这一年地球气候异常……七个就读于同一所小学的伙伴八神太一、石田大和、武之内素娜、泉光子郎、城户丈、太刀川美美、高石武正在参加夏令营，突然一场暴雪来临，孩子们被迫和其他人分离，到山上的庙中避雪。大雪过后，七人意外地发现从天空中落下类似传呼机的仪器，随后众人突然全部来到了一个陌生的地方，而且每个人都有一个自称是数码宝贝的同伴。从数码宝贝的口中得知这里叫做法易路岛。　　突然众人受到古加兽的攻击，并被逼到悬崖，尽管实力悬殊，但七只数码兽仍然为保护同伴奋力战斗。众人深受感动，眼看不敌古加兽时，神秘仪器突然发出光芒，七只数码兽全部进化了。他们的实力加强了许多，齐心协力终于打倒了古加兽。正当大家庆祝胜利时，古加兽又站起来了，并将众人打落悬崖……

关键时刻，哥玛兽召唤出鱼群大暴走救了所有人，众人讨论了一下关于这里以及数码兽，但毫无结果。然后众人来到大海处，发现电话亭，但每个电话都打不通。众人分配了食物，太一给了亚古兽一点。这时，贝壳兽出现了。除了亚古兽外，所有数码兽都因为没力气不能战斗。亚古兽最后不敌贝壳兽，太一为救他也被抓住。最后太一的神秘仪器再次发光，亚古兽进化成暴龙兽并把贝壳兽打跑。

太一不明白为什么亚古兽进化后又退化。就在这时，两只性格温顺的角龙兽突然冒出来并且扭打在一起。后来大家发现一个在湖心小岛上的无人电车，阿和也道出阿武是他弟弟的事实，但父母离异。于是大家决定在那里过夜。太一在守夜时踩中连在小岛上的海龙兽的尾巴，致使它疯狂起来，阿武掉入水中，阿和为救他陷入险境。最终加布兽进化成加鲁鲁兽打败了海龙兽。

比丘兽总是啰嗦个不停，引起素娜的不满。众人离开森林，来到一个磁粉沙漠，太一用望远镜发现了比高兽的村庄。然而水井里面突然喷出火来。水源所在的山的守护者火焰兽也发狂似的冲下来。比丘兽在疏散比高兽的时候落在了最后，遭到火焰兽的攻击从小山山掉下来。素娜立即冲过去抱住她。其他数码宝贝用火焰攻击火焰兽时他越变越大。后来火焰兽准备跳下去时比丘兽保护素娜的决心使她进化成巴多拉兽，最终打败火焰兽。从火焰兽身子里飞出几个黑色齿轮。

光子郎没有电池的笔记本电脑突然有电，大家非常奇怪。太一他们到了一间无人工厂，所有机器都将零件组装再分解，光子郎进入了一个充满了古怪文字的动力房，后来将其中一划抹去，突然整间工厂停电，光子郎将那一划加上，电力就恢复了，光子郎想尝试分析那个程序，但因为甲虫兽突然过热而停住。另一方面，受黑色齿轮影响的安杜路兽追杀太一他们，虽然亚古兽及加布兽都进化，但始终打不赢完全体的安杜路兽，光子郎再次尝试执行那个程序，甲虫兽进化成为比多兽，并将安杜路兽打败。大家从下水道出去时，光子郎的电脑又突然没电了。

离开了下水道之后，太一他们因为遇到一大群的鼻涕兽而各自逃亡，美美遇上发狂的熊仔兽，但经由鼻涕兽的帮助而逃过一劫。美美后来进入了玩具城，但是发现太一他们行为不正常，像没有了感情一样，而且跟随他们的数码宝贝也不知去向。终于，美美和巴鲁兽在一间屋子里头找到了被关起来的数码宝贝们，亚古兽告诉美美现在只有她们两个能救大家，但两人却不自信。熊仔兽攻击美美，鼻涕兽为了要保护美美而组合起来挡住可爱攻击，巴鲁兽非常感动，于是进化成为仙人掌兽，击败熊仔兽。原来熊仔兽因为受了黑色齿轮影响而将人类变成玩具的玩具，最后熊仔兽给了他们真正的爱心一击来作补偿。

阿丈因为认为吃蛋只能加椒盐而被歌玛兽嘲笑呆板。晚上，太一与阿和为是否上一座高山而争执，阿丈越帮越忙。阿丈为七人中自己年纪最大的却帮不了忙自责，于是深夜与歌玛兽上山。黎明时，亲眼目睹黑色齿轮进入温顺的独角马兽使它发狂。太一他们赶到但力有未逮，无法与之对抗。阿丈欲将独角马兽的黑色齿轮弄下来，但被其甩下去。歌玛兽及时进化成海狮兽救下阿丈并打碎黑色齿轮。众人上了山顶却发现这里是个四面环海、远离大陆的孤岛。

狮子兽被恶魔兽灌入黑暗齿轮，成为了恶魔兽的手下，和奥加兽一起袭击孩子们。但他们不敌六只成熟期数码宝贝。恶魔兽趁乱制造崖崩偷袭他们，也未成功。众人发现了一间庄园，由于数码宝贝们太过劳累，被迫在庄园过夜。夜里当亚古兽在厕所时因为放屁，把准备发动偷袭的奥加兽熏了出来。恶魔兽和狮子兽也随即出现，原来这一切都是恶魔兽制造的幻觉，恶魔兽让还睡在床上的孩子们同法路易岛一起漂流分散。狮子兽开始攻击太一，亚古兽不敌狮子兽，这时神秘仪器发出光芒，使狮子兽停止了攻击，然而当太一漂走后，狮子兽再次对恶魔兽俯首称臣。

太一和亚古兽漂流到一个冰山上，就在他们试图搞清楚伙伴们漂流到什么地方去的时候，雪人兽袭击了他们，太一让没有力气进化的亚古兽卷成球踢到雪人兽身后，摧毁嵌在他背上的黑色齿轮。雪人兽告诉太一阿和与加布兽跌了到另一个岛，而且为报答太一，他冻结了一条冰路送太一和亚古兽前去，另一方面，阿和为寻找阿武，在风雪里感冒了，加布兽用自己的皮为阿和取暖，因而自己也得了感冒。太一，亚古兽和雪人兽来到，雪人兽去寻找草药治阿和与加布兽的感冒。阿和急于寻找阿武，头脑发热，被太一拦下，就在这时，毛人兽出现并打断悬崖，令太一和阿和坠崖，幸得雪人兽经过，恢复了体力的亚古兽和加布兽进化并击碎了毛人兽胸口的黑色齿轮。 战斗时一座山被撞裂，露出黑色齿轮，加鲁鲁兽往那里喷射“妖狐火焰”使齿轮逆转，小岛开始漂回法路易岛。

美美因大便兽的指引而遇到光子郎，光子郎在遗迹里研究，但他太入神而令美美发怒，和甲虫兽进入了遗迹的迷宫，光子郎发觉后便指引美美走出迷宫，但美美遭到迷宫守护者人马兽的攻击，走投无路之时，光子郎将墙壁打破，巴鲁兽及甲虫兽的进化使人马兽恢复正常，半人马兽告知二人自己守护在此正是为了等待他们，根据预言的记载，孩子们是被选召来这个世界，他们将利用手中的神秘仪器——数码暴龙机和自己的数码宝贝一起拯救世界。　　狮子兽突然出现，开始攻击孩子们和人马兽，要阻止孩子们达到目的，众人不敌狮子兽，数码暴龙机发出光芒赶走了狮子兽。光子郎研究怎样可以黑色齿轮停止运行，后来美美将齿轮踢一脚，除了令小岛飘回法路易岛之外，还令光子郎明白实际行动比理论更重要。

阿丈和哥玛兽在海上漂流时受到奥加兽袭击，哥玛兽由于吃了吃光了紧急口粮而恢复一部分体力，于是进化成海狮兽并将其击败，但随后由于体力耗尽退化，使他们跌了下海，素娜及比丘兽将他们救起。他们进入了一间教堂，那里的人突然变成了猛鬼兽，抓住他们。哥玛兽和比丘兽用智慧拿到了食物，恢复了体力，然后进化。阿丈念佛经削弱了猛鬼兽的力量，最终打败了猛鬼兽。

恶魔兽多次行动失败，对狮子兽和奥加兽的行动不满，狮子兽连连道歉。与此同时阿武和巴达兽到了一个充满光鲜色彩、趣致图形以及很多幼年期的数码宝贝的村落。他们因为照顾方法不当致使幼年期数码精灵及数码精灵蛋的保姆——艾力兽非常不高兴。他与巴达兽打起来，由于幼年期数码宝贝受巴达兽的战斗而哭起来。阿武和巴达兽不得不留下来哄年幼的数码宝贝们，最后巴达兽和艾力兽通过一场正式比赛结交成好朋友。这时，恶魔兽感到机会来了，派出了狮子兽，狮子兽在高山上虎视眈眈的注视着下面的高石武，内心盘算着计划……

阿武和巴达兽受到狮子兽、奥加兽袭击，太一、阿和、光子郎和美美及时赶到。他们的数码宝贝均进化与其对抗。这时，数个黑色齿轮进入狮子兽的身体令他身体变得异常庞大，实力大增，众人不敌狮子兽。后来众人利用神圣计划逼出黑色齿轮使狮子兽恢复正常形态。　　最后七人和狮子兽共同上无限山，看到吸收了无数黑色齿轮变得极其巨大的恶魔兽。六只成熟期数码兽也无法与其对抗。最后巴达兽进化成天使兽，用所有数码兽宝贝力量与恶魔兽同归于尽。不过天使兽死了以后，留下了一个数码蛋。

太一他们从无限山上的全息投影仪中见到了一个自称玄内的老人。他让他们出海去遥远的沙拔大陆，而且他说在某个地方有进化钥匙和徽章，可以使数码宝贝再进化。他还将地图输入了光子郎的电脑里。之前遇到的数码宝贝都来帮忙，很快就能出发了。而且这时阿武抱着的数码蛋破裂，浮游兽诞生。在漂流的途中遇到巨鲸兽，将它的黑色齿轮弄下来后，它带他们到了海底。众人在那里打败了钻地兽，并找到了进化钥匙。

太一等人上岸后，来到滚球兽的村庄，却发现那里都是柏古兽。浮游兽在吃了点东西后进化成迪高兽。晚上，柏古兽将迪高兽带到了一个瀑布后面，那里全是被关着的滚球兽。第二天，大家到处去找迪高兽，亚古兽走到瀑布那里时，被加支兽攻击。他不敌，便向瀑布发射火球。太一发现后赶来，让亚古兽进化成暴龙兽打败加支兽。然而这时，第二个敌人悟空兽用立体影象出现在大家面前，用爱之小夜曲令所有数码兽都全身无力。滚球兽们将众人带到一个墙壁前，太一将进化钥匙放在上面，墙壁变成了徽章进入了钥匙，并显现出一条通往远方的出口。

光子郎总结以往的进化，认为首先数码兽要有充足的体力，还有就是同伴遇到危险。太一便不停地给亚古兽喂东西吃。素娜说以前他能很冷静地观察周围，但现在却不是。众人来到一座竞技场，被悟空兽关住，暴龙兽被迫与另一只暴龙兽角斗。由于吃太多东西发不出必杀技，暴龙兽被打倒。这时阿丈发现地上有徽章的图案，地砖变成了徽章进入了进化钥匙并且出现了通道。出来后，太一故意让自己处于险境，逼迫暴龙兽进化。纹卡终于发光，但却是黑色的光，暴龙兽黑暗进化成丧尸暴龙兽，失去理智地到处破坏。最终消耗了所有体力退化成滚球兽。

玄内老人通过立体影象机告诉太一他们必须对数码精灵有正确的培育方法，否则会不正常进化。但他们不明白所谓“正确”到底是什么。他们上了一艘航行在沙漠中的游轮。悟空兽的手下巨鸡兽将所有男孩捉起并将他们的数码宝贝变成石头，然后去袭击正在洗澡的阿空和美美，但她们提前逃走了。巴多拉兽和仙人掌兽打败了巨鸡兽，救了所有人和数码宝贝。他们迅速逃走，巨鸡兽驾驶游轮追击。突然一棵巨型仙人掌救了他们。而且那棵仙人掌开花，出现了美美的徽章。但他们都很迷茫，不知道应该怎样去用。

一只古加兽出现并袭击太一他们，太一却因为害怕黑暗进化，不愿让亚古兽进化，小妖精兽出现拯救了众人。它带孩子们到他的结界并展开训练。晚上，阿和与光子郎出了结界发现了他们的徽章，却被悟空兽发现并派巨龙兽袭击他们。太一和亚古兽经过小妖精兽的特别训练而回复了进化的自信，亚古兽进化成暴龙兽并非常轻易地将巨龙兽打败。

光子郎在检测悟空兽的网络时，接到一封神秘电子邮件，并根据邮件内容指引找到了阿武的徽章。还在那个山洞里发现了一些文字记载，光子郎分析了那些文字，总结出数码世界是在现实世界的网络的基础上建立的世界。所有事物都由数据组成。这令太一认为即使数码世界的自己死了，现实世界的自己也没事。众人潜入悟空兽的基地救邮件的发出者，发现是分子兽。当大家救出分子兽时，他告诉大家他只是为报复悟空兽并抓走素娜和比丘兽。当太一想不顾一切救回素娜时，光子郎告诉他如果在这里死的话在现实世界也会死。太一只好眼睁睁地看着素娜被抓走。

太一和光子郎从暗道跟踪分子兽。最终太一鼓足勇气战胜死亡威胁，他的勇气令徽章发光。他找到想复制素娜并用她的徽章来令比丘兽进化以报复悟空兽的分子兽。当两人逃出后，分子兽想与悟空兽同归于尽将他拖到暗黑网络中，结果令悟空兽和暗黑网络结合。太一用无比的勇气令纹卡发出光芒，最终令暴龙兽进化成机械暴龙兽，打败了悟空兽。但同时出现的时空扭曲也将太一和机械暴龙兽吸了进去，当太一再次睁开眼睛时发现自己处于现实世界，身边只剩下了滚球兽……

太一回到家中，见到妹妹嘉儿，她居然认识滚球兽。太一惊异地发现现实世界的日期仍是他们去露营的日期。太一打电话给同伴的家中，发现只有自己回来了。突然，他看电视发现世界各地出现了数码宝贝，而只有嘉儿和自己能看见它们。奥加兽也来到了这个世界，滚球兽进化成亚古兽打败了它。时空再次扭曲，太一坚定地选择离开嘉儿，去拯救数码世界。

太一见到晕倒在河岸边的迪高兽，他告诉太一这里已经过了一个多月。大家失散了，阿和去湖对面调查很久也没回来，在此期间小恶魔兽出现并用计离间了阿武和自己的关系，使阿武抛下自己与小恶魔兽渡河。太一便带迪高兽过湖，找到阿武，小恶魔兽阴谋用毒蘑菇使众人失忆，但不停出现的“意外”使阿武和太一迟迟没有吃下蘑菇。亚古兽中途如厕，突然一个声音（其实是素娜）告诉他吃了那些蘑菇会丧失记忆。亚古兽回去揭穿了小恶魔兽，于是阿武与迪高兽和好，使迪高兽进化成巴达兽，最终打败了小恶魔兽。

太一与阿武来到餐厅，遇到在打工的阿和与阿丈，而且阿和不愿与大家离开。原来阿丈来到这里吃饭，没有美元付款而被老板蛋蛋兽勒令打工补偿。阿和来到后，决定首先接回阿武，再来帮阿丈。然而小恶魔兽命令蛋蛋兽想办法拖住阿和，蛋蛋兽就威胁阿和留下帮忙，在不停地使阿丈做错事延长打工期。后来，事情暴露后，蛋蛋兽的手下鼻屎兽抓住阿武，阿丈为救阿武反被抓住。其他数码兽又无法对抗蛋蛋兽。阿和发自内心的友情的呼喊，使徽章发光，加鲁鲁兽进化成兽人加鲁鲁兽，终于击败了蛋蛋兽。

太一、阿丈、阿和、阿武4人分两边找同伴。同一时间，光子郎掉进了专卖脑的宇宙脑魔设置的空间，被拿去求知的心与徽章。甲虫兽用尽全力去唤醒他，一步一步地退化，最终退化成幼年期1的泡沫兽，真诚的眼泪终于使光子郎记起以前的事。　　他们趁宇宙脑魔和小恶魔兽争吵时偷回求知的心与徽章，然后与宇宙脑魔对战。比多兽渐渐招架不住，光子郎的徽章发出光辉，使其进化成超比多兽，终于击败了宇宙脑魔并逃出生天。出来后，遇到了阿和与阿武。

太一与阿丈来到了一个城堡，发现美美竟成了那里的公主。原来城堡主人怪娃皇因卡拉OK比赛失败而陷于冬眠之中，只有美美的歌声能让它清醒。但她一直不肯唱。于是蝌蚪兽和怪蛙兽只有一直服侍她。太一与阿丈串通巴鲁兽想办法录下美美的歌声，却被发现，一齐被关起来。美美做噩梦，梦到素娜说服她回到以前的纯真。终于，她完整地唱了一首歌，使怪蛙皇清醒。然而清醒的他却攻击众人，最后被机械暴龙兽一击压在了城堡的下面。美美与大家上路了。

众人发现了素娜，但她一见面拔腿就跑。太一与阿和联合堵住了她。原来她受小恶魔兽挑拨，认为自己不可能让属于她的爱心徽章发光。众人一齐说服了她。夜里，小恶魔兽的主人终于出动了。小恶魔兽先行攻击素娜，比丘兽挡住冰针受了伤。这时，吸血魔兽出现了，它可怕的攻击力打倒了除了比丘兽外的所有数码兽。阿空不让比丘兽出战，比丘兽的一句话使她想起以前她和她妈妈的往事，了解了一直以为不了解自己的妈妈的爱，最终令徽章发光，使巴多拉兽进化成加偻达兽，救走了众人。

玄内老人告诉他们原来还有第八个被选召的孩子，但不知什么缘故还留在日本。而且吸血魔兽打算到日本去军衔刺杀。亚古兽与巴鲁兽假装参军帮众人潜入吸血魔兽的城堡，跟踪一些邪恶数码宝贝并发现了一个密室。吸血魔兽已经打开大门进入了现实世界。一只叫迪路兽的数码宝贝召唤出一些邪龙兽攻击他们，并准备关闭大门。经过惨烈的战斗，太一他们还是没能穿过大门。

众人在全息投影仪见到玄内老人，他指引孩子们来到他的住所，并告知他们，在吸血魔兽的大门前有个密码锁，要用正确的钥匙卡插入正确的位置才能正确打开前往现实世界的通道。而且问题是只有九个位置，却有十张卡。众人再次进入城堡，遭到邪龙兽与蜘蛛兽的攻击，而且城堡就要塌了。光子郎找出规律，只剩下最后两张卡和一个位置。太一果断地作出判断，大门打开了。众人穿过后发现真的回到了宿营地，但数码宝贝不在身边。当众人怀疑之前的是梦时，数码宝贝们出现了，原来他们去找食物。

众人回到营地，乘车返回。光子郎分析说所有被选召的孩子都曾经住在光丘并且现在都搬走，而且都见过数码宝贝。于是众人决定去光丘调查。结果非但毫无头绪，反而发现一只长毛象兽突然出现在大街上并袭击路人。当大家用尽全力打倒他后，却发现电视上提及四年前的恐怖炸弹事件（即七人第一次目睹数码宝贝的事件），只不过这次所有人都能看见数码宝贝。

众人最后决定回御台场。数码兽在地铁上闹了很多笑话。最后大家被迫拦车请求搭顺风车。突然墨鱼兽出现攻击他们。海狮兽在打败他后，直接从河路将孩子们送回御台场。

太一认为嘉儿是第八个被选召的孩子，但她的神圣计划被她家的猫叼走，所以太一无从知晓。同时，吸血魔兽复制了大量的徽章用来寻找第八个被选中的小朋友。小恶魔兽和光子郎同时发现有数码暴龙机在附近，便进行追踪（其实是乌鸦叼走了数码暴龙机）。烂泥兽出现在海湾附近并攻击人们。比多兽经过战斗收拾了他。可光子郎还是一无所获。

孩子们商量，决定四处寻找第八个被选召的孩子。美美和阿空在东京铁塔遇到强劲的死神火焰兽。它的重金属火焰十分强大。太一和光子郎发现情况并赶到。最后，暴龙兽超进化成机械暴龙兽，经过艰苦的战斗巧妙地打败了他。同时，迪路兽发现了嘉儿，对她产生了怀疑。但它正想杀死嘉儿时却对她产生了亲切感，最终离开了。

阿和及阿武坐地铁回家，阿武和巴达兽吵嘴，巴达兽赌气离开了。阿和、阿武和加布兽寻找它，遇到了吸血魔兽两个贪玩的手下南瓜兽和矿石兽。这两个手下只想玩，而且和他们一起玩。虽然他们调皮捣蛋，但非常善良。可是，最终被吸血魔兽发现，并杀死了。阿和异常愤怒，使加鲁鲁兽超进化。与此同时，巴达兽赶来并进化成天使兽，经过非常残酷的战斗打跑了吸血魔兽，阿和与阿武怀着对南瓜兽和矿石兽的怀念离开了。

迪路兽自始至终怀疑嘉儿。她的朋友巫师兽发现了数码器，把它交给迪路兽使她想起了往事。迪路兽去找嘉儿，为嘉儿挡了亚古兽不小心瞄错的攻击。巫师兽告诉太一迪路兽和嘉儿是第八对拍档，而且他和迪路兽要去拿徽章。当两兽拿到时，被吸血魔兽发现了。吸血魔兽知道了迪路兽的身份，便将巫师兽打进河里，抓走了迪路兽。

吸血魔兽用结界包围了整个御台场，然后派出死神兽去抓所有的孩子，太一、嘉儿还有阿和逃脱，比丘兽为救外出的素娜对她妈妈表明身份。阿丈到阿武所住的地区参加考试。迪路兽被迫一个个认被抓来的小朋友，大人们则被关在一起。素娜和美美一起策划利用佛经削弱猛鬼兽的力量，带领大人们逃跑。然而仙人掌兽被黑暗巨龙兽打败。美美非常愤怒，纯真之泪使徽章发光，仙人掌兽进化成花仙兽，用花圈净化了黑暗巨龙兽的病毒。然而，吸血魔兽出现，杀死黑暗巨龙兽并打倒花仙兽。比丘兽在阿空妈妈的帮助下赶到救走了花仙兽和素娜。

太一遇到阿和，把嘉儿交付给他，然后去救被吸血魔兽囚禁的人。玄内老人教光子郎使用数码结界，那样一定范围内数码兽会看不见人类。保护了家人以后，光子郎也出去阻止吸血魔兽，找到了结界的中心并遇到阿和的爸爸。另一方面，阿助决定乘海狮兽回御台场，正好遇到阿武，便一同回去。途中受到超海龙兽的攻击，阿丈的守信使徽章发光，海狮兽进化成祖顿兽打败超海龙兽。他们见到巫师兽，巫师兽讲了整个故事并把徽章交给他们。死神兽跟踪素娜，找到嘉儿和阿和。阿和他们不敌。嘉儿为救他们说出自己的身份，被死神兽带走。

阿和他们决定与吸血魔兽决一死战。光子郎见到阿和的爸爸并与阿武、阿丈、阿空、阿和汇合，由阿和的爸爸带领到结界的中心。太一见到美美，两人一同赶去。吸血魔兽正想杀小光和迪路兽时，五人首先赶到，随后美美和太一赶到。但吸血魔兽因为吸了许多年轻女子的血而功力大增。它用招攻击小光，巫师兽挡住了这一招，然后死去了。小光的泪使数码器和纹卡都发光了。迪路兽进化成天女兽，结合七个完全体和天使兽的力量终于打败了吸血魔兽。然而，大家发现包围御台场的浓雾尚未散……

玄内老人发邮件告诉大家一个古代预言：“一开始会有蝙蝠从天而降，所有人会高呼传说中数码魔王的名字，在与恶魔数字（启示录中的666，即6时6分6秒）吻合的时候，传说中魔王会以正体出现。那时会有天使出现，而且会将箭射向他们所守护的人的最爱的人，那时奇迹会出现。”后来，究极体的究极吸血魔兽出现。机械暴龙兽、兽人加鲁鲁兽、天使兽和天女兽都无法对抗。最后光子郎分析预言，得出天使兽和天女兽应向阿和与太一射箭的结论。太一和阿和互相鼓励，使徽章发出强光，最后预言实现，亚古兽和加布兽居然从成长期直接进化成究极体的战斗暴龙兽和钢铁加鲁鲁兽。

战斗暴龙兽和钢铁加鲁鲁兽实力极强，但仍无法战胜究极吸血魔兽。其他人也赶来帮忙。但究极吸血魔兽的真身出现，它的力量极其强大，一下就将所有数码兽打倒。危急时刻，孩子们的神圣计划发光，绑住了究极吸血魔兽，战斗暴龙兽和钢铁加鲁鲁兽用必杀技终于解决了究极吸血魔兽。浓雾散去，天空却出现了倒转的数码世界！孩子们想起真实世界的时间流逝远比数码宝贝世界慢得多，数码世界肯定又有危机了，于是毅然决定返回数码世界。

被选召的孩子被暗黑使者钢铁海龙兽、机械邪龙兽、木偶兽和小丑皇攻击，被打至残败。众人不相信这个事情，正当四个暗黑使者准备收拾众小朋友时，小妖精兽赶到。他告诉小朋友们只要他们发现他们缺少了什么，就一定能战胜四大暗黑使者。然后他就用自己的生命将众小朋友送上了暗黑使者的居住地——黑暗旋转山。

孩子们遇到贝壳兽，不需要进化成成熟期就打赢了。大家不小心中了钢铁海龙兽的圈套，被阿路加兽关进一间小屋里弄晕了。只有美美和阿丈跑得慢，逃脱了。他们进化成祖顿兽和花仙兽，打败阿路加兽并救出众人。然而当他们逃跑时，被钢铁海龙兽追上。眼看无路可逃时，巨鲸兽出现并救走了他们。

钢铁海龙兽唤来得力助手奇蛙兽，在海底搜索，最终发现了调整了一下气压的巨鲸兽。经过千辛万苦，巨鲸兽终于摆脱了钢铁海龙兽的追击，出了海面，但同时钢铁海龙兽也出现了。大家分散开来一边对付奇蛙兽，一边对付钢铁海龙兽。战斗暴龙兽被钢铁海龙兽咬住，眼看撑不住时，巨鲸兽救了他。然而钢铁海龙兽却将巨鲸兽打死了。战斗暴龙兽愤怒的一击将钢铁海龙兽钻开了两半。巨鲸兽和钢铁海龙兽都死了，随着钢铁海龙兽的死，魔之山的海洋消失了。

美美非常伤心，不愿继续战斗，导致太一与阿和吵架。木偶兽用地图和玩具玩弄众人，而且将阿武带走。他逼阿武玩战争游戏。巴达兽去找阿武，发现了地图和玩具。阿武在利用智慧将木偶兽引走后，与巴达兽破坏了机关，逃走了。大家在打败了木偶兽的手下奇鸟兽后，阿武回到了大家身边。正当大家夸阿武的时候，阿和突然一反常态地和加布兽走了。

阿和因为觉得阿武不再需要他，开始沮丧起来，而且更离开了大队。同时，小光听到一些声音，但其他人没听到。阿和遇上木偶兽的手下祖利兽，祖利兽更以谗言引诱阿和与太一决战，它告诉阿和如果打败太一他就会变得坚强及振作。此时众人在森林中与垃圾桶兽战斗，危急时刻，阿和出现在大家面前并救了大家，但是，钢铁加鲁鲁兽竟然要亚古兽进化成战斗暴龙兽与它决战。同时，祖利兽因为提醒木偶兽要小心被选召的孩子而被杀死。

经过争吵，最终亚古兽还是进化成战斗暴龙兽与钢铁加鲁鲁兽战斗。太一则与阿和争吵，阿和认为他们并不是同伴。嘉儿突然再次听到声音，有人借助她的身体向小朋友们传达他们被选中的过程。最终所有人明白了他们的确是同伴。然而，尽管阿和明白了他不能和太一战斗，他仍然为追求自我而独自离开队伍。美美也因为厌倦战斗生活而离开，阿丈留下来准备说服她。其他人继续上路了。

正当阿丈和美美离开了大队后，他们看见天上掉下了一颗陨石，同时奥加兽被陨石击中受伤。美美不忍心丢下它不管，就让阿丈为它包扎。突然木偶兽出现，将祖顿兽打败。这时，钢铁悟空兽出现了。趁钢铁悟空兽与木偶兽战斗时，美美和阿丈逃脱。正当他们快要被钢铁悟空兽发现时，一只数码宝贝出现在他们面前，它到底是敌还是友？

在阿助及美美面前出现的，原来是由狮子兽进化而成的究极体黄金剑狮兽。他们来到阿丈打工过的餐厅，但那里已经是废墟了。他们在那里遇到怪蛙兽和蝌蚪兽。这时钢铁悟空兽出现。由于它全身都是全宇宙最硬的金属，黄金剑狮兽难以对抗。而且它为了保护美美受了重伤。最后祖顿兽用也是全宇宙最硬的金属的锤子打破了钢铁悟空兽的身体，最终消灭了它。同时，太一他们经过艰难的战斗，由突然出现的钢铁加鲁鲁打败了木偶兽。狮子兽死了，美美十分伤心，她想去初生之镇，但奥加兽说那里已经是废墟了。于是阿丈和美美决定联合以前帮助过他们的数码兽一起打倒四天王。当太一他们赶到时，阿和再次在大家面前消失了。森林也随着木偶兽的死而消失了。

太一等五人来到一个城市，嘉儿却感冒了。光子郎和太一出去找感冒药，光子郎因为多次上网被机械邪龙兽捕捉到线路而受到攻击。太一非常激动，原来小时候有一次因为他的疏忽，嘉儿差点死去。最后，由于机械邪龙兽无法捕捉到两人，决定炸掉整个城市。幸好阿武察觉，在他们所处的房屋内及时离开。但是，机械邪龙兽却出现在众人面前，用无限大炮将众人打到了地底。

众人在地底失散。素娜、阿武和嘉儿首先会合，他们见到虐待鼻涕兽的黑暗熊仔兽，被它追击。嘉儿的身体突然发光，使数码宝贝变强，也使鼻涕兽醒悟，终于打败了熊仔兽。同一时间，太一和光子郎遇到安杜路兽。但他们也遇到机械邪龙兽。嘉儿他们及时赶到，鼻涕兽被机械邪龙兽全部杀死，使小光极端愤怒。她身体再次发光，使亚古兽恢复能量，进化成战斗暴龙兽，终于打败了机械邪龙兽。城市也消失了。

太一等五人在黑暗旋转山山顶遇到女恶魔兽。太一知道很快就要面对小丑皇，于是叫素娜和阿武立即去找回阿和、阿丈和美美，由天女兽和超比多兽与妖女兽对战。妖女兽非常强大，两兽多次面临下风，但最终天女兽用“天堂紫光”战胜了妖女兽。就在他们胜利的同时，小丑皇出现了。

阿丈和美美发现艾力兽。它在吹阿和的口琴。阿丈断定阿和在附近，决定过河寻找阿和。阿和跌进了黑暗山洞，并且他的自暴自弃使黑暗力量不断包围他。加布兽用真情打动了他，使他明白他一直都不是一个人的。然后山洞消失了。阿丈发现了阿和，而且素娜和阿武也到了。但是，素娜也掉进了同样的山洞，被重大的责任所压迫，被黑暗力量包围。阿和与阿丈也用真情打动了她。于是四人离开山洞，赶往魔之山顶。同时，战斗暴龙兽被打败。太一仍不让大家帮忙，他坚信阿和会回来。阿和真的回来了，他们的友情使友情徽章发光，战斗暴龙兽恢复力量。两只究极体准备与小丑皇一决高下……

小丑皇一时打不过两只究极体数码兽，就把他们变成钥匙扣。而且他追击孩子们，一个个地把他们和他们的数码兽变成钥匙扣。最后，当阿武和小光摔下山崖时，阿武永不放弃的心使徽章放光，使天使兽进化成神圣天使兽，救出众人。美美与其他的正义数码兽赶到，一起向小丑皇与大群邪魔兽发起攻击。最后，集战斗暴龙兽、钢铁加鲁鲁兽和神圣天使兽的必杀技终于打败了小丑皇。然而，玄内老人发电子邮件来说众孩子们的战斗还没有结束。

玄内老人告诉他们真正的敌人是在火墙后的黑暗数码兽。而且它最后出现了。他告诉众人他是所有在进化途中被消灭的数码宝贝的邪念的集合体，而且他的实力超强，首先将所有数码宝贝退化，然后居然破坏了徽章，最后还将孩子们和数码宝贝的数据分解。孩子们在数码宝贝的鼓励下，找回自信，使心中的徽章发光，使数码宝贝们进化并回到了战场。

孩子们将徽章发挥到最高的境界，使数码兽的实力提升十倍，最终挡住了最终一击。一切都完结了。大家准备在数码世界渡过暑假时，玄内却告诉他们数码世界的时间将要恢复正常，而且数码世界的大门也将要关闭。于是众小朋友与他们的数码宝贝做了简短的告别，踏上了归途……但是他们离开时怀揣着一个信念——只要有希望，一定会再见面的。