Epsilon 3, la planète autour de laquelle Babylon 5 est en orbite, montre soudain des signes d'activités étranges alors qu'elle est censée être déserte. La première navette envoyée pour observer ce qui se passe est attaquée par un système sophistiqué de défense. L'équipage commence alors à penser que la planète est peut-être habitée sous la surface, à plusieurs kilomètres de profondeur. Sinclair et Ivanova décident de se rendre eux-mêmes sur Epsilon 3: vers huit kilomètres sous la surface, ils découvrent des constructions provenant visiblement d'une race très avancée. Toutes ces constructions appartiennent en fait à une gigantesque machine qui contrôle la planète: au coeur de cette machine, Sinclair et Ivanova découvrent Varn un extraterrestre. Mais celui-ci est vieux et fatigué et c'est pour cette raison que la machine n'arrive plus à contrôler l'activité d'Epsilon 3. Pendant ce temps, Garibaldi essaie de joindre sur Mars son ancienne petite amie Lise Hampton, afin de s'assurer qu'elle n'a pas été tuée dans les émeutes qui viennent de s'y dérouler. L'ambassadeur Delenn reçoit la visite de son vieil ami et mentor Draal: celui-ci est venu jusqu'à Babylon 5 pour lui dire au revoir...

Le policier du Corps Psi, Bester, arrive sur Babylon 5: il vient enquêter sur la possible existence d'un réseau clandestin de télépathes qui se cacheraient sur la station. Quand des membres de ce groupe de télépathes tentent de l'assassiner, ils échouent mais réussissent à kidnapper Talia Winters...Le docteur Franklin avoue au Commandant Sheridan qu'il connaissait l'existence du groupe rebel de télépathes et qu'il les a déjà aidés auparavant. Sheridan et Ivanova sont furieux lorsqu'ils apprennent que l'Alliance Terrienne a augmenté leurs loyers et qu'ils devront déménager s'ils ne paient pas...Delenn demande un rendez-vous à Sheridan afin qu'ils aillent dîner au restaurant...

La tension entre les Narns et les Centauris est devenue ingérable sur la station depuis que les deux races sont en guerre. L'ambassadeur G'Kar cherche désespérément une aide militaire pour son peuple, écrasé sous les attaques centauries. Sheridan promet de trouver une solution pour l'aider...Ivanova est chargée de convaincre le nouvel ambassadeur Lumati de l'intérêt du projet Babylon, afin que son peuple rejoigne toutes les autres races extraterrestres qui y participent déjà...

Alors que David Corwin a obtenu une promotion, Sheridan charge Ivanova de déterminer à qui Corwin serait le plus loyal s'il devait faire un choix entre l'équipage de Babylon 5 et l'Alliance Terrienne...Le docteur Franklin fait une étrange découverte: il a retrouvé une entité biologique inconnue dans le corps d'un homme mort. Il semblerait que cette entité vive en symbiose avec le corps humain qu'elle occupe. Franklin, aidé de Marcus Cole, part enquêter.