家族がアウトドアを楽しむ山間に、恐ろしい怪獣が現れた。ボランティア員トウマ･カイトは行方不明の少年を探しに向かう。対怪獣防衛チーム「DASH」が出動し応戦するが、怪獣の攻撃力に不時着を余儀なくされる。

静かな夜の街に突然、送電線から電気を吸収する怪獣、エレキングが現れた。街全体が停電させられてしまうのを抑えるため、チームDASHが出動し、戦闘機で攻撃を仕掛けるがエレキングは消えてしまう。

人類を守るヒーロー・ウルトラマンマックス。しかし正体は誰にも分からないためエイリアンという認識だ。そんな時、古代怪鳥レギーラが現れる。カイトはマックスが勇士であることを証明しようと無謀な行動に出る。

深夜のスタジアムに警備員に乗り移ったエイリアン・スラン星人が現れた。高速で移動するスラン星人にカイトたちは苦戦、ダッシュアルファごと連れ去られてしまう。気づくとカイトとミズキは謎の飛行物体の中にいた。

太平洋に幻の島・怪獣島が出現する。DASHが出動しカイトとミズキが調査にあたる。そこへ現れたのはピグモン。人間に友好的なこの怪獣は、地球の未来を握る存在だった。カイトとピグモンには友情が芽生える。

怪獣島が日本に迫っていた。激突すれば島の岩石が爆発し甚大な被害が予想される。激突まであとわずか。UDF本部は、コスモディーバで島を爆撃することを決定する。しかし島にはカイトとミズキが残されていた。

山麓に異常な次元振動が発生しカイトとミズキが調査に向かった。ミズキは、洞窟で宇宙人・ケサムに出会う。宇宙を旅する途中、装置の故障で地球に投げ出されたのだ。ミズキは怪我を負ったケサムを懸命に看病する。

カイトの誕生日を祝うサプライズパーティーを開いていると、隕石の接近を知らせる警報が鳴り響いた。DASHが出動し危険を回避。ショーンとヨシナガ教授が分析にあたり、隕石の中に潜む恐るべき生命体を発見する。

観光客減少に悩む奈津川村では、ホテルの建設が議論されていた。村長は予定地に龍の祠があるため、判を押すことができない。煮え切らない父親に痺れを切らし、村長の息子は「奈津川湖に謎の怪獣出現」を演出する。

ベースタイタンに子供達が社会科見学にやってきた。中でも熱心なマサユキの将来の夢はDASHに入隊することだ。見学を終え子供達が帰りかけた時、空間を飛び越えて出現する怪獣メタシサスが出現した。

市街地の地中から、強力な磁力を発生させる怪獣アントラーが出現した。交通も遮断され首都機能は麻痺状態だ。カートはデータを採取しようとバード1で磁気嵐に突入するが、操縦不能に陥って不時着してしまう。

コバが新型メカ開発のため、超高速の飛行実験をしている。司令室では隊員達が見守っていた。その時謎の飛行物体がコバの戦闘機に襲いかかる。危機一髪で助かったコバは、巨大なジェット機のような物体を目撃する。

若い娘・夏美がヨシナガ教授に面会に訪れ「宇宙からゼットン怪獣が送り込まれ、ウルトラマンマックスを倒す」と言う。夏美は自分を「ゼットンの娘」と名乗り、これは父であるゼットン星人の伝言だと主張する。

UDFは新しい監視衛星を打ち上げ、地球に潜入した4機の宇宙戦闘機を追っていた。そこへ未確認飛行物体が出現しDASHが追跡。物体は突如花火を発射し、空中にキングジョーの文字を描き、姿を消すのだった。

絵を描くことが大好きな少女アッコが視力を失ってしまう。しかし、その境遇に挫げず音楽という新たな道を見出す彼女にミズキは感銘を受ける。そんな時、エリーから海岸に落ちた正体不明の落下物調査の指示が飛ぶ。

人々の記憶力が激しく低下し社会問題になりつつあった。何者かが記憶を乱す物質を撒き散らしているらしい。そこへ問題の怪獣ミケが出現。DASHは戦闘機ダッシュバードで出動のはずが操縦の仕方が思い出せない。

南極の10万年前の氷層から美しい女性・ニーナの遺体が発見された。女性は解析のためベースタイタンへ運ばれる。隊員達はニーナの美しい姿に心奪われる。その頃、南極の海底を移動する怪獣エラーガが発見された。

平和な休日の夕暮れ、天空に2つ目の太陽が出現した。エリーの分析では、これは太陽ではなく巨大な反射板だという。太陽の光を反射・増幅しているのだ。そんな時DASH指令室にシャマー星人と名乗る人物が訪れる。

頻発する自然災害の影響で、数々の遺跡が発見された。ヨシナガ教授は長官の親友、考古学者の尾崎博士の応援要請で三日月山遺跡を訪れる。発掘された古代文字が描かれた石版にはマックスのような人物が描かれていた。

太陽黒点の異常活動による太陽風で、地球電離層にプラズマ空域が発生。結果、開いた亜空間トンネルを抜けて怪獣クラウドスが出現する。熟睡し続けるクラウドスを解析するDASH。そこへ強風が吹き怪獣が流される。

長野県和奈村に、日本に棲息するはずのないゴモラザウルスが現れた。ジャーナリスト・宮原は、このゴモラは20年前に危険な組織によって密輸されたものではないかと説明し、巣がある場所の見当がついているという。

TV番組「ウルトラマンマックス」の脚本家・蓮沼は、何日も不可解な夢を見ていた。自分とカイトが一体化して蓮沼はカイトとして考え行動する。夢には決まって不気味な女が現れる。蓮沼は夢の内容を脚本に書き始める。

カイトはトミオカ長官と共に向かったUDF南太平洋基地・ベースポセイドンで、長官の同志ダテ博士に会う。ダテ博士と長官、ヨシナガ教授は古い友人だという。皆で話をしていると、怪獣の反応がキャッチされる。

人々が突然暴れ出し、意識を失う怪事件が頻発する。工場でまたも突然、従業員たちが暴れ出したという通報を受け、楢崎刑事らは現地に駆けつけた。そこで楢崎は何気なく手にした鏡の破片に映る、不審人物を目撃する。

心優しい少年・駈のところに突然宇宙人がやってきた。ネリル星から来たキーフは友好的な異星人。母星ネリルの寿命が近づいて移住できる星を探していたが、発見が間に合わず母星は仲間と共に消滅してしまったという。

クリスマスが近づき、コバとショーンもエリーを連れて街へ買い出しに繰り出す。初めて街へ出たエリーは不思議そうに光景を眺めている。2人が買い物をする間待っていると、奇妙な実験を行っている老人に出会う。

アパートの一室で、意識不明の男性とエレキングの幼体を発見。解析の結果、エレキングは謎の侵略者によって人工的に作られたものであると分かった。被害者の脳波は、エレキングの影響により珍しい波形を示していた。

銀河系彼方のある美しい惑星に、邪悪な凶獣ルガノーガーが降り立った。惑星は破壊され、両親や友達全てを失ったリリカはカプセルで脱出する。ルガノーガーはカプセルを追い、再び宇宙空間へ飛び出していくのだった。

「怪獣は何故現れるのか」を議題にしたテレビの討論番組にヨシナガ教授が出演した。カイトとミズキは、休暇で訪れたカフェのテレビでその討論を見ている。そこへ渋谷に怪獣が出現したという臨時ニュースが入った。

龍巌岳で背中のコアを失ったグランゴンの死骸が発見された。その死骸を見てヨシナガ教授は、グランゴンの能力を取り込んだラゴラスが現れるかもしれないと、不吉な推測をする。UDFは前線基地を設営し調査する。

トミオカ長官が緩んだ表情でぼんやりとやる気が無い。隊員たちは、何かを成し遂げた後虚脱感に襲われる「燃えつき症候群」ではないかと心配する。そんな中、巨大生命物が襲来。DASHは直ちに出動し攻撃を開始する。

何者かがエリーの頭の中にアクセスし支配下においてしまった。コントロールされたエリーはダッシュアルファで逃亡。犯人は更に、エリーを介してベースタイタンを強制閉鎖。基地の機能は完全に麻痺してしまった。

波打ち際に巻貝のような謎の物体が流れ着いた。出てきたのは、小さなザリガニのような宇宙人。目撃した勉は通報するが、事件として扱ってもらえない。気落ちして海岸に寝そべる勉の前に再びさっきの宇宙人が現れた。

ダークバルタンによって無重力状態にさせられた司令室では、作業停止したエリーを再起動させることをコバに命じるヒジカタ。一方、マックスを救うため、タイニーの船まで送ってほしいと勉はミズキにお願いする。

監視衛星がM32星雲内に超新星を発見したある日、そこから飛来した物体が地上に落ちた。落下地点へ向かうと、巨大なカモノハシのような生物が眠っていた。エリーの解析で、生物は信号を出していることが分かった。

ベースタイタンにて新防衛システムの実験が行われることになった。数日後、突然ピグモンが現れる。街にはレッドキングも出現。異次元に封印されていたレッドキングの生体エネルギーが何者かに呼び寄せられたらしい。

カイトとミズキが星空を眺めている。ミズキは、幼い頃の不思議な体験から星に特別の思い入れがあるようだ。その時望遠鏡を覗いていたカイトが星の異変に気づいた。星が徐々に移動し、怪獣の姿を形作っていくのだ。

機械獣スカウトバーサークが現れた。カイトはウルトラマンマックスに変身。しかしその瞬間光の空間にマックスが現れ、地球を去る時が迫っていることを告げる。カイトは動揺するが、難なくスカウトバーサークを倒す。

人間が地上の環境を破壊したために地底のデロス都市までも壊滅の危機に瀕している。デロスは自らを守るために地上とウルトラマンマックスを攻撃する、中断することが不可能なバーサークシステムを始動させてしまう。