克勞士與拉薇是一對住在邊境城鎮諾齊亞的青梅竹馬，駕着父親留下來的小型飛行艇-先鋒艇，在從事空中的郵差工作。有一天，他們接受了來自麥德賽中將家人的委託，要將家書送達給正在最前線米納紀斯打仗的派遣艦隊司令麥德賽中將本人。

當諾齊亞杯先鋒艇競賽正如火如荼地進行時，克勞士與拉薇機捲入了一艘突然出現的軍用先鋒艇的墜落事件，而被迫中途退出比賽。放棄比賽的克勞士與拉薇前往墜機地點進行援救，卻因此接下了將一個名叫艾兒的女孩送達神秘空中戰艦-銀之戰艦的任務。

克勞士與拉薇把艾兒先帶回家裏安置。克勞士堅持要靠自己來完成被託付的任務，但拉薇卻認為應該要把此事交給先鋒艇組織來處理，兩人之間遲遲無法達成結論。然而就在當晚，他們家遭到了神秘的星形飛行物攻擊，兩人於是帶着艾兒展開逃亡的行動。

銀之戰艦終於在約定的地點-神殿遺蹟前出現！艦長亞力克斯羅威卻完全無視於克勞士他們，當着他們面前把艾兒看作是個物品般的帶走了。克勞士無法接受這樣的態度，也擔心艾兒的安危，於是應急修理了與星型機在戰鬥中受損的先鋒艇機體，尾隨在銀之戰艦後追趕上去。

強行登上了銀之戰艦的克勞士，為艾兒的事前往艦長室質問亞力克斯，亞力克斯卻反問他“在這片天空裏，你真正想做的是什麼？”。在這同時，塔琪安娜為了報告“貨物”安全送達的消息，前往了皇帝之處，偏偏就在這位主力飛行員不在的時候，銀之戰艦遇到了大批星型戰鬥機來襲。

星型機一架接着一架侵入銀之戰艦，艦內各處開始展開了肉搏戰。乘坐五號機出擊的克勞士，駕着不習慣的戰鬥用先鋒艇，一面必須對付高性能的基爾特星型機，一面慢慢的學習如何操控它。基爾特公會的迪奧，對這樣的克勞士充滿了興趣，決定親自出戰迎擊。

為了進行修理與補給，銀之戰艦來到了同時開設有大型賭場的空中船塢停靠。亞力克斯從他的老朋友船塢主人渥克口中，聽到了有關“EXILE”的情報。在這同時，來到賭場的拉薇，卻在那裏偶然碰到了曾經在克勞索拉斯號上幫助過他們的槍兵莫藍。

銀之戰艦所前往的地平洞窟，正在舉辦所有先鋒艇駕駛員都向往的八小時飛行耐力賽。蘇菲亞鼓勵克勞士和拉薇他們參加比賽。同時，在洞窟的地下，地平洞窟的另一項著名活動，也就是黑市的拍賣會也正準備要開始。

在拍賣會會場，為了競標最後登場的“EXILE之門”，亞力克斯和另一位身分不明的人士之間展開了一段激烈的喊價。在這同時，進入了終盤戰的八小時耐力賽，也由於克勞士機與迪奧機之間幾乎不分軒輊的競爭，讓塔琪安娜機順利完成了任務。

亞力克斯得到了被稱為“EXILE之門”的關鍵謎詩之一。針對這點，安那托勒皇帝派出了新建戰艦烏爾班號的艦長文生負責與亞力克斯談判，要求交出關鍵謎詩與“貨物”，卻遭到亞力克斯的拒絕，選擇了與烏爾班艦隊的決戰之路。

龍之牙。這個在上升氣流的雲海漩渦中聳立着無數奇形巨巖的地點，正是亞力克斯所最擅長的戰場。“前進方向，龍之牙。迎擊烏爾班號！”，隨着亞力克斯的號令，銀之戰艦與直屬於安那托勒皇帝的烏爾班艦隊之間的決戰於焉展開。

塔琪安娜在與烏爾班艦隊之戰裏中彈而陷入慌亂，還好由於克勞士反應機靈才勉強迫降成央C但是降落之處卻是一片荒涼的沙漠地帶。相對於拼命想辦法修復先鋒艇的克勞士，自尊嚴重受損的塔琪安娜卻有如失去了生存的意志。兩人度過了一個漫長的黑夜。

克勞士與拉薇的父親兩人，曾經是國內馳名的先鋒艇駕駛員。10年前，他們接受了一項重大的任務，嘗試挑戰飛越大風暴區，結果卻因此喪失了性命。為了達成父親們的夢想，以飛越大風暴區為目標的克勞士與拉薇，兩人之間卻逐漸產生了微妙的差距。

克勞士與塔琪安娜在安全獲救後，塔琪安娜給人的感覺卻變得和過去有點不一樣。拉薇由於懷疑他們兩人之間是不是在沙漠中發生了什麼，因此在面對克勞士時不禁有些彆扭。在這同時，迪奧給克勞士看的一張照片令克勞士驚愕不已。在重新起飛的銀之戰艦裏，亞力克斯對克勞士道出了真相…

銀之戰艦的副艦長蘇菲亞，她的真實身分竟是安那托勒帝國的公主。在對亞力克斯的一片痴心破滅後，蘇菲亞回到了帝都，在那裏等着她的，卻是已下定決心與度西斯開戰的父王的冷酷對待。有如雪上加霜般的，攻下了諾齊亞的度西斯殘存艦隊這時開始對帝都展開攻擊，令帝都頓時陷入了火海。

由於度西斯艦隊的突襲，令帝都陷入了一片火海，安那托勒皇帝與宰相馬留司也在打鬥中同歸於盡。好戰的維提留斯將軍，還想用潘多拉巨炮作最後的抵抗，卻被安那托勒的新型戰艦烏爾班號擋在了前面。在烏爾班號上，乘坐的是身負宰相和平遺願的文生以及蘇菲亞公主…

10年前，有兩架先鋒艇帶着和平書簡打算飛往度西斯，最後他們卻隨著書簡一起被大風暴區所吞沒，如今在諾齊亞的土地上，這封書簡的副本終於透過蘇菲亞公主的手交到了度西斯的領導人手上。兩國約定要合力打破來自基爾特公會的控制，度西斯並答應要全力協助找到EXILE。

在蘇菲亞的加冕典禮上出現了基爾特戴芬妮總帥的航艦。蘇菲亞隨着文生一起來見總算從一時的狂亂中了恢復冷靜的亞力克斯。蘇菲亞命令兩人必須協助自己找到EXILE。文生安撫了訝異的亞力克斯，讓銀之戰艦與烏爾班號一起以EXILE為目標，朝着大風暴區前進。

在大風暴區裏，銀之戰艦與烏爾班號持續進行着以音響魚雷搜索EXILE的行動。但是一直遲遲無法捕捉到EXILE的存在。這時在艦內，為了慶祝迪奧的生日，艾兒他們正在舉辦一個小小的生日派對。迪奧為大夥的這份心意開心的不得了，卻不知希卡達正率領大批基爾特機迫近，打算來帶他回去…

成幼滅攉XILE之後，克勞士和迪奧興高采烈地回到銀之戰艦上。但這時銀之戰艦已經被希卡達他們所制伏了。而且在艦橋等着他們的，竟是戴芬妮本人。魯修拉拘捕了嚇壞了的迪奧，蘇菲亞雖然逃到了烏爾班號，但EXILE之鑰艾兒，卻被戴芬妮給抓到了。

克勞士、艾兒、迪奧和亞力克斯被帶到了基爾特。被戴芬妮控制了心智的迪奧，參加了爭奪下一代總帥寶座的殺戮儀式“成人禮的試煉”。在這段時間裏，戴芬妮用艾兒打算起動EXILE。在這同時，在銀之戰艦上，拉薇終於修復完成了她和克勞士的先鋒艇。

魯修拉其實是迪奧小時候所獲得的一項“禮物”。兩人雖然從相識當初便是主僕關係，但迪奧一直都是用最自然的態度來對待魯修拉。因此當看到迪奧在戴芬妮的控制下喪失了心神，魯修拉於是採取了行動。在這同時，安那托勒與度西斯同盟軍，也開始向引擎組件展開了攻擊。

成弗惆謅F引擎組件的安那托勒與度西斯同盟艦隊，終於衝入了大風暴區。他們的目標是戴芬妮總帥。但是，基爾特艦隊卻擋在了前面。在麥德賽司令的率領下，同盟艦隊雖然勇敢進行突擊，卻在基爾特艦隊壓倒性的火力下，紛紛被擊沈。這時，先鋒艇隊開始衝進了基爾特艦隊。

EXILE巨大的“觸手”，不分敵我的攻擊起了同盟艦隊以及基爾特艦隊。這時，克勞士正偕同艾兒一起飛往龍之牙。為了營救身陷危機的銀之戰艦，唯一的辦法就是讓艾兒去控制EXILE。相反的，只要沒有了艾兒，就可以把EXILE完全據為己有的戴芬妮，則派出了刺客打算去殺害艾兒。

EXILE接二連三的擊沈了同盟艦隊。依然勇往直前的同盟軍，更進一步的遭遇到基爾特艦隊的炮火攻擊。蘇菲亞判斷説要突圍戰場，只有靠擊落戴芬妮乘艦一途，於是讓銀之戰艦率領了烏爾班號及其它殘餘艦艇一起前進。但是，烏爾班號卻為了保護銀之戰艦而沉沒，銀之戰艦也被EXILE的觸手所抓到…