En route pour Risa, le capitaine Archer reçoit un message de détresse d'un vaisseau alien. L'équipage vient en aide à son occupant, Zobral, qui, reconnaissant, propose d'accompagner l'équipage sur sa planète désertique...

Les négociations du capitaine Archer et d'un peuple extraterrestre au sujet d'un injecteur de plasma, nécessaire pour l'Enterprise, semblent mal parties. Frustré, Archer rentre au vaisseau où l'attend une mauvaise nouvelle. Porthos, son fidèle compagnon, serait atteint d'un virus mortel. Par précaution, le chien a été mis en quarantaine. Le docteur Phlox fait tout pour sauver son système immunitaire, altéré par la maladie. Archer découvre également les raisons des réticences de ses interlocuteurs aliens : son chien aurait uriné contre un arbre centenaire appartenant au patrimoine de cette planète...

En mission sur une planète, Hoshi Sato et Trip s'interrogent sur les raisons de la disparition de la civilisation qui y habitait. Prenant des clichés des ruines, ils tentent de percer ce mystère. Cependant, en raison d'un risque de tempête, Archer leur demande de retourner immédiatement au vaisseau. Une fois de retour, Hoshi est prise d'un mal étrange et en parle au docteur Phlox. Archer a recours aux dons d'Hoshi pour déchiffrer une langue extraterrestre, afin de délivrer Mayweather, pris en otage. Peu après cette mission, Hoshi a la troublante sensation de se dématérialiser et se téléporte involontairement...

Les Vulcains et les Andorians menacent de guerre une petite planète globalement inoffensive, dans le but de s'emparer de ses richesses et d'en faire une base stratégique. Le conflit éclate rapidement et Shran vient chercher Archer de toute urgence pour qu'il l'aide à instaurer un cessez-le-feu entre les deux peuples ennemis. Mais bientôt, un groupe de rebelles andoriens attaquent l'Enterprise, faisant voler en éclats la précieuse neutralité de l'équipée. La situation, extrêmement tendue, ne laisse qu'une marge de manoeuvre réduite à Archer et à ses hommes...

En route pour la cité minière, le vaisseau Enterprise est confronté à de mystérieuses perturbations spatiales avant d'être attaqué par des pirates osaariens qui s'emparent de leurs précieuses réserves...

Arrivés sur une colonie xindi, Archer, Reed et le major Hayes partent en reconnaissance dans une entreprise d'armements. Ils interrogent le responsable, un dénommé Gralik, et découvrent que celui-ci n'est pas au courant de l'attaque terrestre. Surpris que la planète bleue ait été victime de l'ambition de ses ennemis, Gralik décide immédiatement de ralentir la production d'armes, ce qui n'est pas pour déplaire à Archer. Parallèlement, Trip et Phlox commencent à examiner une arme xindi, qui ressemble fort à un reptile...

Archer, Trip et T'Pol se rendent sur une planète peuplée d'humains vivant comme au temps du Far West et découvrent que ces derniers, amenés en ces lieux pour servir d'esclaves il y a plus de 300 ans, se sont rebellés et sont devenus les nouveaux maîtres, infligeant aux Skagarans les pires humiliations, des lois injustes et des traitements indignes. L'Enterprise doit décider s'il faut ou non intervenir. Quand la décision est prise, la civilisation, qui jusque-là n'avait besoin de personne, est au bord de la crise...

Les pionniers de l'espace Archer et Silik sont projetés en 1944 et doivent retrouver les agents temporels qui ont changé le cours de l'Histoire et la fin de la Seconde Guerre mondiale. Ils pourront peut-être ainsi empêcher la destruction du cours du Temps...

Emory Erickson, le créateur du téléporteur, se rend à bord du vaisseau Enterprise pour y réaliser sa dernière expérience qui s'avère être dangereuse...

La Terre se porte volontaire pour servir de médiatrice dans un conflit entre les Tellarites et les Andoriens. L'Enterprise doit accueillir la délégation Tellarite, menée par le plutôt rustre ambassadeur Gral, jusqu'aux pourparlers de paix sur Babel Première...