Enquanto se dirigem para Azati Prime, a tripulação da Enterprise se confronta com uma anomalia espacial transdimensional, cuja passagem através dela se mostra fatal para a tripulação. Como não há tempo hábil para se contornar a anomalia, uma ideia de Phlox é posta em prática.

O episódio retoma a batalha iniciada em Azati Prime mostrando a Enterprise extremamente danificada com a investida Xindi, mas repentinamente, o ataque é interrompido e as naves se retiram.

Como Hoshi se mostra pouco cooperativa para lhe auxiliar a quebrar o código que falta para Dolim poder armar a Esfera, ele providencia parasitas que injetados em Hoshi, a fazem colaborar mais. Enquanto isto, Archer elabora um plano para comprometer o sistema de Esfera dos Construtores de Esferas.

Reiniciamos a vista da Segunda Guerra Mundial alternativa assistindo um jornal de propaganda alemã, relatando a visita de Hitler aos EUA ocupado, e como ambas as nações estariam "trabalhando juntas pela liberdade", em uma relação que supostamente seria semelhante a da Alemanha com a França de Vichy, na verdadeira 2GM.

Um grupo de super-humanos descendentes da guerra Eugenica toma posse de uma ave de rapina e ataca os Klingon. Para ajudar a captura-los Archer vai buscar o Dr. Arik Soong que os fez nascer a partir de embriões geneticamente manipulados, e se encontra preso por esse crime. Soong parece querer ajudar mas na verdade está a á espera que eles o venham libertar para juntos criarem uma nova civilização de super-humanos.

Trip consegue chegar a Andoria a tempo de avisar Shran. Surak através de Archer indica onde se encontra Kir’Shara uma relíquia muito importante para os vulcanos. Apesar de vários ataques conseguem levar a Kir’Shara até ao Alto Comando, que acaba por reconhecer que nele se encontram os ensinamentos para um novo caminho da civilização vulcana. O Alto Comando é dissolvido e evitada a guerra com os Andorians. Archer fica finalmente livre do katra de Surak.

Dois aliens tomam conta do corpo de Reed e Travis para observar o comportamento dos humanos. Hoshi e Trip ficam infectados com um vírus mortal que pode matar toda a tripulação e que serve para os aliens observarem as reações dos humanos.

A Enterprise descobre que a nave atacante Romulana é comandada á distância por um piloto da raça Aenar, uma subespécie dos Andorianos, muito reservados e pacíficos. Esse membro foi raptado e obrigado a trabalhar para os Romulanos. Com a ajuda da irmã do piloto conseguem parar os ataques. Trip chega á conclusão que os seus sentimentos por T’Pol estão dificultando o seu trabalho e pede transferência para a USS Columbia.

Num universo paralelo, a Enterprise é comandada pelo capitão Forrest e Archer é o primeiro-oficial. É descoberta uma nave que vem do futuro (100 anos) e de outro universo com o nome U.S.S. Defiant NCC-1764. Archer arma um motim e toma o controle da nave para ele capturar a nave que se encontra em espaço Tholiano. Mas ao chegarem a bordo da Defiant, os tholianos aparecem e a Enterprise é destruída.

No comando da Defiant Archer descobre nos arquivos a ficha do seu Archer do espelho e tudo sobre a UFP. Invejoso do maior sucesso do Archer do espelho, ele quer usar a Defiant para passar por cima de tudo e de todos e tomar o controle do Império. Nem mesmo a rebelião vulcana liderada por T’Pol o consegue impedir. Quando Archer celebra com a sua amante Hoshi é envenenado pela própria que de imediato anuncia que todos têm que se submeter á imperatriz Sato, a nova governante do Império Terrestre.

No holodeck da USS Enterprise-D o comandante Riker inicia um programa do passado da UFP que espera ajuda-lo a tomar uma decisão em relação ao reaparecimento da USS Pegasus e a sua lealdade para com o seu antigo capitão Pressman.

Passaram 10 anos desde o lançamento da Enterprise NX-01, que se prepara para regressar á terra para sair do serviço. Mas no meio do caminho, Archer tem que ajudar o seu amigo Shran cuja filha foi raptada. A menina é salva mas os raptores vêm no encalço de Archer que é salvo por Trip que acaba por morrer. A tripulação desolada lembra os 10 anos que serviram a bordo. Archer prepara-se para discursar perante um auditório cheio de representantes de vários planetas que no futuro unir-se-ão numa grande organização planetária.