Un homme se réveille dans une communauté isolée en plein désert appelée le Village, sans aucune idée de la façon dont il est arrivé là-bas. Il est désigné sous le nom "Six". L'administrateur du village, Deux, tente de l'intégrer dans la communauté.

Six découvre que son frère est dans le village mais ne sait pas qui il est vraiment. Pendant ce temps, Deux essaie de faire face au sentiment croissant de rébellion de son fils.

Six accepte d'aider Deux en espionnant ses camarades villageois. Pendant ce temps, le secret de 11-12 est révélé et 313 apprend à craindre son don.

Six rencontre une femme de son passé tandis que 147 subit une tragédie familiale. Une catastrophe naturelle frappe le village.

Six voit double quand une version perverse de lui-même tente d'assassiner Deux. 313 lutte avec ses démons intérieurs et 11-12 cherche des réponses à son dilemme personnel.

Les rébellions de Six ne sont plus tolérées et il est condamné à l'exécution. Deux souffrent d'une perte personnelle et la vérité est révélée.