墨村良守是一個雖然不情願，卻得繼承代代相傳的結界師這份工作的小學生，因為代表間流結界術正統繼承人的方印就出現在他的身上，而年紀比她大了幾歲的兒時玩伴雪村時音，同時也是另一個號稱是間流結界術正統繼承資格的雪村家族的新一代傳人，有一天兩人在出任務的時候，時音為了保護良守受了重傷，讓良守下定決心要變得更強，不再看到任何人受傷害。

良守已經長大了，而且他的力量已比以前強大得多，因為他希望能保護雪村不再受到傷害，而且因為雪村喜歡蛋糕做的城堡，所以良守還開始學習怎麼做蛋糕，但是受到保守頑固的爺爺強烈反對。某天晚上，雪村在出任務的時候被困住了，良守為了保護雪村，不惜違背傳統，穿上更方便行動的運動鞋，以貼身戰的方式成功困住妖怪，接著兩人合力消滅了頑強的妖怪。

時音突然回憶起她死去的爸爸，讓她有點悵然若失，這時一位自稱是裏會介紹來的術者-春日夜未，宣稱是來烏森之地執行機密任務，卻設計困住時音跟良守。原來她是一名操鬼師，因為忌妒正統傳人家族，而想靠著烏森之地來增強自己的鬼的力量。

操鬼師春日夜未大鬧烏森之地，希望能讓能力之弱而被瞧不起的夜鬼增強它的力量。但是夜鬼卻在吸收了烏森之地的力量之後變得過於強大，也因此失控不再聽從春日的掌控。良守在不想傷害它的心態下手下留情，但是卻愈來愈無法與它對抗了。

良守在學校發現了個浮游中的人類靈，於是盡力苦勸他離開，以免他感染了烏森之地的氣而必須要將其退治，但是當他知道這個靈魂是一名點心師傅後，良守開始向他討教做蛋糕的技巧。時音卻反對他對人類靈如此親近，因為靈魂對一般人而言是有害的。

良守的同學-神田百合奈是個有靈感的人，所以也因此發現到良守也能看到靈魂。烏森學園裡77個奇異事件之一的“不合時節的櫻花”又在不該開花的季節裡再度盛開，於是百合奈與同學約好在半夜來賞櫻花，結果竟遇上良守與時音在收拾妖怪。

一直無法成佛的點心師傅，原來是因為掛念著弟弟俊彥，良守於是決定與“微笑心靈諮詢中心”的負責人-大媽，聯手為他實現最後的願望，也就是要讓弟弟原諒他，但是首先為了要取信俊彥，要先做出真彥在兩人小時候做過的蛋糕。

認真的在修練結界術，但是他一心只想增強結界的力量，卻忽略了準確與應用上的問題。當晚所出現的妖怪冰渡，它的冰鑽攻擊竟然能穿透良守的結界，於是擅長應用的時音便利用了良守的力量，成功的將冰渡擊倒，讓良守重新體認到結界術的奧妙。

一位高中部新來的英文老師-三能，似乎連時音也對他很有好感，讓覺得三能很可疑的良守很不是滋味的，結果良守的擔心是對的，三能竟然是一個可以操控妖怪的異能者，而且不只如此，從三能的身上竟然還散發出不同妖怪的氣息。

精心製作出的蛋糕，時音雖然覺得好吃卻不希望良守沈迷於蛋糕，於是刻意擺出不高興的樣子，良守因此而心灰意冷，爸爸修史為了鼓勵良守重拾對蛋糕的熱情，決定讓他吃吃全國最棒的巧克力蛋糕，但是後來卻還是須要良守召喚出式神幫忙排隊。

斑尾昔日的同伴鋼夜突然現身在烏森，原來斑尾和鋼夜，在400年前是對合作無間的野狗，後來因為人類入侵讓它們失去了棲息處。最後它們含恨而終並成為妖怪，但是在後來結界師間時守上山收服斑尾和鋼夜，沒想到當時的斑尾竟然對間時守一見鍾情。

為了打倒鋼夜，良守只好採取了斑尾的意見，解開了爺爺千交待萬交待絕不能解開的封印，雖然斑尾的力量還是不足以對付鋼夜，但是後來經由良守的牽制，讓斑尾發出致命的一擊，雖然因此而解決了鋼夜，但是已然失控的斑尾卻必須再度封印起來。

良守那身為夜行首領的哥哥正守回來了，因為在以前，時音總是會整天黏著他的哥哥，而後則是因為結界術的能力總是會被拿來和哥哥相比。所以從小良守就不喜歡親近這個大哥，不過，這次正守回到家裡除了探親之外，似乎還別有目的。

正守為了測試良守目前的能力，刻意將植物系妖怪放置在烏森之地，植物系妖怪吸收了烏森的力量之後迅速的繁殖成長，讓學校在極快的速度中被一片樹海所吞沒，良守為了退治它，決定張開超大結界罩住學校。

原來正守回到墨村家是為了調查一群打算對烏森之地有所企圖的不明組織，但是他也似乎另有打算，他總是在暗地裡觀察著良守的能力，並確認烏森之地目前的力量。此時，該組織中派出個監視者，其操縱的式神出現在烏森之地，正守會如何處理呢？

在烏森學園裡現身的烏龍大人，他是來找結界師的。結界師一直存在個重要工作，也就是在烏龍大人床鋪壞了之時，有義務要幫他修理床鋪，但是在進行之前，必須先填飽烏龍大人無底洞似的肚子。而且，所謂的修理床鋪，似乎沒想像中那麼容易。

前往烏龍大人居住的無色沼而去的良守，他跳進了池塘出現的洞穴裡，朝著烏龍大人的的床舖前去。但是那裡…其實是神的領域。正守叮嚀良守，一修復完床鋪就快回來，但是良守為了想封印烏森而向烏龍大人追問烏森的秘密，但是回去的洞穴卻快消失了。

利守是墨村家的老么，平時冷靜又聰明乖巧，是個比哥哥良守更能讓大家放心的孩子。今日的利守在好友的拜託之下，帶著他們到家中做特別作業，但因為他怕朋友會在家中搗亂，於是將良守形容得很可怕。但是，沒想到，良守卻穿著圍裙出來應門。

良守還在為解開烏森之謎煩惱著，但是神秘組織決定對烏森之地發動攻勢，派出了能操縱羽毛的三位一體妖怪-白羽兒，並且戰術性的先以逃避的方式來測試良守他們的能力，而他們竟然因此而擁有了烏森之力，這該如何應付呢。

良守和時音與妖怪白羽兒陷入苦戰，並非以力量型取勝的時音究竟該如何取得勝機？但靠著時音的靈機一動，她配合著良守困住白羽兒的結界，將結界變化貫穿了白羽兒，而後，他們卻又馬上發現這背後其實是一個具有組織的行動。

良守和時音在煩惱該如何找出，可能披著人皮隱藏在烏森裡的妖怪時，初中部來了名轉學生-志志尾限，他以驚人的力量消滅了良守的式神，還識破三能是個異能者。當他在使用力量時會散發出強烈的邪氣，難道他就是該不明組織派來的？

原來志志尾限是派來輔助結界師的，但是良守跟限一開始就不對盤，結果在一次追逐入侵烏森之地妖怪的行動中，限搶先一步退治了妖怪，讓兩人的衝突更加白熱化，而神秘組織的幕後首領也開始按耐不住。

自從限被派來輔助良守和時音之後，就一直搶在他們之頭將妖怪退治，良守和時音反而成了替志志尾收拾善後的輔佐角色了。就在這時候出現了妖怪大首車，限的戰斗方式在此時的失利，反而讓良守發揮他的戰鬥天性。

自從限來到烏森學園之後，因為他那冷酷的外形很受到女學生的歡迎，也剛好百合身旁的一位兒時玩伴小葵就與限同班，也因為小葵跟限的幾面之緣，而對限抱有好感，雖然良守本人是不太願意接受這種事實。

被稱為地區偶像的八王子君也，雖然是外校的學生，但是他卻突然出現在烏森學園並指名要找時音。而後他們甚至還狀似親密地離開了學校，看到這情況讓良守按捺不住的追上去，才發現原來他是受到了妖怪的控制。

黑芒樓裡的妖怪們正在計畫研發出新型的人皮外衣，準備對烏森之地發動總攻擊，但是卻有個來自黑芒樓披著舊型人皮的妖怪入侵烏森之地。偏偏良守竟然在這時候感冒，良守的爺爺卻又竟然在緊急時刻閃到腰。

正守被拔擢為裏會的最高領導階層“十二人會”中其中一員，但是其他幹部似乎對他不懷好意。另一方面，良守的老師黑須的肩膀上竟出現了一隻貓靈，良守為瞭如何不使用武力將它退除烏森而大傷腦筋。

妖怪組織黑芒樓竟然在學生上課時間大搖大擺進入烏森學園，這一切都歸功於它們身上所披的人皮之隔絕，讓良守等人完全沒有察覺。負責帶隊的火黑表明不想動武之意，希望良守等人能跟他們坐下來談談。

良守和時音聯手破解了魔方陣之後，又因為灰泉現出原形之後的溶解液攻擊而束手無策，另一方面，限也因為連續兩次被火黑打倒讓他情緒因此失控，竟然無法自製地現出他混合妖的原形，這場混戰會如何下去呢。

黑芒樓的刺客逼得志志尾限現出原形，讓志志尾不但被迫要離開烏森，也對於自己的過去被揭露而又變得封閉起來。良守為了讓志志尾能真正的打開心房，於是咬著牙去詢問最可能知道志志尾過去的正守。

正守在良守的拜託之下，說出了志志尾限的過去。志志尾在他還不能控制自己力量的幼年時期，曾經因無法控制情緒而傷害到旁人，甚至差點殺了自己的親姊姊，所以他的家人將他送入了裏會。

妖獸師花島亞十羅突然來到良守等人面前，要求對他們三人進行考試，如果他們沒有表現出良好的合作默契的話，就要把志志尾帶回裏會。面對老練的妖獸師以及妖獸們，他們該如何應付呢？

黑芒樓發現了松戶平介在背後協助結界師，於是派出紫遠要去暗殺松戶。但是松戶老早就已經安排好一切，在正守的協助之下偽裝成已經死亡的樣子，其實是要偷偷的前往黑芒樓的根據地。

因為黑芒樓的公主身體快撐不下去了，為了讓公主成為烏森的主人，白於是策劃準備對烏森之地發動攻擊。白還指示火黑讓他去煽動志志尾使他動搖，想讓志志尾恢復妖怪的本性，志志尾因此陷入了迷惘。

雪村家的奶奶時子為了尋找通往黑芒樓的道路而外出，時音也因為奶奶不在身邊而感到些許不安。此時，身為夜行首領的正守也帶領夜行到遠方去執行任務，就在這種紛紛擾擾之時，黑芒樓的大軍來了。

黑芒樓縝密的計劃將良守等人的外援全都斬斷了，面對牙銀壓倒性的力量，整個烏森化為火海，讓志志尾了解到除非進行完全變化，否則不可能抵擋。但是一旦完全變化，志志尾可能因此喪失理性。

完全變化的志志尾展現驚人的戰鬥力，終於成功的將強敵牙銀打倒了，但是志志尾卻因為火黑的偷襲而重傷，雖然眾人期望烏森之地的力量能讓志志尾起死回生，但是就在志志尾心滿意足的那一刻。

志志尾限陣亡了，良守還有夜行的人都為了這件事情感傷不已，而黑芒樓也正準備重整戰力對烏森之地再發動一次攻擊，最讓他們擔心的夜行的支援，也因為裏會的扇一郎和黑芒樓的勾結而又要再次被隔離開了嗎。

黑芒樓第一次的大規模行動失敗了，但是馬上開始策劃第二次的計劃，那就是要先釐清土地跟主人之間的關係，並且解開烏森之地存在的不解之謎，於是碧闇帶著左金來到烏龍大人居住的無色沼，將沼裡的水吸乾。

為了替志志尾限報仇，正守率領夜行的所有人將根據地轉移到烏森之地，以避免再受其他事件影響。而良守在知道時子奶奶又要出發前往黑芒樓之後，想盡一切辦法要時子帶他一起去，但是卻被時子以他力量還不足為由拒絕。

就在時子拒絕帶良守到黑芒樓去之後，良守決定提升自己的能力，但是以良守的個性來說卻又拉不下臉拜託自己的爺爺，於是他便自行到山上去找烏鴉當對手。最後終於了解如何用感覺取代雙眼去捕捉對手的動靜。

黑芒樓終於要再度對烏森之地發動攻勢了，雖然這次有正守率領的夜行成員協助，但是時音心中還是有說不出的悲觀之感，但是在她看過良守樂觀的態度之後，終於也能放下心中的石頭，準備面對黑芒樓的大軍。

良守、時音和夜行所有人面對黑芒樓的大軍依然表現的游刃有馀，但是這其實是因為左金保留了實力。而且黑芒樓最主要的目的並非是要攻擊烏森之地，其實真正的目的是要讓紫遠將兩名結界師帶回黑芒樓。

良守自願被帶到黑芒樓之後，他被紫遠所放出的絲線給捆綁住，但是由於良守身上不斷散發出驚人的氣，所以才能免於被黑芒樓的人給控制。就在這個時候，行踪不明的松戶平介竟然現身在良守的眼前，他的目的是。

良守在松戶平介的解救之下總算重獲了自由，但是他為了找出被困住在黑芒樓內的影宮，放棄了與火黑的對決機會。在這之後跑遍城堡的他，竟意外遇到了黑芒樓的主人"公主"，而她之後則給了良守特別的力量。

松戶平介終於找到他這一輩子最大的仇人，黑芒樓的實質領導人-白，原來松戶最愛的女人愛的卻是白，而鬆戶無法接受白為了追尋自我而放棄愛情的無情舉動，這多年來的糾葛將在此了斷。

良守將影宮救出來之後，要影宮自己先離開，自己要去繼續找出火黑為志志尾限報仇，這時候正守在時子的協助之下正要通過隧道前往異界，一場大戰即將上演。

時音在尋找良守的時候摔到城堡下，意外的被藍緋幫了一把，於是在時音的詢問之下，藍緋說出了一場讓她難以忘懷的往事，那是一段人妖之間的畸戀。

良守和火黑終於展開了最後決戰，雖然良守在對戰中處於劣勢，但是在施展了新的結界術之後，局勢似乎有逆轉的可能性。但是，他卻在之後透過火黑的口中得知，他其實在還是人類時就見過這個招術，而這結界術似乎叫作絕界。

面對火黑施展全力的攻擊，良守尚未完成的絕界已經無法抵擋了。這時候對自己一直以來幫不上忙而感到心急的影宮，於是他跑上前去奮不顧身的為良守擋下火黑的攻擊，但是影宮意外的舉動卻讓良守發動了一股驚人的力量。

黑芒樓的領導者白與公主間的羈絆，讓白得到了遲來的領悟。另一方面，得到公主所給予的力量並發揮出暗藏之力而導致昏死的良守總算被時音給喚醒，於是一行人就在黑芒樓的崩毀之中趕了回來。