테츠로의 어머니는 기계 백작에게 살해당한다. 그녀는 죽기 전에 테츠로에게 안드로메다 행성으로 가서 기계인간으로 개조 받으라는 유언을 남긴다. 테츠로는 메텔에 의해 구출되고, 메텔은 테츠로에게 함께 여행한다는 조건으로 은하철도 999의 승차권을 건낸다.

999호의 첫 번째 목적지는 화성. 이 곳은 소수의 사람만이 사는 황량한 행성이다. 테츠로가 프레메란 젊은 여성에게 화성을 안내받는 중, 그녀의 남자친구인 제로니모가 테츠로를 쏘고 999호의 티켓을 훔쳐간다.

테츠로는 999호의 식당차에서 기계인간 웨이트리스 크레아를 만난다. 크레아는 온 몸이 아름다운 유리로 되어 있으나, 그녀는 원래 몸으로 돌아가고 싶다고 한다. 테츠로는 기차 안에서 엄마를 다시 발견했다고 생각했지만, 그것은 어머니를 가장한 괴물이었다... 이윽고 999호는 타이탄 행성에 도착하는데, 메텔은 그곳에서 기계인간들에게 붙잡힌다.

우주해적 안탈리우스는 999호에 밀항하여 승객들의 물건을 훔치고, 죽이기 시작한다. 그는 테츠로와 메텔을 만나고, 999를 자신의 집으로 운행하라고 지시한다.

999호는 명왕성에 도착한다. 이곳은 기계 인간들의 냉동된 원래 몸이 안치된 장소. 테츠로는 묘지기로 일하고 있는 기계인간 쉐도우를 만난다. 그녀는 본인의 냉동된 원래 몸을 보여주는데, 누구와도 비교할 수 없을 정도로 아름다운 모습이다. 쉐도우는 테츠로를 붙잡아 인간의 몸으로 되돌아 가려 하지만, 메텔에 의해 저지당한다.

999호는 이 세상에 출판된 모든 책들이 있다는 혜성 도서관에 도착한다. 그곳에서 한 무리의 사람들이 테츠로를 붙잡고 강제로 기계인간으로 개조하려고 한다...

999호는 사르가소에 떨어지며, 그곳에서 실종된 333호 열차의 잔해를 발견한다. 테츠로 일행은 열차를 수색했으나 그곳에는 해골뿐. 333호의 탑승객인 류즈는 본인이 열차의 시간을 빨리 돌려 모든 승객을 죽게 했다며 정체를 드러낸다...

테츠로를 자신의 집으로 데려온 류즈는 기계로 개조된 자신의 몸을 보여주며, 기계인간이 되어 함께 하자고 제안한다. 그녀는 옛 애인의 요청으로 최신 유행의 기계인간이 되었으나, 그녀가 싫증이 나자 헌신짝처럼 버려졌다며 자신의 과거를 밝힌다...

999호는 모든 은하철도들의 환승역인 트레이더 행성에 정차했다. 테츠로는 한 걸인 여성에게 식사를 제공하기로 한다. 그러나 주변의 다른 걸인들이 테츠로에게 모여 드는데...

하나코는 아직 잠들어 있는 테츠로를 꽃들의 별로 데려온다. 테츠로는 하나코의 집에서 그녀의 부모에게 환영받는다. 테츠로의 허락도 없이 하나코의 부모는 그들의 결혼을 준비한다.

999호는 부정형 행성 누루바에 도착한다. 이 곳은 시시각각으로 모습이 바뀌는 곳이며, 행성의 거주민 역시 몸의 형태가 정해져 있지 않고 자유자재로 변한다. 이 행성의 거주민 둘이 메텔과 테츠로로 변장하여 999호에 밀항하려고 하는데...

999호는 화석의 별에 도착한다. 이곳은 거주민 모두가 화석구름에 의해 돌이 되어 버린 곳. 단 한 명의 생존자가 남아 이 곳을 지키고 있었다. 그는 테츠로의 승차권을 훔쳐 달아나 돌로 변한 연인을 위한 치료법을 찾고자 한다.

화석의 별의 유일한 생존자 유리우스, 그의 연인인 리사의 석상을 훔치려는 도굴꾼들이 행성에 착륙한다. 그리고 그 때, 또 다른 화석 구름이 다가오고 있었다...

999호는 모든 주민이 기계인간인 이중 행성에 도착한다. 식당에서 마주친 기계인간들이 테츠로와 메텔을 무례하게 대하자 테츠로는 난동을 부려 그들을 모두 죽인다. 테츠로와 메텔은 기계인간 의사 라라와 만나게 되는데, 그녀는 테츠로와 자신의 영혼을 뒤바꿔 놓는다.

암흑가스로 덮인 행성의 거주민인 흑기사가 999호를 쫓아온다. 흑기사는 테츠로에게 친구가 되어줄 것을 요청하지만 테츠로는 거절하고, 테츠로는 흑기사에게 공격받는다...

테츠로 일행은 빛의 도시 마리카에 도착한다. 이 곳의 거주민들은 몸에서 빛이 나지만, 플레어라는 소녀는 몸에서 빛이 나지 않아 사람들에게 무시받고 가난하게 살고 있다. 그녀는 애니메이션 감독을 꿈꾸고 있다. 테츠로는 그녀의 대본을 읽어보게 되고...

999호는 기갑풍뎅이를 포함하여 모든 것이 철로 되어있는 행성에 도착한다. 테츠로는 메텔을 도와줄 의사를 찾기 위해 행성을 탐험한다. 하지만 이 별의 의사는 죽어가고 있었고, 의사의 아들인 루텐은 테츠로를 죽이려 한다.

999호는 거대한 진흙 구덩이가 있는 행성에 도착한다. 메텔은 테츠로에게 구덩이 근처로 가지 말 것을 경고했으나, 테츠로는 메텔과 이름이 같은 한 여자에게 이끌려 구덩이의 거품 속으로 이끌려 간다.

999호는 모든 악이 없어 보이는 회개의 별에 2주간 정차했다. 차장이 이곳에서 휴가를 보내기로 결심하는 동안 강도가 나타나 그의 모든 돈을 빼앗았다. 이 사건은 이곳의 국장에게 알려지고, 국장은 범인을 잡는 대신 999호 일행의 입을 막아 행성의 명성을 유지하려고 하는데...

999호는 모든 주민이 특정 분야의 전문가인 별에 도착한다. 메텔은 테츠로에게 누구의 눈도 보지 말라고 경고한다. 테츠로가 경고를 어기고 교수형 전문가와 눈이 마주치고, 교수형에 처할 위기에 닥친다. 때마침 전문 총잡이가 교수형 전문가를 쏘게 되면서 구조된다. 하지만 총잡이는 테츠로가 결투의 달인이 될 수 있도록 가르쳐야 한다고 주장한다.

999호는 중력이 없는 텅 빈 행성에 도착한다. 이곳은 중력이 없어 모두가 떠다닐 수 있고, 그 결과 모든 생명체가 살이 쪄 있다. 그들의 다음 행선지에서 테츠로는 나무 몸체로 된 기계인간 예술가를 만난다. 그때 우연히 근처에 자생하는 전기 버섯이 기차의 기관실로 들어오게 되는데...

999호는 해적선 퀸 에메랄드호의 공격을 받아 해적 행성으로 향하게 된다. 그곳에서 테츠로와 메텔은 메텔의 신체를 원하는 해적 에메랄데스에게 붙잡힌다.

999호는 자연주의자와 과학기술 신봉자들의 싸움으로 둘로 갈라진 행성에 도착한다. 착륙 직후 테츠로는 납치되고 메텔은 행성의 자연주의자들에 의해 여왕으로 추대된다.

999호는 바다의 별에 착륙하려 했으나, 이미 차원 항해 행성이 바다의 별을 파괴한 후 자신이 그 자리를 차지하고 있다는 것을 눈치채지 못하고 있었다. 행성에 착륙한 999호 앞에, 이 행성의 지배자인 에고테리나가 모습을 드러낸다.

테츠로는 고도로 산업화된 도시, 메스프론에 도착한다. 이곳에서 대기오염과 자본주의를 비판하며 저항하는 크로마리아를 만나게 된다.

테츠로는 호로호로라는 한 남자를 만난다. 이 남자는 지속된 불운으로 인해 온 몸의 살이 떨어져 나가 뼈만 잔뜩 남은 불쌍한 모습이었고, 테츠로는 그를 돕고자 하지만...

999호는 눈의 나라에 도착하고, 테츠로와 메텔은 도시를 탐험하는 중 빈민가로 이어진 숨겨진 구멍을 발견한다. 테츠로는 이곳에서 걸인들에게 소지품을 모두 빼앗기고, 버진 유키라는 소녀에게 구해져 그녀의 집으로 향한다. 그러나 그녀의 어머니는 테츠로를 요리하려고 하는데...

999호가 착륙한 행성에서 테츠로와 메텔은 장발의 노작가를 만나게 된다. 노인은 메텔에게 반해 테츠로의 통행증을 훔쳐 은하철도 999에 무단으로 승차하려고 시도하는데...

사케잔은 그의 이름을 딴 정글 세계에서 살고 있는 유일한 인간이다. 이 별의 식수는 술로 빚지 않으면 마실 수가 없어, 테츠로와 메텔도 본의 아니게 사케잔이 만든 술을 몰래 마시게 된다. 이를 본 사케잔은 그들을 붙잡아 메텔은 술 시중을 들게 하고 테츠로는 감옥에 가두는데...

먼 과거, 적색거성에 먹혀 사라진 필라멘트 별은 모든 거주민의 영혼과 함께 가스 구름으로 남아 존재하고 있었다. 999호가 이 가스 구름을 통과할 때, 한 영혼이 테츠로를 납치해 자신의 아들에게 테츠로의 몸을 넘겨 주려고 하는데...

999호는 증오의 별에 도착한다. 그러나 별의 이름과는 다르게 오히려 모두가 맨날 싸우며 앙금을 풀기 때문에 친절한 주민들만 거주하고 있었다. 한 편, 기계백작은 테츠오를 제거하기 위해 4명의 암살자를 고용한다.

테츠로는 999호의 다른 승객 에드먼드를 만난다. 에드먼드는 다음 정거장에서 고향으로 돌아가기를 고대하고 있었다. 그러나 그들이 도착했을 때 에드먼드의 고향 별은 완전히 파괴돼 있었다.

999호는 온통 나사로 되어 있는 우라토레스 행성에 도착한다. 이곳은 산조차 나사로 이루어져 있는데, 폭풍으로 산들 중 하나가 무너지자 테츠로는 탑승권을 잃고 기계인간에게 납치당해 감금당한다. 한편 999호는 나사 결함으로 인해 고장나게 되고...

999호는 모든 것이 황금색으로 둘러쌓인 행성에 도착한다. 거리, 건물, 심지어 사람들까지도 황금빛이 난다. 한 도둑이 테츠로를 때려눕히고 메텔의 짐을 훔쳐간다. 테츠로는 하수구로 도망가다가 도둑 호일락은 금빛으로 빛나지 않는는 것을 알게 된다.

호일락의 어머니는 황금도시의 지배자들에게 저항하던 반란군의 리더이다. 그녀는 아들도 자신의 발자취를 이어가기를 바라고 있었다. 한편 999호는 테츠로가 돌아오지 않자 그를 남겨둔 채로 출발한다.

999호는 버려진 인공 행성에 정차한다. 테츠로는 이곳의 풍경을 마음에 들어하지만, 메텔은 콜로니가 지난번 방문 때와 매우 다르게 생겼다는 것에 의아해한다. 테츠로 일행은 한 무리의 남성들에게 습격당하게 되는데, 메텔은 이들의 모습이 전부 이 콜로니의 건축가 사이클로프로스 박사와 똑같이 생겼다는 것을 눈치채는데...

999호는 미쿤(*고양이의 애칭)의 생명의 집이란 행성에 접근한다. 테츠로와 메텔이 호텔에 도착했을 때, 테츠로는 복도에서 호랑이와 뱀을 발견하고, 침대에 숨어 밤을 보낸다. 다음날 메텔은 테츠로에게 미쿤을 소개하는데, 그는 죽은 동물들의 영혼을 이 별로 데려오는 인도자였다...

999호가 도착한 이 행성의 거주민은 우주 제일로 아름다운 외모를 가졌으나, 그 반작용으로 극도로 연약한 신체를 가졌다고 전해진다. 이 곳의 거주민 부부는 테츠로와 메텔의 열차표를 훔쳐 999호에 탑승하고자 하지만, 이들은 열차의 경적만 들어도 충격으로 죽을 정도로 연약한 몸을 가지고 있었는데...

999호는 독재자 아돌라가 지배하는 동그라미 아파트의 별에 도착한다. 열차에서 내리자마자 메텔은 아돌라의 부하들에게 붙잡힌다. 테츠로는 자신과 똑 닮은 테츠구로와 의기투합해 아돌라를 몰아낼 계획을 세우는데...

테츠로는 메텔의 비밀이 담긴 컴퓨터를 가지고 있는 독재자 아돌라 앞에 붙잡혀 끌려간다. 테츠구로는 테츠로를 구출하고, 테츠구로의 애인이 아돌라에게 살해당했다는 것이 밝혀 지는데...

999호는 차장의 고향 행성에 접근한다. 차장은 수년 전 연인인 마블러스에게 999호에서 돈을 벌고 돌아오겠다고 약속했던 기억을 떠올린다. 새로 온 승객 피메일(*국내명 피오나)은 999호에 탑승해 차장에게 무례한 행동을 일삼는데...

999호는 폭풍의 행성에 도착한다. 행성의 거주민 키라는 병약한 아버지와 신발 수선 가게를 운영하고 있다. 키라의 아버지는 999호를 타고 행성을 떠나고자 테츠로의 통행권을 훔쳐간다. 키라는 아버지에게 총을 겨누고 돌려주라고 강요하고, 키라는 그에게 합법적으로 통행증을 얻을 것을 요구한다...

999호의 정거장 데드우드 마운틴에서 테츠로와 메텔은 999호에 탑승하려는 프라이드를 만난다. 프라이드는 가난한 가수인데, 돈이 충분하지 않자 여자친구 앨리스에게 돈을 빌려 999호의 티켓을 구입한다. 테츠로는 프라이드가 여자친구를 버린 것에 대해 화를 낸다. 999호는 왈큐레라 불리는 마녀 집단과 접촉하게 되고, 이들 중 3명이 열차에 올라탄다.

세 명의 왈큐레들은 모든 탑승객을 자신들의 배에 태운다. 테츠로 일행들은 왈큐레의 수장을 만나게 된다. 그녀는 자신의 세 딸이 죽은 이후 모든 인간들에 대해 증오를 불태우고 있었는데...

999호에 탑승한 난미는 테츠로를 인질로 잡아, 기차를 그의 행성인 엘 아라메인에 정차시킨다. 테츠로와 메텔은 난미와 함께 밖으로 여행을 떠난다. 온통 사막으로 덮인 행성이었으나, 곳곳에 묻혀있던 무인 병기가 이들의 생명을 감지하고 공격하기 시작한다.

999호는 "라이플 그레네이드"라고 불리는 행성에 착륙했는데, 이 곳은 노예의 별에서 사람들을 잡아와 전쟁을 일으키게 하고, 관광객들에게 이를 구경시켜주는 행성이다. 노예 병사 중 한 명인 제다는 탈출하여 메과 테츠로의 호텔 방으로 피신해 오고...

제다는 테츠로를 죽여 승차권을 뺏으려 하지만, 테츠로는 제다를 설득한다. 제다는 999호에 탑승하는 대신 반란군에 합류하기로 결정했다. 그의 동료 산타나, 브레이드와 함께, 제다는 두 군벌 세력을 통합하고 정부 시설을 공격하기 시작한다.

테츠로와 메텔은 친절하고 열심히 일하는 사람들로 가득한 행성에 도착한다. 폭풍이 그들이 묵고 있는 호텔을 덮치고, 탑승권을 포함한 모든 짐이 분실되고 마는데...

999호는 거대한 검은 구체에 의해 형성된 거대한 유령 터널에 도착한다. 안드로이드 여성 이로제가 나타나 테츠로에게 기차에서 내려달라고 부탁한다. 그가 거절하자, 그녀는 열차를 공격하기 시작하는데...

다음 목적지로 나아가는 999호의 진로 앞에 무수히 많은 푸른 방울들이 돋아나 있었다. 이 방울들은 구성 물질 전체가 하나의 유기체로 된 행성이었고, 이 중 큰 개체에 999호가 충돌하여 열차가 멈추게 되는데...

999호에 실려온 아르테미스는 그녀의 사연을 이야기해준다. 그녀는 원래 모성과 일체였으나, 스스로 움직이고 말할 수 있는 자유를 얻고자 탈출해 기계인간이 되었다. 그러나 기계인간이 되기 위한 대가를 지불하기 위해 과로에 시달리다 탈출을 시도했던 것. 한편 은하철도 본사는 아르테미스의 모성을 파괴할 계획을 세우는데...

한 행성에 테츠로를 꼭 닮은 마나부라는 소년이 있었다. 은하철도 승차권을 구입하기 위해 형과 열심히 노력하여 1장의 티켓을 구입했으나, 열차가 도착하기도 전에 형은 세상을 떠나게 된다. 999호가 행성에 도착하고 메텔은 마나부를 테츠로로 착각하게 된다. 마나부가 999호에 탑승하려는 순간, 탑승권이 가짜라는 말을 듣게 되는데...

999호는 끝없는 여름의 행성에 도착하는데, 이 행성은 인간형 곤충들이 지배하고 있었다. 이 곤충들의 여왕은 테츠로와 메텔을 붙잡고, 그들을 삶아 자식들의 먹이로 만들 계획인데...

곤충인간의 유충들은 부화한 후 테츠로가 자신들을 죽일 수 없다는 것을 알게 되자, 999호에 올라타 열차를 먹기 시작하는데...

999호는 의심과 경계심으로 가득한 원시 행성에 도착한다. 그러던 중 치치라는 이름의 친근한 공룡은 테츠로와 친구가 되고 999호를 탑승하고 싶어하는데...

치치는 여자친구와 함께 999호에 탑승하기로 결심한다. 그들은 테츠로와 메텔이 행성의 원주민들과 접촉하는 것을 돕기로 하는데...

테츠로와 메텔은 발자국 마을이란 행성에 도착하여 사람들을 잡아 죽이는 악령에 대해 듣는다. 테츠로는 밤에 나가지 말라는 경고를 받지만, 물의 형태를 취한 정령을 마주치게 되는데...

999호는 기계에 의해 모든 것이 자동화된 게으름뱅이의 행성에서 멈췄다. 테츠로는 홀로 기차를 내려서 시내를 돌아다니는 무인 택시에 탑승한다. 택시는 거주구역에 도착하고, 테츠로는 모든 거주민들이 과도 비만이라는 것을 발견하는데...

999호의 다음 목적지는 내일의 행성이었다. 이곳의 주민들은 우주세계에 대한 지식이 전혀 없는 평화로운 세계였기 때문에 999호는 비밀리에 착륙할 예정이었다. 그러나 이곳에도 은하철도의 대한 소문이 일부 사람들에게 알려져 있었으며, 타로가 이끄는 젊은이들이 은하철도의 도착을 기다리고 있었다. 마침내 타로는 999호의 열차표를 훔치게 되는데...

은하철도의 표가 없어 행성에 체류하는 동안, 메텔은 은하철도 회사에 도움을 요청했으나 수포로 돌아간다. 한편 만화가 아다치의 도움으로 테츠로는 국수집에서 일자리를 구한다. 테츠로와 메텔은 기차역에서 타로를 마주치게 되고, 타로는 이들이 통행권의 주인인지도 모르고 통행권을 돌려주는데...

999호가 백야의 도시로 들어설 무렵, 메텔은 테츠로에게 이 별의 호수는 보지 말라고 말한다. 행성에 착륙한 후, 테츠로는 밤에 외출을 나서다 통행금지법에 적발되지만, 메텔에 의해 구출된다. 이 행성은 호수에 살고 있는 괴수 헤론 때문에 야간에 모든 외출이 금지되었던 것. 테츠로와 메텔은 헤론을 돕기 위해 나서는데..

999는 모든 빛을 흡수하는 어둠의 별에 정차한다. 메텔은 개인적인 일로 열차에서 먼저 내리고, 테츠로에게 한 인물이 다가와 메텔이 납치되었다고 경고한다. 그녀의 이름은 미리, 자신의 언니인 릴리가 인공 태양을 쏘아 올리기 위해 메텔의 뇌를 이용하려 한다고 하는데...

메텔과 테츠로는 침묵의 행성에 도착하는데, 이곳에선 속삭이는 소리만 내더라도 사형에 처해진다. 메텔은 테츠로에게 개인적인 일을 처리하는 동안 기다릴 것을 요청했으나, 그녀가 걱정된 테츠로는 메텔을 찾으러 나선다. 그러나 행성의 주민들은 테츠로의 목소리를 듣고 그를 처형대에 올리는데...

999호는 사람들이 굶주리고 있는 행성에 도착하는데, 그 이유는 행성의 여왕이 모든 음식을 그녀에게 가져다주라고 명령했기 때문이다. 테츠로와 메텔은 여왕이 있는 섬으로 향하나 그녀는 의식만을 기계 장치에 저장한 채 오래 전에 죽었다는 것을 발견하는데...

999호가 장례의 별에 도착하자, 열차의 소음이 장례 행렬을 방해했다며, 거주민들이 다짜고짜 메텔과 테츠로를 습격한다. 빈사상태에서 졸지에 생매장 당한 두 사람은 마을 종지기의 도움으로 겨우 목숨을 건지고 행성의 내막에 대해 듣게 되는데...

999호의 승객 중 다이로즈라는 기계인간 승려가 있었다. 그가 치는 종 때문에 열차와 테츠로의 치아에 손상이 오고 차장은 999호를 응급소행성 오버홀으로 향한다. 이곳에서 메텔과 테츠로는 마리아와 미카엘을 만나게 되는데, 미카엘은 수술은 성공적이었으나, 삶의 의지를 잃어가고 있었는데...

999호는 사람들의 눈길을 끌게 생긴 호기심의 별을 지나간다. 차장은 승객들에게 행성을 응시하지 말 것을 명령하나, 승객 중 미르라는 여성은 이미 이 행성을 지나가다 남자친구가 납치된 적이 있었다. 그런데 이곳에서 납치됐던 미르의 남자친구, 마스크를 구출하게 되고...

555호가 응급소행성에 착륙했을 때, 무장 강도 사건이 발생해 999호에서 비상 신호를 수신하게 된다. 차장은 우주 중심부에서 열차를 정지시킨다. 한 편 차장은 2명의 강도가 999호에 타고 있다는 것을 알게 되고, 강도 중 한 명이 테츠로를 인질로 잡게 되는데...

999호는 꽃의 도시에서 정차한다. 테츠로와 메텔이 호텔로 들어서자 화재가 발생해 행성과 꽃을 불태웠다. 999호는 비상 이륙하고, 메텔과 테츠로는 화재의 주범인 코아와 레아에게 구조된다. 코아는 이 행성의 꽃은 아름다우나 치명적인 독을 가지고 있다고 전하는데...

거북이등 별은 불모지이고, 행성의 개척민들 거의 모두가 죽거나 떠났다. 행성에 남은 사람은 곤베와 요사쿠 부자뿐이다. 곤베는 언젠가는 자신의 노력이 보답받을 것이라 믿고 밭을 갈지만, 아들인 요사쿠는 행성을 늘 떠나고 싶어하는데...

대암흑성운을 여행하는 동안, 차장은 고스트 호퍼스라고 불리는 2차원의 사람들에게 끌려간다. 한편 테츠로는 강렬한 빛에 일시적으로 눈이 멀게 된다. 열차는 얼음 행성 킬리만자로에 착륙했고, 고스트 호퍼스가 메텔과 테츠로도 납치하여 실험 대상으로 삼으려 하는데...

고스트 호퍼들은 테츠로 일행을 감옥에 가둔다. 고스트호퍼의 일원이 2년전 자신들이 원주민을 몰아내고 킬리만자로를 식민지로 삼았다고 밝힌다. 그 때, 고스트 호퍼 퀸의 모선이 나타나 실험의 중단을 선포하는데...

999호의 다음 정거장은 줘요줘요행성, 이곳은 구걸하는 것으로 연명해나가는 별이다. 메텔은 테츠로에게 이 행성에 노동자 계급과 부패한 지배자 계급의 갈등 끝에 모든 이가 노동을 포기했다고 설명한다. 이런 거주민들 중 이카리와 나사케는 스스로의 힘으로 먹고살고자 하나, 그들이 택한 방법은 강도였는데...

999호는 물의 나라에 불시착한다. 메텔과 테츠로는 도시의 통치자인 워터프레스에게 인도된다. 이들은 별의 원주민 샤이안족과 이들을 이끄는 제로니모에게 습격받고, 탈출을 하게 되는데...

은하철도 회사는 납치 사실을 전달받고, 워터프레스를 무력하하기 위해 SDF를 파견한다. 한편 나바로, 수지와 샤이안 전사들은 워터프레스의 우주선 중 하나로 999호를 추적한다. 차장은 납치범을 제압하고, 나바로가 기차에 탑승했으나 워터프레스와 그 수하들은 수지를 인질로 잡는데...

999호는 빗물 바다의 별에 정차한다. 한 순례자가 승객들에게 영혼을 먹는 마녀에 대해 경고하며, 차장에게 빨리 떠나길 권했으나, 홍수로 인해 호텔에 발이 묶이게 된다. 한 여성이 대가만 지불하면 배에 태워주겠다고 권하고 일부 승객들이 이에 응한다. 호텔은 결국 파괴되고 테츠로는 한 섬에 떠밀려 오는데...

마녀 큐플레임은 메텔에게 생명의 불꽃을 뽑아내기 시작하지만, 테츠로에게 빼앗긴다. 테츠로는 아크가 자신의 몸을 되찾기 위해 큐플레임 밑에서 일하는 기계인간이라는 것을 알게 된다. 콜럼버스는 자신과 포에의 영생을 조건으로 거래를 하나, 포에의 생명의 불꽃을 마시게 되고 충격에 빠지는데...

999호에 망토를 쓴 괴한이 나타나 싸움을 말리고 테츠로를 구출한다. 999호는 헤비멜더에 도착하는데, 테츠로는 하록 선장이 운영한다고 알려진 가게로 향하고, 그곳에서 메텔이 시간성으로 향했다는 소식을 듣게 되는데...

테츠로는 시간성의 위치를 찾아 나서고, 또 다시 망토를 쓴 이에게 구조된다. 마침내 시간성에 도착한 테츠로지만 레류즈가 이끄는 병사들에게 제지당하고, 메텔이 캡틴 하록과 대치하고 있는 것을 발견하는데...

레류즈는 테츠로의 시간을 현재로 돌려주고, 테츠로와 메텔을 포박한다. 메텔은 시간성을 다스리는 하록이 가짜라고 밝히고 레류즈는 동요한다. 레류즈는 가짜 하록에 맞서게 되는데...

999호는 나비의 꿈 행성에 정차한다. 이곳의 거주민들은 나비처럼 날개를 가졌지만, 나비처럼 수명도 짧다. 테츠로 일행은 클레아라는 소녀를 만나게 되는데, 그녀는 화이작과 약혼했으나 날개가 없는 예술가 청년도 좋아한다. 클레아는 약혼을 취소하고 사랑하는 이에게 향하지만...

999호는 마야와 자바라는 두 행성 사이에 전투가 벌어진 행성계에 도달한다. 이 행성계의 별은 전쟁의 여파로 폭발하기 직전이었고, 제스와 레이는 제 3혹성을 식민지화하기 위해 출발한다. 999호는 행성에 착륙했으나 테츠로와 메텔은 행성의 거주민들에게 습격당하게 되는데...

테츠로는 열차 안에서 병에 담긴 편지를 얻게 된다. 탐험가 J.F. 스탠리가 보낸 편지에는 자신이 거대한 코끼리 행성에 아네 벨로즈와 조수와 함께 좌초됐다는 내용. 테츠로는 스탠리의 위치를 발견했으나 스탠리는 행성에 계속 머물기를 원하는데...

999호는 사랑의 환상 행성에 진입하고, 테츠로는 메텔과 떨어지게 된다. 테츠로는 레스펠을 사랑하는 여인 마야를 만난다. 그러나 레스펠은 그녀를 거부하고, 마야는 울음을 터뜨리고 마는데...

999호는 불효자의 별 근처에서 UFO에게 납치당하게 된다. 이 행성의 거주민들은 자식을 키우는 부모들만 행성에 남고, 대부분의 자식들은 다른 행성에 취직하러 가서 돌아오지 않는다고 한다. 여관주인은 테츠로를 자신의 아들 테츠오로 착각하는데...

999호는 영혼의 별에 착륙하고, 브리텐 군인들에게 수색을 받는다. 메텔과 테츠로는 네이스라는 군인을 만나는데, 그는 해저도시에서 온 슬라로이드족의 엘자와 사랑하는 사이. 그러나 브리텐족은 슬라로이드족과 원수 사이인데...

999호는 운명의 교차로라는 별에 접근하는데, 이곳은 자원이 바닥나서 원시사회로 회귀한 사람들이 살고 있었다. 테츠로는 새로운 무기를 실험하던 나크를 만난다. 그는 연인 아라를 두고 모스와 경쟁하는 사이인데...

999호는 안드로메다의 모든 무법자가 모이는 교수형의 별에 도착한다. 테츠로는 미모사라는 여인을 만나는데, 그녀는 아버지를 도와 행성에 음악 공연장을 짓고자 하고 있었다. 그러나 그녀의 아버지가 총잡이들에 의해 살해당하고, 테츠로는 갱단들의 싸움에 휘말리게 되는데...

메텔과 테츠로는 스노우 잉카에 도착하고, 상대방과 눈을 마주치는 것만으로 사람을 죽일 수 있는 설녀에 대한 이야기를 듣는다. 그들은 안드로메다에서 가장 유명한 라면 장인 툴을 만나고, 라면을 먹으려는 차에 설녀가 나타난다. 이상하게도 그녀와 눈을 마주침에도 아무도 죽지 않는데...

메텔은 기계인간 브로커 스노우락을 마주친다. 스노우락은 메텔을 납치했으나 그녀에게 사살당하고, 설녀는 테츠로의 몸을 빼앗아 툴이 끓인 라면을 먹고자 하는데...

999호는 무지개 별에 도착하나, 이곳은 이름과는 달리 핵전쟁으로 인해 수중도시 한 곳만 남은 별. 메텔과 테츠로는 호텔에서 종업원 타다시가 부당하게 해고되는 것을 본다. 이에 정나미가 떨어진 테츠로는 호텔을 나와 타다시의 집에 머무르는데...

999호의 이번 정착지는 곤충의 별, 이곳은 인간에 의해 개발되기 전에는 곤충들의 천국이었다고 한다. 차장은 테츠로와 메텔에게 최근 일어나는 살인 사건에 대해 경고하고, 메텔과 테츠로는 살해당한 사람과 우리에 갖힌 곤충들을 발견하게 되는데...

야야볼은 어머니의 명령을 받아, 999호를 자신의 행성에 정차시킨다. 이곳은 지구를 그대로 복제한 듯한 곳으로, 야야볼로부터의 식사 초대를 받은 테츠로와 메텔이었으나 이는 함정이었는데...

메텔과 테츠로는 야야볼의 저택에서 그녀의 어머니에 대한 것을 추적한다. 테츠로는 자신을 죽이려는 함정에서 탈출하고, 메텔은 야야볼과 대치한다. 그러나 야야볼의 어머니는 사람이 아닌 로봇이었는데...

테츠로와 메텔이 도착한 행성은 로봇 고양이가 압제자들에 맞서 싸우는 곳이다. 테츠로 일행은 로봇 고양이와의 연관성을 의심받아 체포되고, 로봇 고양이는 테츠로의 탑승권을 훔치는데...

테츠로는 로봇 고양이들의 주인인 네코를 만난다. 행성의 모든 로봇 고양이들은 일제히 반란을 일으키고, 군대는 이를 진압하기 위해 발포한다. 이 때 로봇이 아님에도 하늘을 나는 피터팬 고양이도 십자 포화에 휘말리는데...

자신들의 행성의 폭발에 대한 책을 쓰며 마지막 날을 보내는 한 남녀와 만난 테츠로. 그들은 책을 완성하고 의연히 최후를 맞기로 하는데...

높은 건물들로만 이루어진 바닥 없는 별에 도착한 999호. 테츠로는 이곳의 호텔에서 4차원 엘리베이터에 탑승했다가 길을 잃고 만다. 이곳에서 제랄드라는 기계인간과 마주치게 되는데... 테츠로는 무사히 열차로 돌아갈 수 있을까.

기차는 쓰레기 별을 지나게 되고, 이곳에만 오면 누구든 게으르고 무책임해지는 쓰레기 병에 걸리게 된다. 테츠로가 기차 밖으로 내동댕이쳐졌음에도 차장은 그를 찾으려는 노력을 하지 않는다. 메텔은 이 병에 영향이 없어 테츠로를 찾아 나서는데...

이번 행선지는 태어나면서부터 정해진 직업에 순응하고 살아야만 하는 별. 테츠로는 만화가가 되고 싶지만, 신분 제도 때문에 그러지 못하는 남자를 만난다. 한 편 메텔의 여행가방이 도난당하고 열차표를 잃어버리게 되는데...

테츠로는 벌과 말벌이 인간으로 진화한 행성에 도착하고, 이들이 전쟁을 벌이는 것을 보게 된다. 테츠로는 벌 인간과 말벌 인간의 평화를 위해 노력하지만 감옥에 갖히게 되고...

999호는 알리바바라는 여성이 지배하는 알리바바 행성에 추락한다. 테츠로와 메텔은 그녀에게 인질로 잡히고, 메텔은 그녀에게 이야기를 들려주고 풀려난다. 그러나 알리바바는 약속을 바꿔 메텔을 다시 납치하려 하고, 테츠로는 거대한 새에게 공격당하는데...

테츠로는 괴조를 물리치고 차장과 만난다. 테츠로와 차장은 한 여성을 만나 그녀가 진짜 알리바바라는 사실을 듣게 되고, 진짜 알리바바는 가짜와 결투를 치르는데...

999호는 무기력한 기계인간으로 가득한 이상한 행성에 도착한다. 이내 테츠로와 메텔은 아이들에게 인질로 잡히고, 테츠로는 아이들에게 기계인간이 되지 말라는 이야기를 듣는데...

크로아리스와 그 오빠는 우주의 떠돌이였고, 이들은 육체의 형태가 없었다. 오빠는 유령역 13호로 변신해 은하철도의 승객들을 착륙시켜 동생과 놀게하곤 했다. 999호도 유령역 13호에 갇히게 되고 은하철도 회사는 유령역을 파괴하기로 하는데...

킬리만자로 행성은 귀족들의 기사도가 여전히 존재하는 곳이다. 메텔과 테츠로는 두 항공대의 공중전을 목격하나, 이들의 실상은 신분의 차이를 근거로 같은 동료들을 무시하고 괴롭히는 족속들인데...

999호의 다음 행선지는 마카로니 그라탕 행성. 마카로니 별을 탈출하려는 메인과 그 형제는 메텔과 테츠로를 인질로 잡아 자신들과 바꿔치기 하려 하는데...

이때까지의 운행 지연을 만회하기 위해, 999호는 워프 공간으로 진입한다. 뜻밖에도 똑같은 999호가 그들 옆에 나타나게 되고, 두 열차는 충돌하며 얽히게 된다. 테츠로는 복제된 999호에서 복제된 메텔과 마주하는데...

두 대의 999호는 두 명의 메텔, 테츠로와 레드릴을 구하기 위해 떠돌이 행성의 표면에 착륙한다. 이들은 인간을 자처하는 외계인과 마주하게 되고, 이들은 999 일행들이 기계인간이 아님을 확인하고 돌려보내주는데...

999호의 마지막 정거장인 박쥐 행성. 이곳에서 테츠로는 위대한 만화가가 되기 위해 기계인간이 되려는 청년을 만난다. 테츠로는 지난 여정을 회상하며 기계인간이 되는 것에 대한 의문을 표하지만, 청년은 테츠로의 소지품을 훔쳐가는데...

999호는 종착지인 프로메슘에 도착한다. 테츠로와 메텔은 미라이의 호위를 받으며, 테츠로가 24시간 동안 기계인간이 되는 것에 대해 숙고할 수 있게끔 그들을 인도한다. 테츠로는 기계인간이 되는 것에 대해 고민하는데...

차장과 테츠로는 999호를 블랙홀에서 벗어나게 하려고 했으나, 프로메슘의 견인 광선에 발이 묶여 있었다. 탈출한 메텔이 견인 광선을 끄는데 성공하고, 999호는 메텔을 구하기 위해 돌아와 세 사람은 프로메슘 여왕과의 마지막 대결을 벌이는데...