Au XXe siècle, les Terriens achèvent leur premier vaisseau intergalactique, l'Enterprise, doté d'un moteur révolutionnaire. Le capitaine Archer s'apprête à embarquer à son bord avec son équipage lorsqu'un Klingon blessé est capturé en Oklahoma. Les Vulcains, qui sont chargés de l'enquête, demandent sa mise à mort pour des raisons de fierté et d'honneur. Mais cette requête est refusée par les Terriens. Archer intervient et propose de ramener le blessé chez lui avec son vaisseau, en signe de paix. C'est ainsi que débute le premier voyage de l'Enterprise, qui emporte les pionniers du voyage spatial... L'équipe de l'Enterprise est à la recherche de son prisonnier Klingon qui vient d'être enlevé. Mais Jonathan Archer et son équipage tombent dans un guet-apens, tendu par des Sulibanes. Pris à part, Archer apprend d'un renégat que certains Sulibanes cherchent à provoquer une guerre entre les Klingons. En voulant rejoindre son vaisseau, Archer est blessé par un tir...

Quelque part dans le quartier général du Cabal, Silik subit de nouvelles modifications génétiques, tout en essuyant les réprimandes de l'«Inconnu du futur» à cause de l'échec de sa mission précédente. En effet, l'Empire Klingon n'est pas entré en guerre civile comme prévu. Mais Silik se voit confier une nouvelle mission...

Le capitaine Archer propose à l'équipage d'aller rendre visite à une colonie minière. Mais lors de leur atterrissage, le plasma dégagé par les réacteurs provoque une onde de choc et détruit la colonie. Depuis la catastrophe, Archer et Daniels sont coincés dans une autre dimension temporelle, le 31e siècle. Ils découvrent alors un avenir terrifiant pour l'humanité, miné par la misère au sein de ruines. La vie sur Terre n'est que désolation. Archer comprend le rôle qui lui est imparti au 22e siècle, pour éviter la réalisation de ces événements. Les Sulibans montent alors dans l'Enterprise...

Après la disparition du vaisseau du capitaine Archer lors d'une mission, Silik et ses soldats, des Sulibans, montent à bord de l'Enterprise. Pendant ce temps, Daniels et Archer sont coincés dans une autre dimension temporelle, après l'incident qui les a propulsés au XXXIe siècle. Ils sont alors les témoins impuissants d'un avenir sombre pour l'humanité, fait de misère et de ruines, sur une Terre dévastée. Aussi leur faut-il trouver d'urgence un moyen de retourner dans leur époque, pour empêcher le déroulement de ces sinistres événements. Leur rôle est crucial pour le futur de la planète...

Le chancelier Klingon laisse à Duras une dernière chance de récupérer Archer. L'Enterprise est attaqué mais parvient à échapper aux griffes des Klingons, grâce à l'intervention de renforts envoyés par Starfleet. De retour sur Terre, l'équipage découvre que la planète a été sauvagement attaquée...

Le vaisseau Enterprise s'est fait projeter dans le passé et l'équipage se retrouve au coeur des événements de 1944. Les aventuriers de l'espace doivent bientôt stopper une guerre froide déclenchée par des extraterrestres, et préserver le cours de l'Histoire, ce qui n'est évidemment pas de tout repos...

Les pionniers de l'espace Archer et Silik sont projetés en 1944 et doivent retrouver les agents temporels qui ont changé le cours de l'Histoire et la fin de la Seconde Guerre mondiale. Ils pourront peut-être ainsi empêcher la destruction du cours du Temps...