏奈がダンナーベースを後にして一週間ほどがたった。

そんなある日、世界各地で擬態獣が大量発生したというニュースが流れる。すぐにダンナーベースに戻ろうとする杏奈だったが、

街は混乱しあらゆる交通手段がストップしてしまっていた。

なんとかヒッチハイクで近くまで辿り着いた杏奈を合体融合獣が襲う。危機一髪のところでゴーダンナーが駆けつけるが、その後ろにはネオオクサーの姿が…。