Durante un campamento de verano, siete niños ven como siete Digivices aparecen del cielo y son transportados al extraño Mundo Digital.

Los niños llegan a una playa llena de cabinas telefónicas, pero ninguna funciona. Aparece Shellmon y les ataca. Cuando Taichi está en peligro, Agumon digievoluciona en Greymon y le salva.

Los niños ven una batalla de Monochromon y huyen. Encuentran un coche de tranvía en un lago y deciden pasar ahí la noche. Por culpa de un fuego, son atacados por Seadramon.

Meramon ataca el tranquilo pueblo de los Pyocomon. Piyomon digievoluciona en Birdramon para derrotarle.

Los chicos llegan a una extraña fábrica. Tras dejar a un Andromon en libertad, les ataca.

Mientras huyen de los Numemon, los niños se separan, y Mimi termina en el País de los Juguetes.

Taichi y Yamato discuten sobre si deben subir al Monte Mugen. Joe y Gomamon deciden subir por sí mismos, donde son atacados por Unimon.

Los Niños son atacados por Leomon y Ogremon, que obedecen a Devimon.

Taichi y Agumon terminan en una región cubierta de nieve. Son atacados por Frigimon, al que logran quitarle la Rueda Negra, y les ayuda a llegar a la isla donde cayeron Yamato y Gabumon.

Koshiro descubre unas ruinas antiguas, donde Mimi inesperadamente se encuentra con él. Koshiro al no hacer caso a Mimi provoca que se enfade y se adentre en las ruinas, que tienen forma de laberinto junto a Tentomon.

Joe es pescado por Sora y Piyomon, después de una pelea con Ogremon. Al oir unas campanas se adentran en la isla encontrando el cementerio Overdel, donde habitan los Bakemon.

Takeru y Patamon encuentran la aldea del comienzo donde empiezan a cuidar de los bebés, ahí son atacados por Elecmon.

Leomon busca a Patamon y Takeru para acabar con ellos, entonces aparecen Greymon, Garurumon, Kabuterimon y Togemon y se disputa una pelea en la que le quitan a Leomon las ruedas negras...

Un misterioso personaje llamado Gennai aparece como un holograma tras la pelea con Devimon e insta al grupo a viajar al Continente Server con el fin de derrotar a otro enemigo. Les habla también acerca de los emblemas, que permitirán a sus Digimon digievolucionar a niveles mayores.

Los niños llegan a la Aldea Koromon, invadido por los Pagumon, que engañan a los niños y secuestran a Tokomon.

Mientras viajan por el desierto, el circuito de Joe reacciona, lo que lleva al grupo a un coliseo romano. Allí, se encuentran atrapados por Etemon y Greymon se ve obligado a luchar contra otro Greymon.

Después de haberse perdido en el desierto, el grupo es llevado a bordo de un barco que viajaba en el desierto que está a cargo de Kokatorimon. Kokatorimon captura todos los niños y petrifica sus Digimon.

Los niños continúan en el desierto, Taichi y Agumon se adelantan un poco y los demás comienzan a conversar de los emblemas, Mimi y Joe aún no se sienten seguros de criar bien a sus digimons a pesar de que tienen sus emblemas, Yamato recuerda que no los tienen todos, Koshiro piensa en que primero deben recolectar todos los emblemas y luego decidir qué hacer, en tanto Taichi y Agumon caen en un agujero negro y son atacados por Kuwagamon. Agumon se enfrenta a él, pero sus ataques no hacen daño...

Los Niños Elegidos reciben un mensaje que pide ayuda a cambio de un emblema. Mientras van, encuentran el de Takeru Llegan a una pirámide invertida. Cuando entran en ella, se topan con Datamon.

Taichi vuelve a entrar en la pirámide para rescatar a Sora, mientras fuera los demás distraen al ejército de Etemon. Dentro, Datamon planea usar una réplica de Sora para que usar su emblema y derrocar a Etemon.

Taichi y Koromon han vuelto a Tokyo. Taichi se dirige a su casa, donde observa que en el Mundo Real, sólo han pasado unos pocos minutos desde que se fueron aunque pasaron varios meses fuera. Sin embargo, en la calle se observa que hay Digimon en el Mundo Humano.

A su regreso, Taichi localiza la señal de un Digivice. Se topa con Tokomon, que dice que un Digimon llamado DemiDevimon ha engañado a Takeru, por lo que deciden ir a por él.

Yamato y Joe llevan tiempo trabajando para Digitamamon, que se las arregla para que cuando van a pagar su deuda, fallen. Yamato está harto. Joe se enfrenta a su jefe, que les ataca.

Koshiro y Tentomon llegan a un monte, donde caen al vacío. Vademon obliga a Koshiro a liberarse de su mente curiosa para salvarse, lo cual provoca que Tentomon baje a su forma bebé.

Taichi, Joe, Agumon y Gomamon llegan a un palacio lleno de Gekomon y Otamamon. Estos trabajan para Mimi, ya que necesitan que cante para despertar a su amo, ShogunGekomon. Sin embargo, cuidar tanto de Mimi ha provcado que ella empieze a usarlos a su antojo.

El grupo se reúne por fin, aunque falta Sora. Todos comienzan a buscarla y loigran dar con ella. Dice que necesitaba estar sola, pues no se identificaba con su emblema. Myotismon hace su aparición, pero los Niños no logran vencerle.

Gennai ha localizado otro Niño Elegido en el Mundo Real, pero el problema es que Myotismon también, y pretende viajar allí para eliminarle. Los Niños buscan la forma de colarse, pero los numerosos aliados de Myotismon se lo pondrán dificil.

Después de fracasar en su intento de regresar a Japón los niños salen del castillo porque fueron atacados por los Devidramon. Fuera del castillo protegido por los Devidramon los niños se comunican con Gennai expresando su preocupación por lo que podría pasar en su mundo, Gennai les dice a los chicos que hay una posibilidad de regresar a su mundo.

Los chicos han logrado volver al campamento junto a los Digimon, y descubren que el tiempo no había pasado desde que se fueran al Digimundo. Como el campamento se ha suspendido por la nevada, vuelven a casa.

Pensando que el Elegido también se mudó, deciden volver a sus casas, para lo cual deberán viajar con los Digimon en transporte público y haciendo auto-stop, mientras Myotismon sigue con la búsqueda del Octavo Niño.

Por fin los Niños llegan a sus casas. Koshiro revisa el material entregado por Gennai, y ve algo raro en un mapa. Al ver que ninguno de los Niños está disponible, Kabuterimon queda luchando con Raremon mientras Koshiro busca al Niño Elegido.

Los Niños Elegidos siguen en buscando al Octavo Niño. Tailmon empieza a sospechar que se trata de Hikari. Mientras, Koshiro, Taichi, Sora y Mimi pelean contra SkullMeramon en la Torre de Tokyo.

Mientras los Niños Elegidos continúan su búsqueda, Yamato y Takeru buscan a Patamon, que había peleado con Takeru Se topan con Pumpkinmon y Gotsumon, dos siervos de Myotismon que están mucho más interesados ​​en divertirse que ayudar a Myotismon.

Wizardmon encuentra el Digivice de Hikari, y reúne a Tailmon con ella, quedando revelado que son compañeras. Tailmon y Wizardmon intentan recuperar el emblema de Hikari, pero Wizardmon es vencido por Myotismon, que se lleva a Tailmon para que le revele quién es el octavo Niño.

Myotismon crea una barrera alrededor de Odaiba y sus siervos Phantomon y Bakemon empiezan a capturar a llevarse a las personas de la ciudad como prisioneros. Sora y Mimi son atrapadas e intentan escapar. Piyomon y la madre de Sora acuden al rescate.

Myotismon usa a Tailmon para encontrar al Octavo Niño. Hikari es localizada por Phantomon y se entrega para proteger a Yamato y Sora. Mientras, Joe y Takeru montan a Ikkakumon para llegar con sus amigos, pero son atacados por MegaSeadramon.

Los Niños Elegidos se reúnen, con la ayuda adicional de Wizardmon, que fue rescatado por Zudomon, y se dirigen a la Torre de TV. Myotismon logra derrotar a los Digimon de los Elegidos. Cuando usa su ataque definitivo contra Hikari y Tailmon, Wizardmon se interpone, sacrificandose. La digievolución se dispara...

Una Antigua Profecía enviada por Gennai a Koshiro revela que a las 6 horas, 6 minutos y 6 segundos el mal regresará, y en efecto, Myostismon vuelve, esta vez en una forma superior, VenomMyotismon.

WarGreymon y MetalGarurumon logran destruir definitivamente a VenomMyotismon, y la niebl se disipa. Sin embargo, los problemas siguen: en el cielo se refleja el Mundo Digital, y algunos Digimon aparecen por la Tierra. Sabiendo que su misión no está terminada, los Niños deciden regresar al Mundo Digital.

Al regresar los Niños, se topan con un Mundo Digital muy cambiado, con muchas zonas que ya visitaron en otros lugares y se encuentran con sus nuevos enemigos: los Amos Oscuros, cuatro Digimon de nivel Mega.

Los Niños, caminando a la Montaña Espiral, cuartel de los Amos Oscuros, regresan a la playa donde se enfrentaron a Shellmon, que vuelve a atacarles. Scorpiomon, un enviado por el Amo Oscuro MetalSeadramon logra atraparles.

MetalSeadramon envía a sus tropas de Divermon en busca de Whamon, que empieza a huir, con los Niños en su interior, a las profundidades oceánicas. Cuando le localizan, Whamon se enfrenta a él tras poner a los Niños a salvo.

Tras preparar un tributo por sus amigos caídos, los Niños se adentran en el Bosque, donde son burlados varias veces por Puppetmon, que los mueve a su antojo por su terreno. Además, se lleva a Takeru para jugar.

Yamato es engañado por Cherrymon, un enviado por Puppetmon, haciéndole creer que Taichi es su rival y debe vencerle.

La tensión está en el aire mientras los compañeros de Yamato y Taichi pelean. De pronto, Hikari es poseída por una entidad extraña, que explica a los Niños porqué fueron llamados.

Etemon regresa como MetalEtemon y busca vengarse de los Niños. Joe y Mimi rescatan a Ogremon tras ser atacado por los Woodmon.

Leomon aparece convertido en SaberLeomon, salvando a Joe, Mimi y Ogremon de MetalEtemon. Les explica que las veces que se expuso a los Digivices le ayudaron a digievolucionar, pero no puede controlarla.

Hikari sigue enferma, y Taichi se desespera por ayudarla. Con Koshiro, logra encontrar una farmacia, aunque son localizados por las tropas de Machinedramon, siendo finalmente lanzados a las alcantarillas.

Hikari se recupera, con Sora y Takeru y empiezan a buscar a los otros. Se topan con los Numemon, esclavizados por WaruMonzaemon.

Joe va a buscar a Yamato, dejando sola a Mimi con antiguos aliados. Angewomon empieza a luchar contra la enviada por Piedmon, LadyDevimon. Taichi pide a Sora y Takeru que vayan a buscar a los otros para la batalla final.

Piedmon y WarGreymon empiezan a pelear. Mientras, Yamato cae en la oscuridad, pero es salvado por Gabumon. Se topan con Joe, y logran localizar a Sora, que también había caído en depresión. Tras animarla, regresan con Taichi y los demás.

Piedmon empieza a convertir a todos los Niños y los Digimon en muñecos. Hikari, Takeru y Patamon son los únicos que logran huir, hasta que Piedmon les arroja al vacío.

Los Niños caen a la Oscuridad, donde reciben un mail de Gennai avisando de que aún no han vencido a su gran enemigo. Aparece ante ellos Apocalymon.

Los niños luchan el combate definitivo contra Apocalymon.