Bij hun zoektocht naar het ongrijpbare Xindi ras, krijgen Archer en zijn bemanning hulp van een roekeloze mijnvoorman met een gruwelijke trofee. Reed heeft intussen een aanvaring met de aan boord van de "Enterprise" gestationeerde nieuwe militaire officieren.

Terwijl de raad van de Xindi ruziet over een benadering van de bedreiging door de mensheid, volgt Archer het spoor van de Xindi naar een plaatselijke markt en neemt daarbij een raadselachtige en onbetrouwbare passagier mee: een knappe slavin met de naarm Rajiin.

Nadat de "Enterprise" ernstig beschadigd is tijdens de reis door de Delphic Expanse, krijgt het schip hulp van een onverwachte bondgenoot: een Andoriaans schip onder het commando van Shran. Samen koersen ze aan op het superwapen van de Xindi.

Nadat Archer het superwapen van de Xindi heeft gevonden, vertrekt hij op een zelfmoordmissie om het te vernietigen. Na zijn ontdekking en gevangenneming, wordt hij vreselijk gemarteld, terwijl de "Enterprise" bij een aanval ernstig beschadigd wordt.

Na de aanval van de Xindi, probeert de bemanning van de "Enterprise" te herstellen, met hulp van een IIlyrisch schip dat ook beschadigingen opgelopen heeft. Helaas hebben de IIlyrians geen warpspoel over voor de "Enterprise". Moet Archer die stelen?

T'Pol en Reed gaan met een team het extreem beschermde centrum van een bol in. Intussen proberen Archer en Hoshi de leden van de Xindi raad voor zich te winnen. Onzichtbare, kwaadaardige krachten proberen de inspanningen te dwarsbomen.

Geflankeerd door welwillende Xindi schepen gaat de "Enterprise" op weg om de gevangen Hoshi te bevrijden en om te voorkomen dat de Reptilians het superwapen laden. Wanneer zij hun plan zien mislukken, proberen de schimmige bolbouwers de gebeurtenissen naar hun hand te zetten.

In een wanhopige poging om het superwapen van de Xindi te onderscheppen en het van binnenuit onschadelijk te maken, vecht Archer tegen de klok om de obstakels te overwinnen die hem door de bolbouwers en de Reptilians voor de voeten geworpen worden.