サンマリノ共和国。ルパン三世から銭形警部宛に、盗みの予告状ではなく結婚式の招待状が届く。ルパンは、ロッセリーニ財閥の若き会長 レベッカ・ロッセリーニと結婚するという。結婚の裏にはルパンのある目的があった。それはサンマリノ共和国の国宝・リベルタスの王冠を盗み出す事。だが、何故かルパンが出した覚えのない偽の予告状が銭形に届いており、ルパンの行動は読まれていた。一体、誰が何のために予告状を送ったのか？

寂れた町。虫歯が疼く次元はたまらず病院にかけこむ。医師リービアは診察するかわりに、次元が持っている銃を預けてほしいと頼み、次元は仕方なく銃を渡す。リービアの診察を待つ次元は、病院の一室で死んだように横たわっている無数の患者達を目撃する。彼らは「生きた屍」と呼ばれて、すべてエリクというギャングのボスの仕業だという。この町ではエリクの許可なしに銃も持つことはできない。そんなとき病院にエリクが現れる。

イギリス諜報機関MI6の二クスは、家族で食卓を囲んでいた。二クスは妻や娘達を何よりも大切にしており、自分がMI6である事を内緒にしている。そんな二クスの娘の一人ブリジットが謎の男達に誘拐される。男達は二クスが追っていた犯罪組織の連中であり、それを知った二クスは怒りの中、娘を誘拐した連中を追跡する。一方ルパンはいつものように銭形に追われ、逃走用に車を拝借する。その車には何故かブリジットが乗っていた！

天才科学者・浦賀が遺した奇書。ついにその書物を解読したルパンは、何故か眠りについてしまう。夢なのか現実なのか摩訶不思議な世界に迷い込んだルパン。これが「イタリアの夢」なのか…！？。そして、若き日のレベッカと死んだはずの浦賀と出会うルパンは、浦賀に「イタリアの夢」の真相を聞く事となる。一方、暴走化した二クスがルパンを追う！そして、二クスとルパンの最終決戦の時が迫り…!!

レオナルド・ダ・ヴィンチがサンマリノ共和国で新作を発表するという。題名は「世界の調和」。その発表後、イタリア半島中のすべての人々は、なぜか昏睡状態に陥ってしまう。ルパン達も例外なく…。そして、ルパンは目覚めるとサンマリノ共和国にいた。ルパンの前にダ・ヴィンチが姿を現す。ダ・ヴィンチを追っていく中、ルパンは「世界の調和」の正体に気づく！